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- PDB-7erd: Crystal structure of human Biliverdin IX-beta reductase B with Fl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7erd
タイトルCrystal structure of human Biliverdin IX-beta reductase B with Flunixin Meglumin (FMG)
要素Flavin reductase (NADPH)
キーワードOXIDOREDUCTASE / platelets / Biliverdin reductase B / BLVRB / inhibitors / NADP / Flunixin
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN reductase (NADH) activity / biliverdin reductase [NAD(P)H] activity / flavin reductase (NADPH) / FMN reductase (NADPH) activity / 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; NADまたはNADPを用いる / 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; その他の含窒素の基を移すもの / megakaryocyte differentiation / riboflavin reductase (NADPH) activity / heme catabolic process / Heme degradation ...FMN reductase (NADH) activity / biliverdin reductase [NAD(P)H] activity / flavin reductase (NADPH) / FMN reductase (NADPH) activity / 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; NADまたはNADPを用いる / 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; その他の含窒素の基を移すもの / megakaryocyte differentiation / riboflavin reductase (NADPH) activity / heme catabolic process / Heme degradation / peptidyl-cysteine S-nitrosylase activity / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / Cytoprotection by HMOX1 / intracellular membrane-bounded organelle / extracellular exosome / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / NAD(P)H-binding / NAD(P)-binding domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JBO / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Flavin reductase (NADPH)
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Griesinger, C. / Lee, D. / Ryu, K.S. / Kim, M. / Ha, J.H.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Repositioning Food and Drug Administration-Approved Drugs for Inhibiting Biliverdin IX beta Reductase B as a Novel Thrombocytopenia Therapeutic Target.
著者: Kim, M. / Ha, J.H. / Choi, J. / Kim, B.R. / Gapsys, V. / Lee, K.O. / Jee, J.G. / Chakrabarti, K.S. / de Groot, B.L. / Griesinger, C. / Ryu, K.S. / Lee, D.
履歴
登録2021年5月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flavin reductase (NADPH)
B: Flavin reductase (NADPH)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5688
ポリマ－44,2972
非ポリマー2,2716
水3,729207
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4380 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area17050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.821, 116.996, 41.615
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-507-

HOH

21B-562-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Flavin reductase (NADPH) / FR / Biliverdin reductase B / BVR-B / Biliverdin-IX beta-reductase / Green heme-binding protein / ...FR / Biliverdin reductase B / BVR-B / Biliverdin-IX beta-reductase / Green heme-binding protein / GHBP / NADPH-dependent diaphorase / NADPH-flavin reductase / FLR


分子量: 22148.350 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BLVRB, FLR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P30043, flavin reductase (NADPH), biliverdin reductase
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-JBO / 2-[[2-methyl-3-(trifluoromethyl)phenyl]amino]pyridine-3-carboxylic acid / フルニキシン


分子量: 296.245 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H11F3N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗炎症剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.29 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.9-2.0M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-tris (pH 6.5)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.97942 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.502→47.59 Å / Num. obs: 25824 / % possible obs: 99.49 % / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 26 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.09644 / Net I/σ(I): 14.58
反射 シェル解像度: 1.502→1.556 Å / Rmerge(I) obs: 0.4497 / Num. unique obs: 6334 / CC1/2: 0.737

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-20001.16_3549データ収集
HKL-20001.16_3549データスケーリング
PHENIXモデル構築
PHENIX1.19.2精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1HE5

