PDB-7epr: Partial Consensus L-threonine 3-dehydrogenase (C-Change)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7epr

タイトル

Partial Consensus L-threonine 3-dehydrogenase (C-Change)

要素

L-threonine 3-dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / L-threonine 3-dehydrogenase / artificial protein

機能・相同性

NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Kozuka, K. / Nakano, S. / Asano, Y. / Ito, S.

資金援助

日本, 3件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: Partial Consensus Design and Enhancement of Protein Function by Secondary-Structure-Guided Consensus Mutations.
著者: Kozuka, K. / Nakano, S. / Asano, Y. / Ito, S.

履歴

登録	2021年4月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年8月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7epr.cif.gz	262.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7epr.ent.gz	203.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7epr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7epr_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7epr_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	7epr_validation.xml.gz	47.7 KB	表示
CIF形式データ	7epr_validation.cif.gz	66.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/7epr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/7epr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7epsC 3wmxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3wmx-2 5z75-1 5z75-2 3a4v-d 7eps-2 4hr5-1 7epr-2 5vg6-3 3k1g-12 5dcs-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: L-threonine 3-dehydrogenase

B: L-threonine 3-dehydrogenase

C: L-threonine 3-dehydrogenase

D: L-threonine 3-dehydrogenase

ヘテロ分子

152 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: L-threonine 3-dehydrogenase

B: L-threonine 3-dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
75.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: L-threonine 3-dehydrogenase

D: L-threonine 3-dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
75.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	149.019, 58.474, 138.130
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.234, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-577- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	2	A
4	2	C
5	3	A
6	3	D
7	4	B
8	4	C
9	5	B
10	5	D
11	6	C
12	6	D

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ALA	ALA	A	A	5 - 314	25 - 334
2	2	1	ALA	ALA	B	B	5 - 314	25 - 334
3	3	2	ALA	ALA	A	A	5 - 314	25 - 334
4	4	2	ALA	ALA	C	C	5 - 314	25 - 334
5	5	3	LEU	LEU	A	A	7 - 312	27 - 332
6	6	3	LEU	LEU	D	D	7 - 312	27 - 332
7	7	4	ALA	ALA	B	B	5 - 314	25 - 334
8	8	4	ALA	ALA	C	C	5 - 314	25 - 334
9	9	5	LEU	LEU	B	B	7 - 312	27 - 332
10	10	5	LEU	LEU	D	D	7 - 312	27 - 332
11	11	6	LEU	LEU	C	C	7 - 312	27 - 332
12	12	6	LEU	LEU	D	D	7 - 312	27 - 332

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	L-threonine 3-dehydrogenase 分子量: 37286.289 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 375 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.99 %
結晶化	温度: 275 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20% [w/v] PEG 3350, 0.2M sodium phosphate monobasic monohydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→46 Å / Num. obs: 412432 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 16.3
反射シェル	解像度: 2.2→2.32 Å / R_merge(I) obs: 0.559 / Num. unique obs: 8720 / CC_1/2: 0.847

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3WMX

3wmx

解像度: 2.2→46 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / SU B: 7.931 / SU ML: 0.196 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.345 / ESU R Free: 0.239 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2582	3100	5.103 %
R_work	0.2083	57650	-
all	0.211	-	-
obs	-	60750	99.859 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.019 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.004 Å²	-0 Å²	0.062 Å²
2-	-	0.075 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.084 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9335	0	176	375	9886

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	9751
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9078
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.476	1.646	13303
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.27	1.576	20931
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.91	5	1190
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.584	22.232	457
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.304	15	1565
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.163	15	56
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	1331
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	10906
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2166
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	1956
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.181	0.2	8676
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.2	4786
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	4488
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.199	0.2	507
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.234	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.208	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.251	0.2	107
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.351	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.507	4.856	4790
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.503	4.855	4789
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.407	7.264	5970
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.408	7.265	5971
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.41	5.122	4961
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.409	5.122	4962
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.484	7.532	7333
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.484	7.532	7334
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.254	55.903	11153
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.261	55.9	11081
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.098	0.05	9835
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.1	0.05	9813
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.102	0.05	9052
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.104	0.05	9837
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.098	0.05	9091
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.107	0.05	9015

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09756	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09756	0.05008
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10001	0.05008
2	4	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10001	0.05008
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10196	0.05008
3	6	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10196	0.05008
4	7	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1041	0.05008
4	8	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1041	0.05008
5	9	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09762	0.05008
5	10	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09762	0.05008
6	11	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10681	0.05008
6	12	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10681	0.05008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.257	0.347	219	0.283	4191	X-RAY DIFFRACTION	98.3058
2.257-2.319	0.326	235	0.27	4073	X-RAY DIFFRACTION	100
2.319-2.386	0.295	236	0.246	4013	X-RAY DIFFRACTION	100
2.386-2.46	0.3	203	0.242	3923	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.54	0.313	186	0.242	3797	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.629	0.295	201	0.23	3658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.629-2.729	0.275	199	0.23	3519	X-RAY DIFFRACTION	100
2.729-2.84	0.283	196	0.237	3385	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.966	0.291	196	0.227	3294	X-RAY DIFFRACTION	100
2.966-3.111	0.289	150	0.231	3131	X-RAY DIFFRACTION	100
3.111-3.279	0.278	159	0.216	2973	X-RAY DIFFRACTION	100
3.279-3.478	0.26	165	0.216	2829	X-RAY DIFFRACTION	100
3.478-3.718	0.232	143	0.199	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
3.718-4.015	0.211	133	0.179	2467	X-RAY DIFFRACTION	100
4.015-4.398	0.205	108	0.173	2301	X-RAY DIFFRACTION	100
4.398-4.917	0.226	123	0.163	2079	X-RAY DIFFRACTION	100
4.917-5.676	0.241	80	0.181	1847	X-RAY DIFFRACTION	100
5.676-6.949	0.226	69	0.187	1576	X-RAY DIFFRACTION	100
6.949-9.815	0.197	63	0.165	1239	X-RAY DIFFRACTION	100
9.815-46	0.282	36	0.257	705	X-RAY DIFFRACTION	98.8

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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