PDB-7emm: Crystal structure of IrCp* immobilized apo-R52H-rHLFr

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7emm

タイトル

Crystal structure of IrCp* immobilized apo-R52H-rHLFr

要素

Ferritin light chain

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Iron storage protein / Ir binding

機能・相同性

機能・相同性情報

: / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / iron ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Equus caballus (ウマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.25 Å

データ登録者

Taher, M. / Maity, B. / Nakane, T. / Abe, S. / Ueno, T. / Mazumdar, S.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2022
タイトル: Controlled Uptake of an Iridium Complex inside Engineered apo-Ferritin Nanocages: Study of Structure and Catalysis.
著者: Taher, M. / Maity, B. / Nakane, T. / Abe, S. / Ueno, T. / Mazumdar, S.

履歴

登録	2021年4月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7emm.cif.gz	63.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7emm.ent.gz	43.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7emm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7emm_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7emm_full_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示
XML形式データ	7emm_validation.xml.gz	12.5 KB	表示
CIF形式データ	7emm_validation.cif.gz	18.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/7emm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/7emm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7emlC 7w7jC 1datS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5gu2-1 3f36-1 2v2s-1 7bom-1 7eml-1 2v2m-1 3o7s-1 3h7g-1 6ts1-1 6tsx-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (10) #229 - 2019年1月蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers) 類似性 (1) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ferritin light chain

ヘテロ分子

22 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ferritin light chain

ヘテロ分子

x 24

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis, Size exclusion DLS X-ray crystal structure
527 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_554	-x,y,-z-1	1
crystal symmetry operation	4_554	x,-y,-z-1	1
crystal symmetry operation	13_554	y,x,-z-1	1
crystal symmetry operation	14_554	-y,-x,-z-1	1
crystal symmetry operation	15_555	y,-x,z	1
crystal symmetry operation	16_555	-y,x,z	1
crystal symmetry operation	33_554	y,z+1/2,x-1/2	1
crystal symmetry operation	34_554	-y,z+1/2,-x-1/2	1
crystal symmetry operation	35_544	y,-z-1/2,-x-1/2	1
crystal symmetry operation	36_544	-y,-z-1/2,x-1/2	1
crystal symmetry operation	41_554	x,z+1/2,-y-1/2	1
crystal symmetry operation	42_554	-x,z+1/2,y-1/2	1
crystal symmetry operation	43_544	-x,-z-1/2,-y-1/2	1
crystal symmetry operation	44_544	x,-z-1/2,y-1/2	1
crystal symmetry operation	53_554	z+1/2,x,y-1/2	1
crystal symmetry operation	54_554	z+1/2,-x,-y-1/2	1
crystal symmetry operation	55_454	-z-1/2,-x,y-1/2	1
crystal symmetry operation	56_454	-z-1/2,x,-y-1/2	1
crystal symmetry operation	69_554	z+1/2,y,-x-1/2	1
crystal symmetry operation	70_554	z+1/2,-y,x-1/2	1
crystal symmetry operation	71_454	-z-1/2,y,x-1/2	1
crystal symmetry operation	72_454	-z-1/2,-y,-x-1/2	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	182.064, 182.064, 182.064
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	209
Space group name H-M	F432

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-204- CD
2	1	A-205- CD
3	1	A-206- CD
4	1	A-207- CD
5	1	A-524- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Ferritin light chain / Ferritin L subunit 分子量: 19853.381 Da / 分子数: 1 / 変異: R52H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 遺伝子: FTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02791

-
非ポリマー , 6種, 258分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#5: 化合物	ChemComp-IR / IRIDIUM ION 分子量: 192.217 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ir / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.19 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Ammonium sulfate (0.5-1.0M), Cadmium sulfate(12-20mM)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1.05 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.25→45.557 Å / Num. obs: 71449 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 73.1 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.166 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.168 / Net I/σ(I): 2.5
反射シェル	解像度: 1.25→1.27 Å / Num. unique obs: 3467 / CC_1/2: 0.848

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1DAT

1dat

解像度: 1.25→41.768 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / WR_factor R_free: 0.177 / WR_factor R_work: 0.166 / SU B: 0.464 / SU ML: 0.02 / Average fsc free: 0.9589 / Average fsc work: 0.9634 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.038 / ESU R Free: 0.038 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1855	3614	5.059 %
R_work	0.1746	67828	-
all	0.175	-	-
obs	-	71442	99.985 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.196 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.25→41.768 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1380	0	27	242	1649

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.013	1546
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1450
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.193	1.633	2111
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.592	1.577	3385
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.688	5	210
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.673	22.188	96
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.383	15	292
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.107	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.118	0.2	193
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1771
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	340
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.295	0.2	379
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	1272
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.19	0.2	731
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.095	0.2	638
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.264	0.2	157
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.019	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.307	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.381	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.168	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.418	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.534	1.142	731
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.51	1.137	730
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.396	1.709	921
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.396	1.715	922
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.661	1.405	815
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.606	1.396	808
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.887	2.011	1169
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.883	1.992	1158
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.784	15.751	1916
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.499	14.52	1834

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.25-1.283	0.402	254	0.409	4932	0.409	5186	0.928	0.924	100	0.378
1.283-1.318	0.352	264	0.329	4781	0.33	5047	0.931	0.937	99.9604	0.298
1.318-1.356	0.3	249	0.269	4697	0.27	4946	0.927	0.945	100	0.239
1.356-1.397	0.232	237	0.224	4544	0.224	4782	0.954	0.955	99.9791	0.193
1.397-1.443	0.222	254	0.184	4389	0.186	4643	0.949	0.959	100	0.158
1.443-1.494	0.162	237	0.155	4277	0.156	4515	0.968	0.968	99.9779	0.135
1.494-1.55	0.17	251	0.146	4107	0.148	4358	0.967	0.971	100	0.131
1.55-1.613	0.166	206	0.147	3971	0.148	4177	0.968	0.974	100	0.134
1.613-1.685	0.14	189	0.146	3854	0.145	4043	0.979	0.978	100	0.136
1.685-1.767	0.182	196	0.151	3657	0.152	3853	0.967	0.976	100	0.141
1.767-1.863	0.158	185	0.153	3499	0.154	3684	0.976	0.977	100	0.146
1.863-1.975	0.176	167	0.162	3332	0.162	3500	0.972	0.975	99.9714	0.156
1.975-2.111	0.178	170	0.169	3122	0.169	3292	0.97	0.975	100	0.165
2.111-2.28	0.175	170	0.153	2905	0.155	3075	0.972	0.977	100	0.152
2.28-2.497	0.165	135	0.139	2719	0.141	2854	0.97	0.977	100	0.143
2.497-2.79	0.163	125	0.142	2494	0.143	2619	0.967	0.975	100	0.146
2.79-3.22	0.155	107	0.147	2203	0.147	2310	0.975	0.975	100	0.154
3.22-3.937	0.134	101	0.156	1885	0.154	1986	0.98	0.976	100	0.169
3.937-5.544	0.224	67	0.207	1525	0.208	1592	0.977	0.978	100	0.22
5.544-41.768	0.297	50	0.315	935	0.314	985	0.929	0.935	100	0.321

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
非ポリマー , 6種, 258分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 1分子 A

-非ポリマー , 6種, 258分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
非ポリマー , 6種, 258分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)