PDB-7er7: Crystal structure of hyman Biliverdin IX-beta reductase B with Ta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7er7

タイトル

Crystal structure of hyman Biliverdin IX-beta reductase B with Tamibarotene (A80)

要素

Flavin reductase (NADPH)

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

platelets (血小板) /

Biliverdin reductase B /

BLVRB / inhibitors /

NADP (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸) / thrombovytopenia / Tamibarotene

機能・相同性

機能・相同性情報

biliberdin reductase NAD+ activity / biliverdin reductase (NADPH) activity / biliverdin reductase (NAD(P)H) activity / flavin reductase (NADPH) /

酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; NADまたはNADPを用いる /

転移酵素; 含窒素の基を移すもの; その他の含窒素の基を移すもの / peptidyl-cysteine S-nitrosylase activity / riboflavin reductase (NADPH) activity / megakaryocyte differentiation / heme catabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Griesinger, C. / Lee, D. / Ryu, K.S. / Kim, M. / Ha, J.H.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Repositioning Food and Drug Administration-Approved Drugs for Inhibiting Biliverdin IX beta Reductase B as a Novel Thrombocytopenia Therapeutic Target.
著者: Kim, M. / Ha, J.H. / Choi, J. / Kim, B.R. / Gapsys, V. / Lee, K.O. / Jee, J.G. / Chakrabarti, K.S. / de Groot, B.L. / Griesinger, C. / Ryu, K.S. / Lee, D.

履歴

登録	2021年5月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7er7.cif.gz	215.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7er7.ent.gz	140.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7er7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/7er7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/7er7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7er6C 7er8C 7er9C 7eraC 7erbC 7ercC 7erdC 7ereC 1he5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7er9-d 5lpe-d 7erc-d 2w1k-d 7ere-1 6qgo-d 1ini-1 6ww9-d 2es3-d 2hxy-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Flavin reductase (NADPH)

B: Flavin reductase (NADPH)

ヘテロ分子

47 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.253, 117.859, 42.023
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-593- HOH
2	1	A-624- HOH
3	1	A-667- HOH

#1: タンパク質	Flavin reductase (NADPH) / FR / Biliverdin reductase B / BVR-B / Biliverdin-IX beta-reductase / Green heme-binding protein / ...FR / Biliverdin reductase B / BVR-B / Biliverdin-IX beta-reductase / Green heme-binding protein / GHBP / NADPH-dependent diaphorase / NADPH-flavin reductase / FLR 分子量: 22286.494 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BLVRB, FLR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P30043, flavin reductase (NADPH), ビリベルジンレダクターゼ
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-A80 / 4-[(5,5,8,8-tetramethyl-5,6,7,8-tetrahydronaphthalen-2-yl)carbamoyl]benzoic acid / Am-80 分子量: 351.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₅NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.83 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.9M-2.0M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-tris (pH 6.5)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.97942 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.698→50 Å / Num. obs: 45334 / % possible obs: 98.47 % / 冗長度: 10.9 % / B_iso Wilson estimate: 16.11 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.09526 / Net I/σ(I): 11.65
反射シェル	解像度: 1.698→1.759 Å / R_merge(I) obs: 0.4064 / Num. unique obs: 45334 / CC_1/2: 0.806

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
HKL-2000	1.16_3549	データ収集
HKL-2000	1.16_3549	データスケーリング
PHENIX		モデル構築
PHASER		位相決定
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1HE5

1he5

解像度: 1.7→47.9 Å / SU ML: 0.1729 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.47 / 位相誤差: 18.5989
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2096	2000	4.41 %
R_work	0.1766	43339	-
obs	0.178	45239	98.48 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→47.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3116	0	152	305	3573

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0063	3364
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9278	4618
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0542	535
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0057	578
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.3978	2660

