PDB-7ese: The Crystal Structure of human DHFR from Biortus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ese

タイトル

The Crystal Structure of human DHFR from Biortus

要素

Dihydrofolate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / catalytic activity / dihydrofolate reductase activity / oxidoreductase activity

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of removal of superoxide radicals / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / Metabolism of folate and pterines / tetrahydrofolate metabolic process / response to methotrexate / sequence-specific mRNA binding / axon regeneration / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / G1/S-Specific Transcription ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Wang, F. / Cheng, W. / Xu, C. / Qi, J. / Bao, X. / Miao, Q.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of human DHFR from Biortus
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Xu, C. / Qi, J. / Bao, X. / Miao, Q.

履歴

登録	2021年5月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年5月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ese.cif.gz	59.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ese.ent.gz	38.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ese.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ese_validation.pdf.gz	1022 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ese_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	7ese_validation.xml.gz	10.7 KB	表示
CIF形式データ	7ese_validation.cif.gz	13.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/7ese ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/7ese	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1bozS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1dlr-d 1hfp-d 1hfq-d 3ntz-d 2c2s-1 2c2t-1 6de4-1 1dr6-d 6a7e-d 3d84-d 1s3w-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (13) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#34 - 2002年10月
ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase)
類似性 (13)
#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#188 - 2015年8月
テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Dihydrofolate reductase

ヘテロ分子

24.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.569, 61.569, 94.068
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-81- LYS
2	1	A-363- HOH

#1: タンパク質	Dihydrofolate reductase 分子量: 23493.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DHFR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00374, dihydrofolate reductase
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-FOL / FOLIC ACID / 葉酸分子量: 441.397 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₁₉N₇O₆
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.17 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.15M KBr, 30% PEGMME 2000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.5212 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5212 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→47.03 Å / Num. obs: 16095 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.2 % / R_merge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 15.9
反射シェル	解像度: 1.85→1.89 Å / R_merge(I) obs: 1.086 / Num. unique obs: 946

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1BOZ

1boz

解像度: 1.85→39.541 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 5.414 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.177

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.285	791	4.957 %
R_work	0.2405	15165	-
all	0.243	-	-
obs	-	15956	99.352 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.357 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.431 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.431 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.861 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→39.541 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1495	0	80	77	1652

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	1616
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1478
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.471	1.727	2192
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.136	1.616	3451
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.048	5	184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.833	23.291	79
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.28	15	285
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.944	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.056	0.2	197
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1751
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	333
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	291
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	1452
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	745
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	713
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	92
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.07	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.172	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.221	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.587	3.343	742
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.586	3.345	740
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.585	5.004	924
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.584	5.004	924
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.61	3.527	873
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.609	3.525	874
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.693	5.21	1266
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.692	5.208	1267
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.329	37.137	1798
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.289	37.032	1787

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.898	0.447	60	0.387	1049	X-RAY DIFFRACTION	96.8559
1.898-1.95	0.389	59	0.356	1045	X-RAY DIFFRACTION	98.6595
1.95-2.006	0.323	49	0.323	1052	X-RAY DIFFRACTION	99.458
2.006-2.068	0.369	64	0.324	995	X-RAY DIFFRACTION	99.5301
2.068-2.136	0.345	45	0.29	997	X-RAY DIFFRACTION	99.6176
2.136-2.211	0.401	48	0.299	960	X-RAY DIFFRACTION	99.6047
2.211-2.294	0.35	50	0.292	914	X-RAY DIFFRACTION	98.6694
2.294-2.387	0.317	46	0.262	885	X-RAY DIFFRACTION	99.4658
2.387-2.493	0.367	44	0.265	858	X-RAY DIFFRACTION	99.5585
2.493-2.615	0.341	44	0.256	829	X-RAY DIFFRACTION	100
2.615-2.756	0.329	46	0.26	771	X-RAY DIFFRACTION	99.7558
2.756-2.922	0.259	35	0.25	752	X-RAY DIFFRACTION	99.7465
2.922-3.123	0.447	27	0.245	718	X-RAY DIFFRACTION	99.3333
3.123-3.373	0.28	35	0.225	653	X-RAY DIFFRACTION	100
3.373-3.693	0.229	32	0.216	608	X-RAY DIFFRACTION	100
3.693-4.126	0.235	31	0.199	571	X-RAY DIFFRACTION	100
4.126-4.759	0.24	29	0.18	503	X-RAY DIFFRACTION	100
4.759-5.817	0.189	18	0.182	433	X-RAY DIFFRACTION	100
5.817-8.174	0.222	15	0.197	353	X-RAY DIFFRACTION	99.729
8.174-39.541	0.153	14	0.153	219	X-RAY DIFFRACTION	99.1489

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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