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万見
- PDB-7ev9: cryoEM structure of particulate methane monooxygenase associated ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ev9
タイトルcryoEM structure of particulate methane monooxygenase associated with Cu(I)
要素
  • Ammonia monooxygenase/methane monooxygenase, subunit C family protein
  • Particulate methane monooxygenase alpha subunit
  • Particulate methane monooxygenase beta subunit
キーワードOXIDOREDUCTASE / particulate methane monooxygenase / copper contained
機能・相同性
機能・相同性情報


methane monooxygenase (particulate) / methane monooxygenase (soluble) / : / : / monooxygenase activity / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ammonia monooxygenase/particulate methane monooxygenase, subunit A / Ammonia monooxygenase/particulate methane monooxygenase, subunit C / Ammonia/methane monooxygenase, subunit B, hairpin domain superfamily / Ammonia/methane monooxygenase, subunit B, C-terminal / Ammonia monooxygenase/particulate methane monooxygenase, subunit C domain superfamily / Ammonia/particulate methane monooxygenase, subunit A superfamily / Ammonia monooxygenase / Ammonia monooxygenase/methane monooxygenase, subunit C / Ammonia monooxygenase/particulate methane monooxygenase, subunit B / Ammonia/methane monooxygenase, subunitB, N-terminal / Monooxygenase subunit B protein
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (I) ION / Particulate methane monooxygenase alpha subunit / Ammonia monooxygenase/methane monooxygenase, subunit C family protein / Particulate methane monooxygenase beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Methylococcus capsulatus (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Chang, W.H. / Lin, H.H. / Tsai, I.K. / Huang, S.H. / Chung, S.C. / Tu, I.P. / Yu, S.F. / Chan, S.I.
引用ジャーナル: J Am Chem Soc / 年: 2021
タイトル: Copper Centers in the Cryo-EM Structure of Particulate Methane Monooxygenase Reveal the Catalytic Machinery of Methane Oxidation.
著者: W-H Chang / H-H Lin / I-K Tsai / S-H Huang / S-C Chung / I-P Tu / S S-F Yu / S I Chan /
要旨: The particulate methane monooxygenase (pMMO) is the first enzyme in the C1 metabolic pathway in methanotrophic bacteria. As this enzyme converts methane into methanol efficiently near room ...The particulate methane monooxygenase (pMMO) is the first enzyme in the C1 metabolic pathway in methanotrophic bacteria. As this enzyme converts methane into methanol efficiently near room temperature, it has become the paradigm for developing an understanding of this difficult C1 chemistry. pMMO is a membrane-bound protein with three subunits (PmoB, PmoA, and PmoC) and 12-14 coppers distributed among different sites. X-ray crystal structures that have revealed only three mononuclear coppers at three sites have neither disclosed the location of the active site nor the catalytic mechanism of the enzyme. Here we report a cyro-EM structure of -pMMO from (Bath) at 2.5 Å, and develop quantitative electrostatic-potential profiling to scrutinize the nonprotein densities for signatures of the copper cofactors. Our results confirm a mononuclear Cu at the site, resolve two Cus at the site, and uncover additional Cu clusters at the PmoA/PmoC interface within the membrane ( site) and in the water-exposed -terminal subdomain of the PmoB ( clusters). These findings complete the minimal set of copper factors required for catalytic turnover of pMMO, offering a glimpse of the catalytic machinery for methane oxidation according to the chemical principles underlying the mechanism proposed earlier.
履歴
登録2021年5月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-31325
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Particulate methane monooxygenase alpha subunit
B: Particulate methane monooxygenase beta subunit
C: Ammonia monooxygenase/methane monooxygenase, subunit C family protein
E: Particulate methane monooxygenase alpha subunit
F: Particulate methane monooxygenase beta subunit
G: Ammonia monooxygenase/methane monooxygenase, subunit C family protein
I: Particulate methane monooxygenase alpha subunit
J: Particulate methane monooxygenase beta subunit
K: Ammonia monooxygenase/methane monooxygenase, subunit C family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)314,76833
ポリマ－313,2429
非ポリマー1,52524
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy, ab-initio Reconstruction
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Particulate methane monooxygenase alpha subunit / Methane monooxygenase B subunit / Particulate methane monooxygenase 45 kDa subunit / Particulate ...Methane monooxygenase B subunit / Particulate methane monooxygenase 45 kDa subunit / Particulate methane monooxygenase 47 kDa subunit / Particulate methane monooxygenase hydroxylase 45 kDa subunit / Particulate methane monooxygenase hydroxylase alpha subunit / pMMO-H alpha subunit


分子量: 46129.746 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methylococcus capsulatus (strain ATCC 33009 / NCIMB 11132 / Bath) (バクテリア)
株: ATCC 33009 / NCIMB 11132 / Bath
参照: UniProt: G1UBD1, methane monooxygenase (particulate)
#2: タンパク質 Particulate methane monooxygenase beta subunit / Methane monooxygenase A subunit / Particulate methane monooxygenase 27 kDa subunit / Particulate ...Methane monooxygenase A subunit / Particulate methane monooxygenase 27 kDa subunit / Particulate methane monooxygenase hydroxylase 26 kDa subunit / Particulate methane monooxygenase hydroxylase beta subunit / pMMO-H beta subunit


分子量: 28445.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methylococcus capsulatus (strain ATCC 33009 / NCIMB 11132 / Bath) (バクテリア)
株: ATCC 33009 / NCIMB 11132 / Bath
参照: UniProt: Q607G3, methane monooxygenase (particulate)
#3: タンパク質 Ammonia monooxygenase/methane monooxygenase, subunit C family protein / Methane monooxygenase / C subunit


分子量: 29839.309 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methylococcus capsulatus (strain ATCC 33009 / NCIMB 11132 / Bath) (バクテリア)
株: ATCC 33009 / NCIMB 11132 / Bath / 参照: UniProt: Q603F1, methane monooxygenase (soluble)
#4: 化合物...
ChemComp-CU1 / COPPER (I) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: particulate methane monooxygenase (pMMO) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.312 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Methylococcus capsulatus str. Bath (バクテリア)
細胞内の位置: membrane
緩衝液pH: 7.2
試料包埋: YES / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
EM embeddingMaterial: vitrified ice
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 98 % / 凍結前の試料温度: 278 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 80 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 23484
画像スキャン動画フレーム数/画像: 80 / 利用したフレーム数/画像: 1-60

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4Gctf1.18CTF補正
10cryoSPARC2.15初期オイラー角割当
11RELION3最終オイラー角割当
12cryoSPARC2.15最終オイラー角割当
14cryoSPARC2.15３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 128116 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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