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.74	0.2844	138	0.2451	2975	X-RAY DIFFRACTION	96.02
1.74-1.79	0.2704	139	0.2246	3041	X-RAY DIFFRACTION	98.51
1.79-1.84	0.2367	142	0.212	3057	X-RAY DIFFRACTION	98.49
1.84-1.9	0.249	136	0.2011	2951	X-RAY DIFFRACTION	95.51
1.9-1.97	0.229	142	0.1889	3085	X-RAY DIFFRACTION	99.51
1.97-2.05	0.2093	143	0.1918	3091	X-RAY DIFFRACTION	99.66
2.05-2.14	0.2266	143	0.1793	3108	X-RAY DIFFRACTION	99.66
2.14-2.25	0.1979	145	0.1721	3116	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2.25-2.39	0.2084	140	0.1709	3047	X-RAY DIFFRACTION	97.61
2.39-2.58	0.1987	143	0.1785	3106	X-RAY DIFFRACTION	98.75
2.58-2.84	0.2444	145	0.1837	3145	X-RAY DIFFRACTION	99.43
2.84-3.25	0.2302	144	0.175	3136	X-RAY DIFFRACTION	99.06
3.25-4.09	0.1795	147	0.1546	3167	X-RAY DIFFRACTION	98.72

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0101518968415	0.00514901920454	0.00401675002274	0.00459386729651	0.0011321821131	0.00195547995725	0.00954790400915	0.0525678040679	0.0318506064482	0.00960928549351	0.0296145288897	0.0050528311381	-0.019174426354	-0.00201614501596	0.00854726136037	0.0908587965202	-0.0107328151711	0.0141426849889	0.109041657448	-0.0104882263821	0.0643280538191	-20.3732226888	5.92374331505	-15.8748872742
2	0.00355745894117	-0.0118812684473	0.00062685526992	0.0483170451266	-0.00724610917931	0.00993592918667	-0.039732299646	0.0610175240704	0.108030148736	-0.0130467641781	0.0286231384912	0.0138837093091	-0.0653000004458	-0.000343563757747	-0.0081247427769	0.110871121203	-0.00714255000445	0.00633133712145	0.0891279714848	0.0142375876224	0.132905654305	-22.3601914462	12.3801626188	-9.54306676519
3	0.0581506012713	0.0299834132887	-0.042307179629	0.0263602807349	-0.0238786063619	0.0415070324073	0.0258524182682	0.0704879473615	0.153738560855	0.0177071803452	0.0574277445746	0.0895671112147	-0.0185643510059	-0.022965263572	0.0777228326347	0.0937921194349	-0.00063441563151	0.00306062288067	0.0926460485841	0.00847886363302	0.0924465543841	-28.8048495743	7.10310499936	-7.29651398622
4	0.0102610427574	-0.000360283215303	0.00109729528875	0.00809732896324	0.00178697307055	0.00098465978768	0.0154561181436	0.0558643723907	-0.00169760409692	-0.0276164274617	0.0216284162724	0.0172830711305	0.0138567985664	-0.00911666464359	0.0190904737331	0.0914343175407	-0.00656339380679	0.00220676131084	0.100513833518	0.00133906791427	0.0501638141794	-30.7750298983	-4.56318680354	-8.4457801635
5	0.111872491129	-0.0107689282279	0.011980534789	0.0555520401172	-0.00123323165183	0.0240742522752	-0.0116365273233	-0.161607402077	-0.0732315317636	-0.0400809954551	0.0341150159589	-0.0521882037884	0.0143378024543	0.0363713470525	0.042591285122	0.0976216356921	0.0213657538213	-0.00224769803082	0.110550530256	-0.0249159434	-0.0780771568442	-20.2369857598	-5.28781062632	2.26808361793
6	0.0118416489417	-0.0021306232244	0.0122465134354	0.0108056282443	-0.00693008523233	0.0271495826526	0.00892911340606	-0.100287331496	0.0371037530247	0.00455903422545	0.00420790372344	0.0135043465906	0.00596333638666	0.00103559312192	0.00175181071704	0.102329113937	-0.012628277905	-0.00447739533304	0.119845227347	-0.0379113522366	0.156643705007	-6.16216895165	2.2967374715	1.32385161806
7	0.0118173983474	-0.0141722583108	-0.000245324624899	0.0433684766385	-0.0255256374242	0.032316416724	-0.00714566098927	-0.065777199369	0.0875865698133	-0.0306751721448	-0.0213710087993	-0.0934504897506	0.00827915656147	0.0671884654677	-0.0432749315813	0.0945335427566	-0.0104205666117	0.00414980555411	0.0794793505447	-0.0141394099156	0.0881417136983	-9.28763686281	1.88943644323	-4.51834619787
