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- PDB-7et4: Crystal structure of Arabidopsis TEM1 AP2 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7et4
タイトルCrystal structure of Arabidopsis TEM1 AP2 domain
要素
  • (DNA (12-mer)) x 2
  • AP2/ERF and B3 domain-containing transcription repressor TEM1
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / GENE REGULATION / Flowering time regulation / plant protein / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


photoperiodism, flowering / ethylene-activated signaling pathway / cellular response to hypoxia / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / nucleus
類似検索 - 分子機能
B3 domain-containing transcription factor LEC2-like / AP2/ERF domain superfamily / AP2/ERF domain profile. / DNA-binding domain in plant proteins such as APETALA2 and EREBPs / AP2/ERF domain / B3 DNA binding domain / B3 DNA binding domain / B3 DNA-binding domain profile. / B3 DNA binding domain / DNA-binding pseudobarrel domain superfamily / DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / AP2/ERF and B3 domain-containing transcription repressor TEM1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Hu, H. / Du, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: TEM1 combinatorially binds to FLOWERING LOCUS T and recruits a Polycomb factor to repress the floral transition in Arabidopsis.
著者: Hu, H. / Tian, S. / Xie, G. / Liu, R. / Wang, N. / Li, S. / He, Y. / Du, J.
履歴
登録2021年5月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AP2/ERF and B3 domain-containing transcription repressor TEM1
B: DNA (12-mer)
C: DNA (12-mer)
D: AP2/ERF and B3 domain-containing transcription repressor TEM1
E: DNA (12-mer)
F: DNA (12-mer)
G: AP2/ERF and B3 domain-containing transcription repressor TEM1
H: DNA (12-mer)
I: DNA (12-mer)
J: AP2/ERF and B3 domain-containing transcription repressor TEM1
K: DNA (12-mer)
L: DNA (12-mer)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,75212
ポリマ－84,75212
非ポリマー00
水2,504139
1
A: AP2/ERF and B3 domain-containing transcription repressor TEM1
B: DNA (12-mer)
C: DNA (12-mer)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1883
ポリマ－21,1883
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2700 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area9550 Å2
手法PISA
2
D: AP2/ERF and B3 domain-containing transcription repressor TEM1
E: DNA (12-mer)
F: DNA (12-mer)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1883
ポリマ－21,1883
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2580 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area9670 Å2
手法PISA
3
G: AP2/ERF and B3 domain-containing transcription repressor TEM1
H: DNA (12-mer)
I: DNA (12-mer)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1883
ポリマ－21,1883
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2640 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area9360 Å2
手法PISA
4
J: AP2/ERF and B3 domain-containing transcription repressor TEM1
K: DNA (12-mer)
L: DNA (12-mer)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1883
ポリマ－21,1883
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2880 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area9690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.316, 135.155, 66.499
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
AP2/ERF and B3 domain-containing transcription repressor TEM1 / Protein TEMPRANILLO 1 / RAV1-like ethylene-responsive transcription factor TEM1


分子量: 13863.179 Da / 分子数: 4 / 断片: AP2 domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: TEM1, At1g25560, F2J7.3 / プラスミド: psumo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / Variant (発現宿主): Rosseta / 参照: UniProt: Q9C6M5
#2: DNA鎖
DNA (12-mer) / FT-GCC11-R


分子量: 3644.376 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
#3: DNA鎖
DNA (12-mer) / FT-GCC11-F


分子量: 3680.432 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.67 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.2 M NH4Cl, 0.1 M NaAc pH 5.0, 20% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 27364 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.3 % / CC1/2: 0.984 / CC star: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rpim(I) all: 0.076 / Rrim(I) all: 0.16 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.819 / Mean I/σ(I) obs: 1.25 / Num. unique obs: 2704 / CC1/2: 0.499 / CC star: 0.816 / Rpim(I) all: 0.464 / Rrim(I) all: 0.947 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GCC

