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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7eok | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Pepper aptamer in complex with HBC485 | ||||||
要素 | Pepper (49-MER) | ||||||
キーワード | RNA / Fluorescent RNA / Aptamer / HBC485 | ||||||
機能・相同性 | GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Chem-J8L / RNA / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Huang, K.Y. / Ren, A.M. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2021 タイトル: Structure-based investigation of fluorogenic Pepper aptamer. 著者: Huang, K. / Chen, X. / Li, C. / Song, Q. / Li, H. / Zhu, L. / Yang, Y. / Ren, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7eok.cif.gz | 43.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7eok.ent.gz | 27.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7eok.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/7eok ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/7eok | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 15428.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) 発現宿主: in vitro transcription vector pT7-TP(deltai) (その他) | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-GTP / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-J8L / | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.7 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M ammonium chloride, 0.005 M magnesium chloride, 0.025 M HEPES, pH 7.0, 1.25 M 1,6-hexanediol, 40% MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1.102 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月9日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.102 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 4422 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.147 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.163 / Χ2: 1.164 / Net I/σ(I): 4.3 / Num. measured all: 22403 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7EOG 解像度: 2.7→45.222 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 19.59 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 147.48 Å2 / Biso mean: 64.0061 Å2 / Biso min: 19.89 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.7→45.222 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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