8	0.00623401846981	-0.000222858219076	-0.00123387671588	0.0132491808191	-0.00390319522473	0.0061678033068	-0.00174373590601	0.00618011842564	0.0123624934853	0.0181795758486	-0.00168277702311	-0.00121657827584	-0.0210122539618	0.0168824812029	0.00205123181052	0.175505280456	0.000887633203911	0.0451549889836	0.0327789596914	0.164170023703	0.454874784178	-35.0454438513	-32.7535209472	3.31623541216
9	0.0173018120684	-0.0247053279393	-0.015023786635	0.036056971704	0.0208544909748	0.0131024434887	0.0092199503214	0.0281492548678	-0.0171137321246	-0.103832374568	-0.0383304643469	0.109613096933	-0.0186996035066	-0.0271925763332	-0.0381383452822	0.109015345245	0.111482654322	-0.0347594952533	-0.0618895724857	0.277773930056	0.625441541265	-42.976599132	-32.255725016	-1.80345114352
10	0.00333612819503	-0.00195289969601	0.00140589397052	0.00949836854203	-0.00317648424316	0.00157322612132	0.0184926577037	-0.00620992424442	-0.0269987682055	-0.0151758330084	-0.00190374270619	-0.00225204103662	0.00516696359259	0.0115545414967	0.000139079158124	0.144857431931	0.0199817570737	0.0336757772431	0.176816576793	0.056212536203	0.20387874187	-43.469851397	-12.8353782572	3.01124529995
11	0.00711318198396	-0.00771745487373	0.000148175946285	0.0530169951599	-0.0547143193481	0.258421670511	-0.0701810491299	-0.126703816391	-0.24077830867	0.0940757185328	-0.00668910559782	0.0896017804579	-0.0310746943219	0.0614941068632	-0.0883138398001	0.128855554965	0.0336751056124	0.114876770025	0.149821872474	0.236156787592	0.29694582262	-43.9102890151	-18.4296288311	12.356545925
12	0.0115438764825	0.0210907829521	-0.0264278219999	0.0748072746494	-0.0602406127893	0.0793808739519	-0.000450102888516	-0.0655065724966	-0.0681557182433	0.0296402801294	0.0875689717214	0.0442371156879	-0.042473720098	0.00136748218493	0.107418596322	0.247767964762	0.00769088141629	0.105503960148	0.151115636607	0.187435757876	0.228820237045	-29.2701717693	-21.6062145808	14.1148873632
13	0.0364258030609	0.0434186909387	0.00845093814893	0.059212932481	0.0171240288092	0.0435916648752	0.020682500689	-0.0371638676033	-0.0796039475651	0.00222491323404	0.0696434799447	-0.0302273678697	-0.00531001496923	0.0342434665181	0.0987230893236	0.275270883685	0.0157901955994	0.0468691854286	0.228346858555	0.142416612111	0.371755598856	-28.3530698484	-26.2587329923	13.6651437646

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 13 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 14 through 39 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 40 through 85 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 86 through 101 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 102 through 155 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 156 through 174 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 175 through 206 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 1 through 26 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 27 through 73 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 74 through 85 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 86 through 142 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 143 through 174 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 175 through 206 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)