1gcc


解像度: 2.7→35.524 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2339 1392 5.1 %
Rwork0.2027 25921 -
obs0.2043 27313 99.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 122.99 Å2 / Biso mean: 55.0765 Å2 / Biso min: 9.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→35.524 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3311 1881 0 139 5331
Biso mean---39.94 -
残基数----499
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.7-2.78560.35261400.3111233592
2.7856-2.89710.34071430.29412573100
2.8971-3.02880.29051230.26752592100
3.0288-3.18840.31191220.25582577100
3.1884-3.3880.21431420.19532589100
3.388-3.64940.24811330.2022594100
3.6494-4.01620.22141520.19022601100
4.0162-4.59630.1921410.16782621100
4.5963-5.78680.20591470.17372655100
5.7868-100.21211490.18672784100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3978-0.10680.53460.2027-0.06180.82080.1141-0.3768-0.2275-0.06440.08940.10950.1806-0.20390.10540.13450.0251-0.03310.1857-0.03310.2485-37.3723-27.2621-59.3404
20.02860.0368-0.05040.1154-0.13730.1625-0.1382-0.12780.0398-0.05950.0299-0.1713-0.02430.0242-0.08120.1060.0652-0.03640.0984-0.11130.2813-31.0546-21.5204-63.6439
30.14570.088-0.00540.09610.00940.0048-0.1341-0.05380.20630.0615-0.1039-0.1632-0.18270.0167-0.18530.2224-0.0702-0.0990.2054-0.05960.5249-20.4231-20.0436-58.4612
40.00360.013-0.020.0447-0.05770.09970.02850.0896-0.0156-0.04060.0106-0.0174-0.0460.0408-0.00061.0380.0419-0.29561.0254-0.13541.175-13.3203-16.057-61.2022
50.0180.009-0.09210.0072-0.06170.4863-0.012-0.060.2446-0.11150.1683-0.0008-0.2254-0.11930.00940.1391-0.01330.03270.13790.02090.3338-27.6539-14.0079-70.8247
60.08730.0166-0.01260.0577-0.04720.09650.16250.2550.0755-0.10440.026-0.13380.15680.0910.00510.48910.00860.08940.40150.00450.398-19.7425-16.7211-78.3808
70.1143-0.0527-0.02680.0735-0.09880.28820.1823-0.4288-0.14690.0730.02990.16780.0928-0.30760.2675-0.1244-0.1396-0.30580.2671-0.14170.0126-46.791-23.4178-59.1504
80.3895-0.26090.06190.4229-0.110.0304-0.0032-0.32790.0690.13820.17950.3108-0.15720.0446-0.03340.2405-0.0467-0.07260.30610.01010.294-47.0295-23.4949-60.6706
90.21230.07710.11660.50010.49970.5458-0.0135-0.10280.02620.3010.126-0.07460.12220.16170.19170.1311-0.03990.1060.0757-0.03210.2729-29.890819.57785.1607
100.006-0.01420.00150.0527-0.02330.00860.12670.16480.24030.1744-0.13620.0912-0.0922-0.1167-0.00110.2723-0.0180.06340.2128-0.04680.3171-32.322235.88077.0929
110.1258-0.05710.02010.23560.09110.0466-0.10680.215-0.0663-0.1479-0.01820.3085-0.2144-0.0521-0.3224-0.2952-0.2794-0.01110.00920.04010.2264-37.371229.6071-7.4033
120.11330.05050.02410.09-0.05340.04950.11070.0422-0.13530.32570.04440.09890.1708-0.0420.00010.40880.00760.00180.2081-0.03260.319-30.83656.37886.002
130.48930.26790.33530.4627-0.0050.7350.2563-0.0242-0.24790.49610.2159-0.11520.1987-0.09850.51130.39960.02510.05040.2386-0.00260.3125-30.91046.63077.5328
140.0193-0.01210.01560.0175-0.01440.0127-0.0762-0.0275-0.20890.19160.01330.10610.0945-0.10880.00010.7285-0.2205-0.03050.5691-0.01310.462-26.2536-17.6051-29.6265
150.05020.04280.00170.0272-0.00990.04670.14130.12950.23590.3577-0.302-0.28180.0723-0.1542-0.00010.5384-0.0536-0.04510.4095-0.07230.5302-20.3607-7.475-32.9864
160.00740.01280.00590.00990.00690.00440.0611-0.09370.1521-0.0110.0038-0.1049-0.07760.1725-0.02780.7786-0.2302-0.37660.676-0.21380.8599-7.3375-6.3457-26.9208
170.0018-0.00330.01050.0208-0.05940.16710.07610.04560.0385-0.01430.0775-0.065-0.04220.03980.04210.6683-0.33350.0160.9390.19461.1883-5.2232-1.3858-38.7768
180.01670.01130.00630.0195-0.00530.01020.15110.0980.2015-0.13860.1051-0.0315-0.08410.03070.0010.578-0.02430.00080.47020.08650.6079-17.1932-2.2291-42.2461
190.00910.00450.00680.02820.03180.0344-0.07050.13340.0115-0.0148-0.16590.0281-0.0352-0.0942-0.00010.49390.00190.03070.50030.14460.5435-9.202-8.6838-46.3852
