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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7epn | |||||||||
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タイトル | Ketosteroid Isomerase KSI native | |||||||||
要素 | SnoaL-like domain-containing protein | |||||||||
キーワード | ISOMERASE / Kemp elimination / MsKSI / Mycobacterium smegmatis / Crystal structure. | |||||||||
機能・相同性 | SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / NTF2-like domain superfamily / SnoaL-like domain-containing protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Liang, Y. / Zhang, Q. / Bartlam, M. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2021 タイトル: Structural characterization and Kemp eliminase activity of the Mycobacterium smegmatis Ketosteroid Isomerase. 著者: Liang, Y. / Li, W. / Liang, H. / Lou, X. / Liu, R. / Zhang, Q. / Bartlam, M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7epn.cif.gz | 141.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7epn.ent.gz | 92.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7epn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7epn_validation.pdf.gz | 432.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7epn_full_validation.pdf.gz | 433.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7epn_validation.xml.gz | 12 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7epn_validation.cif.gz | 16.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/7epn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/7epn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16394.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEI_6677 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: I7FVV8 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.59 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M Sodium acetate trihydrate, 0.1M Tris, pH 8.5, 30% PEG 3000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9789 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9789 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 25005 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 17.14 Å2 / Rpim(I) all: 0.019 / Net I/σ(I): 35.78 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 13.2 % / Mean I/σ(I) obs: 20.59 / Num. unique obs: 1237 / Rpim(I) all: 0.042 / % possible all: 99.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3GRD 解像度: 1.9→42.8 Å / SU ML: 0.1833 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.4408 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.59 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→42.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 30.8392479715 Å / Origin y: 14.1760496534 Å / Origin z: -16.2592277046 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |