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万見
- PDB-5k53: Crystal structures of aldehyde deformylating oxygenase from Oscil... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k53
タイトルCrystal structures of aldehyde deformylating oxygenase from Oscillatoria sp. KNUA011
要素aldehyde deformylating oxygenase
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / ferritin-like di-iron protein
機能・相同性
機能・相同性情報


aldehyde oxygenase (deformylating) activity / aldehyde oxygenase (deformylating) / transition metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Long-chain fatty aldehyde decarbonylase / Long-chain fatty aldehyde decarbonylase / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / STEARIC ACID / Aldehyde decarbonylase
類似検索 - 構成要素
生物種Oscillatoria sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Park, A.K. / Kim, H-.W.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
Korea Polar Research InstitutePE16070 韓国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2016
タイトル: Crystal structures of aldehyde deformylating oxygenase from Limnothrix sp. KNUA012 and Oscillatoria sp. KNUA011.
著者: Park, A.K. / Kim, I.S. / Jeon, B.W. / Roh, S.J. / Ryu, M.Y. / Baek, H.R. / Jo, S.W. / Kim, Y.S. / Park, H. / Lee, J.H. / Yoon, H.S. / Kim, H.W.
履歴
登録2016年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: aldehyde deformylating oxygenase
B: aldehyde deformylating oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3178
ポリマ－58,5242
非ポリマー7926
水1,72996
1
A: aldehyde deformylating oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6584
ポリマ－29,2621
非ポリマー3963
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: aldehyde deformylating oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6584
ポリマ－29,2621
非ポリマー3963
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.012, 78.265, 108.861
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 aldehyde deformylating oxygenase


分子量: 29262.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oscillatoria sp. (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1D5B390*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-STE / STEARIC ACID / ステアリン酸


分子量: 284.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H36O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細A sequence reference for this protein does not currently exist.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.57 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Tris, Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97953 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97953 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50.01 Å / Num. obs: 43714 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/av σ(I): 45.061 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Diffraction-ID% possible allRmerge(I) obs
1.8-1.838197.7
1.83-1.868197.7
1.86-1.97.9198.20.861
1.9-1.948198.40.639
1.94-1.988198.30.525
1.98-2.038198.20.439
2.03-2.088198.30.345
2.08-2.138198.50.277
2.13-2.28198.70.208
2.2-2.278198.80.174
2.27-2.3581990.146
2.35-2.448198.70.131
2.44-2.557.91990.107
2.55-2.697.9199.40.093
2.69-2.867.9199.10.079
2.86-3.087.7199.30.067
3.08-3.397.6199.50.059
3.39-3.887.21990.055
3.88-4.886.4193.20.056
4.88-505.6180.60.06

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QUW

4quw


解像度: 1.8→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 3.137 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.128 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2341 2096 4.9 %RANDOM
Rwork0.1929 ---
obs0.1949 41104 97.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 101.18 Å2 / Biso mean: 41.613 Å2 / Biso min: 23.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.81 Å20 Å20 Å2
2---0.56 Å20 Å2
3----1.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3456 0 42 96 3594
Biso mean--45.85 44.83 -
残基数----436
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0193581
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.023470
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.841.954819
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1793.0077971
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1325440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.24525.301183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.88915635
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.3551517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.2527
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024102
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02839
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2613.7221754
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.2523.7181753
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.9875.5582193
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 144 -
Rwork0.297 3018 -
all-3162 -
obs--97.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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