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万見
- PDB-7eu4: Crystal structure of plant ATG12 complexed with the AIM12 of ATG3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eu4
タイトルCrystal structure of plant ATG12 complexed with the AIM12 of ATG3
要素
  • AIM12 from Autophagy-related protein 3
  • Ubiquitin-like protein ATG12B
キーワードPLANT PROTEIN / autophagy / ubiquitin-like modifier / E2
機能・相同性
機能・相同性情報


ubiquitin-like protein transferase activity / autophagosome assembly / autophagy / protein transport / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-like protein Atg12 / Ubiquitin-like autophagy protein Apg12 / Ubiquitin-like-conjugating enzyme Atg3/Atg10 / Autophagocytosis associated protein, active-site domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Autophagy-related protein 3 / Ubiquitin-like protein ATG12B
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Matoba, K. / Noda, N.N.
資金援助 日本, 8件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)25111004 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18H03989 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H05707 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)25871076 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)15K21608 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18K06097 日本
Japan Science and TechnologyJPMJCR13M7 日本
Japan Science and TechnologyJPMJCR20E3 日本
引用ジャーナル: Biol.Pharm.Bull. / 年: 2021
タイトル: Atg12-Interacting Motif Is Crucial for E2-E3 Interaction in Plant Atg8 System.
著者: Matoba, K. / Noda, N.N.
履歴
登録2021年5月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-like protein ATG12B
B: Ubiquitin-like protein ATG12B
C: Ubiquitin-like protein ATG12B
D: Ubiquitin-like protein ATG12B
E: Ubiquitin-like protein ATG12B
F: Ubiquitin-like protein ATG12B
G: Ubiquitin-like protein ATG12B
H: Ubiquitin-like protein ATG12B
I: Ubiquitin-like protein ATG12B
J: Ubiquitin-like protein ATG12B
K: Ubiquitin-like protein ATG12B
L: Ubiquitin-like protein ATG12B
M: Ubiquitin-like protein ATG12B
N: Ubiquitin-like protein ATG12B
O: AIM12 from Autophagy-related protein 3
P: AIM12 from Autophagy-related protein 3
Q: AIM12 from Autophagy-related protein 3
R: AIM12 from Autophagy-related protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,73818
ポリマ－152,73818
非ポリマー00
水00
1
A: Ubiquitin-like protein ATG12B
B: Ubiquitin-like protein ATG12B
O: AIM12 from Autophagy-related protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4003
ポリマ－22,4003
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Ubiquitin-like protein ATG12B
D: Ubiquitin-like protein ATG12B
P: AIM12 from Autophagy-related protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4003
ポリマ－22,4003
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Ubiquitin-like protein ATG12B
F: Ubiquitin-like protein ATG12B
Q: AIM12 from Autophagy-related protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4003
ポリマ－22,4003
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Ubiquitin-like protein ATG12B
H: Ubiquitin-like protein ATG12B
R: AIM12 from Autophagy-related protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4003
ポリマ－22,4003
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
I: Ubiquitin-like protein ATG12B
J: Ubiquitin-like protein ATG12B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0462
ポリマ－21,0462
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
K: Ubiquitin-like protein ATG12B
L: Ubiquitin-like protein ATG12B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0462
ポリマ－21,0462
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
M: Ubiquitin-like protein ATG12B
N: Ubiquitin-like protein ATG12B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0462
ポリマ－21,0462
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)128.471, 128.471, 163.165
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number172
Space group name H-MP64
Space group name HallP64
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+2/3
#3: y,-x+y,z+1/3
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: -x,-y,z

-
要素

#1: タンパク質
Ubiquitin-like protein ATG12B / Autophagy-related protein 12b / APG12-like protein b / AtAPG12b


分子量: 10522.900 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: ATG12B, APG12, APG12B, At3g13970, MDC16.9 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LVK3
#2: タンパク質・ペプチド
AIM12 from Autophagy-related protein 3 / Autophagy-related E2-like conjugation enzyme ATG3 / AtAPG3 / Protein autophagy 3


分子量: 1354.350 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q0WWQ1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 6~8% (w/v) PEG 3350, 100mM citrate buffer / PH範囲: 3.5-4.1

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→45.96 Å / Num. obs: 25048 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.144 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 3.2→3.26 Å / Num. unique obs: 1227 / CC1/2: 0.452 / Rsym value: 0.767

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WZ3

1wz3


解像度: 3.2→45.96 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 --
Rwork0.238 --
obs-23805 94.99 %
原子変位パラメータBiso mean: 80.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→45.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9301 0 0 0 9301
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01149507
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.591712856
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09251418
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01141670
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.75033371

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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