1he5


解像度: 2→47.59 Å / SU ML: 0.2361 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 21.6248
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 2000 7.75 %
Rwork0.1796 23804 -
obs0.1835 25804 92.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→47.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3106 0 148 207 3461
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00793333
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96574567
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0523531
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0067572
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.99652289
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.050.30151210.26691444X-RAY DIFFRACTION81.34
2.05-2.10.29361310.25571550X-RAY DIFFRACTION85.29
2.1-2.160.30621300.25561547X-RAY DIFFRACTION85.82
2.16-2.230.30021310.21831564X-RAY DIFFRACTION86.75
2.23-2.310.23321410.20931668X-RAY DIFFRACTION91.13
2.31-2.410.26371410.20021678X-RAY DIFFRACTION93.38
2.41-2.520.24921420.1991708X-RAY DIFFRACTION94.24
2.52-2.650.24411460.19541731X-RAY DIFFRACTION94.37
2.65-2.820.29211430.19471707X-RAY DIFFRACTION92.96
2.82-3.030.23421490.18931767X-RAY DIFFRACTION96.77
3.03-3.340.23481520.16911806X-RAY DIFFRACTION98.19
3.34-3.820.23931550.15421850X-RAY DIFFRACTION98.87
3.82-4.810.15621530.13381827X-RAY DIFFRACTION96.82
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.484415722950.14702305670.2782460529343.332929571430.6357969042055.864786447130.325553980950.333378335670.170468919801-0.3116010969030.263203185191-0.194933290612-0.368851218181-0.420300495788-0.4491818513340.213546942237-0.03728421618510.04199923069760.1759287202790.03211734812440.228317615475-21.03000637246.30574617928-14.6140101715
22.09874851283-0.935006945457-0.480981438061.805893563181.268915629182.655783712020.1661643658610.008365534442170.482848457241-0.2234588090690.216545831767-0.238098266653-0.518568120662-0.00296239927482-0.4518224910690.268517235294-0.006268471451920.06420699404410.1981726522620.02888596409490.219299343722-19.273954039311.2532510195-11.4399522631
32.148259011690.656111036529-0.8570797720011.2487843959-0.4476639167941.822092585160.09271925058020.1189785248710.471541080726-0.012293151986-0.002193583239310.099008354056-0.446391835526-0.327112595784-0.06859614496280.2711253054360.05614436971240.004094682905470.2124888684790.01158664265080.245536351988-29.23479356127.98371112104-7.24799994239
41.889886070810.195309847159-0.09699350227132.06030051410.6909779871544.331350716480.01255927429460.218210168277-0.194143297132-0.008314145089980.05769615272610.2262383503210.0656457620872-0.708499831099-0.0404352792950.18809481389-0.0133792960495-0.01124347474510.256551819917-0.00676891486250.192745577474-30.5135993426-4.53331868742-8.86668983793
51.858946807510.386419340186-0.1077626418452.045842104430.07678910639141.856812056490.00116699179293-0.15733648764-0.1242370369010.06000556149320.13534744335-0.352732569896-0.109854010090.114867176713-0.1705432543380.1640059721690.00816101280724-0.01361359819780.125772646921-0.01042535817150.196926739638-17.5612955872-5.340442878822.41549597785
61.136059968430.4273335692560.1150682270551.313239443140.2870090154253.552407468510.0594208180287-0.274431000312-0.1606499605130.13740484668-0.1068032559930.0656605182129-0.141376863567-0.3419889827230.06016849878630.181788228615-0.00952714109658-0.003071280301810.1867008891970.01098264773280.139123546651-24.4783930873-6.536543006893.83035591909
72.181937270670.426652259491-0.1614384192782.723484714820.6909989167160.960491823050.028686360982-0.221036183630.1347999387970.2879181277220.108582599365-0.299991756015-0.01708943729340.241690505687-0.1573600122990.2110214838830.0226640765749-0.0218623291380.234987886406-0.05547647307040.210343299069-10.24151477990.209041738447-0.362302041896
81.270601081050.1273916377610.5220170207542.272843904881.045240782083.141809068720.2570386871750.005469396131050.0698072065572-0.2300384018950.18892075241-0.431221964551-0.2439579663880.402130099208-0.403848589160.187260075878-0.03881604546730.03526558206360.254731365076-0.05268236160780.203833332249-11.16204379835.47027511139-5.34518643988
91.8014224506-0.230844960649-0.1601432181983.00400116194-0.2885008777451.193804726820.0107334401924-0.0953449252874-0.22039998007-0.2345010000590.231665546584-0.908479622803-0.08184630957510.324490099117-0.2450802530750.200590656239-0.003049295655590.03755788412470.284865332652-0.1068686580220.332540665069-7.50993356435-1.26745088707-4.02571856862
102.58377086009-0.2326194808580.4284120854962.851220673750.6041151915750.798158411981-0.0733569566498-0.0135158566626-0.3832617317670.04169063300830.105732487031-0.0190244953220.118422887719-0.03856487822580.01496466755780.2317067885630.03022059753170.02936950277050.2401363851750.08811740511990.39930218427-36.2158630052-33.32180218482.55998708918
110.16853981088-0.007909717261550.3017654163811.62444171243-0.7032261640690.8114346996270.2451711061370.391505279104-0.128960688648-0.747861975604-0.1008486170810.2009777167820.02623505676140.5178044749540.02458251297070.5529009299360.0598850125889-0.06933952110710.535325360998-0.01188488146330.496803411829-37.0448045528-30.1343920982-8.99616548453
121.05028215715-1.21380484485-0.2157438339672.405712396571.41898405111.050421339430.0351440516166-0.0024100223924-0.540830066937-0.420334155549-0.08334403429080.9866073610680.041168775184-0.04609325377770.1053004652970.3037427275540.0140077254686-0.02885357846140.3167570842560.101573827140.629874954645-46.3735462734-25.35892873861.70967449198
131.64342980888-0.761418725981-0.7094130387413.14645794050.575622070091.94775812566-0.197513565612-0.577077799374-0.5272905816720.3129984078210.07872854654010.3872413762240.04758952369960.1284327131950.1046306592760.2683452943890.05845159417560.04863443412420.3860364088020.1326361921360.354119088631-43.9662362498-18.364682613812.1736845798
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152.299631346911.49304118819-0.6838549925188.135062687550.1415464957134.47715019542-0.00514893976819-0.631215949662-0.5822488318510.842625913682-0.032053778022-0.80378197243-0.1435872807870.347967737512-0.09767761254790.384092789480.125915879483-0.117848436560.5316234802630.1349200556930.350745853486-28.3851172362-24.522430207216.7250627347
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 13 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 14 through 34 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 35 through 85 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 86 through 101 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 102 through 122 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 123 through 142 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 143 through 174 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 175 through 189 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 190 through 206 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 1 through 34 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 35 through 48 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 49 through 85 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 86 through 142 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 143 through 190 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 191 through 206 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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