200.1256-0.0296-0.18320.0652-0.12740.6340.5673-0.0448-0.01280.2287-0.3572-0.1304-0.1177-0.58550.06470.7176-0.1173-0.00360.5264-0.1550.3924-34.5137-7.1883-29.6374
210.2939-0.12-0.27790.03490.11020.26040.20890.05670.29350.436-0.1929-0.0065-0.0605-0.36860.1370.7744-0.12610.02210.4911-0.20540.4028-33.6264-7.0965-27.5214
220.0365-0.0026-0.00370.1298-0.01380.0339-0.1212-0.32030.00530.06120.04550.04760.23740.0509-0.00040.5471-0.01740.14610.5849-0.06110.5341-42.535528.009335.2643
230.00640.0096-0.00160.0443-0.02530.0263-0.0479-0.13420.1545-0.07240.22370.0252-0.1766-0.23590.00310.59420.06430.0260.7002-0.07350.6775-47.027239.160635.7452
240.0145-0.01080.00450.0355-0.02610.0240.06710.3230.0248-0.17950.16740.36850.0227-0.179-0.00040.47280.0485-0.14850.7833-0.05510.7725-47.582847.02932.7176
250.0163-0.00420.0020.0014-0.00120.0103-0.02130.2954-0.1209-0.3372-0.2690.04990.1052-0.0215-0.00060.8032-0.0561-0.09110.75490.0390.4781-46.433841.643922.273
260.05930.05720.07820.02820.05510.068-0.332-0.1533-0.16270.01170.35110.08590.6182-0.33290.00020.6551-0.03210.20750.7137-0.03750.4392-46.952718.728837.0632
270.08550.0270.06690.0457-0.00110.0608-0.4397-0.3385-0.03270.00070.44810.1280.24270.06210.01570.63830.00420.18240.6787-0.05480.4589-47.134420.37840.0244
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 65 through 91 )A65 - 91
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 92 through 117 )A92 - 117
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 118 through 127 )A118 - 127
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 128 through 133 )A128 - 133
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 134 through 155 )A134 - 155
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 156 through 166 )A156 - 166
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1 through 12 )B1 - 12
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 1 through 11 )C1 - 11
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 66 through 117 )D66 - 117
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 118 through 132 )D118 - 132
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 133 through 169 )D133 - 169
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'E' and (resid 7 through 17 )E7 - 17
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'F' and (resid 1 through 12 )F1 - 12
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'G' and (resid 66 through 82 )G66 - 82
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'G' and (resid 83 through 117 )G83 - 117
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'G' and (resid 118 through 132 )G118 - 132
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'G' and (resid 133 through 141 )G133 - 141
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'G' and (resid 142 through 152 )G142 - 152
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'G' and (resid 153 through 164 )G153 - 164
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'H' and (resid 1 through 12 )H1 - 12
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'I' and (resid 1 through 11 )I1 - 11
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'J' and (resid 67 through 101 )J67 - 101
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'J' and (resid 102 through 122 )J102 - 122
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'J' and (resid 123 through 143 )J123 - 143
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'J' and (resid 144 through 167 )J144 - 167
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'K' and (resid 1 through 12 )K1 - 12
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'L' and (resid 1 through 12 )L1 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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