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- PDB-2oc5: Crystal structure of a ferritin-like protein (pmt1231) from proch... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oc5
タイトルCrystal structure of a ferritin-like protein (pmt1231) from prochlorococcus marinus str. mit 9313 at 1.68 A resolution
要素Hypothetical protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Duf3066 family protein / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


aldehyde oxygenase (deformylating) activity / aldehyde oxygenase (deformylating) / transition metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Long-chain fatty aldehyde decarbonylase / Long-chain fatty aldehyde decarbonylase / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / Unknown ligand / Aldehyde decarbonylase
類似検索 - 構成要素
生物種Prochlorococcus marinus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of hypothetical protein (NP_895059.1) from Prochlorococcus marinus MIT9313 at 1.68 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2006年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS A BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8115
ポリマ－27,6401
非ポリマー1714
水5,585310
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.350, 77.350, 116.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-359-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein


分子量: 27640.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Prochlorococcus marinus (バクテリア)
株: MIT 9313 / 遺伝子: NP_895059.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7V6D4
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.1 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 7.8
詳細: 0.2M KAcetate, 20.0% PEG-3350, No Buffer pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91162, 0.97929, 0.97915
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月5日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.911621
20.979291
30.979151
反射解像度: 1.68→29.235 Å / Num. obs: 41123 / % possible obs: 99.6 % / Biso Wilson estimate: 30.354 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 10.19
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique all% possible all
1.68-1.740.5452.0825789702897.2
1.74-1.810.432.827749740995.2
1.81-1.890.3523.727227724995.9
1.89-1.990.2555.228407757797.3
1.99-2.120.1637.729877793299
2.12-2.280.1081128514755799.4
2.28-2.510.08713.329205772999.6
2.51-2.870.0741628736763799.7
2.870.05719.228948771999.8

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
SOLVE位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.68→29.235 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 2.906 / SU ML: 0.052 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.08
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4.TWO FE ATOMS AND AN UNKNOWN LIGAND (UNL) WERE MODELED INTO ELECTRON DENISTY NEAR GLU 45, GLU 73, HIS 76 GLU 128, AND HIS 160. AN ACETATE MOLECULE FROM THE CRYSTALLIZATION WAS ALSO MODELED. THE PRESENCE OF THE TWO IRON ATOMS IS SUPPORTED BY X-RAY FLUORESCENCE MEASUREMENTS, ANOMALOUS DIFFERENCE FOURIERS AND GEOMETRY. 5.RESIDUES 1-19 AT N-TERMINAL END ARE DISORDERED AND NOT BUILT IN THIS MODEL. 6.UNEXPLAINED ELECTRON DENSITY IS LOCATED NEAR ALA 238 AND ALA 239.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2 2060 5 %RANDOM
Rwork0.164 ---
obs0.166 40994 99.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.126 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å20 Å2
2--0.07 Å20 Å2
3----0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.68→29.235 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1736 0 26 310 2072
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221885
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021763
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4721.9712555
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89334082
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5845241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.75123.65693
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.29315326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4081517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2283
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022136
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02396
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.240.3490
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1750.31745
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1820.5941
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.51040
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2010.5356
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.020.51
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.20.34
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3630.328
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1990.533
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0331180
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5613466
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.73451857
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.798774
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.36611693
LS精密化 シェル解像度: 1.679→1.723 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 126 -
Rwork0.23 2728 -
obs-2854 95.01 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.199 Å / Origin y: 36.904 Å / Origin z: 39.066 Å
111213212223313233
T-0.0138 Å20.0096 Å20.0175 Å2--0.041 Å20.0235 Å2---0.0397 Å2
L0.518 °20.1766 °20.0753 °2-0.9745 °2-0.0594 °2--0.5853 °2
S0.0076 Å °-0.0064 Å °0.0194 Å °-0.0078 Å °-0.0196 Å °0.0205 Å °0.0106 Å °0.0077 Å °0.012 Å °
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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