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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7emg | ||||||
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タイトル | Carbonyl Reductase Variant 4 (R123C/L209P/F183Y/V61K) from Serratia marcescens complexed with NADP+ | ||||||
要素 | 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / NADP+ complex / carbonyl reductase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / : / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / fatty acid biosynthetic process / NAD binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Serratia marcescens (霊菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.449 Å | ||||||
データ登録者 | Zheng, Y.C. / Wang, T. / Bai, Y.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2021 タイトル: Stereoselective synthesis of chiral delta-lactones via an engineered carbonyl reductase. 著者: Wang, T. / Zhang, X.Y. / Zheng, Y.C. / Bai, Y.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7emg.cif.gz | 104.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7emg.ent.gz | 77.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7emg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7emg_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7emg_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7emg_validation.xml.gz | 20.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7emg_validation.cif.gz | 26.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/7emg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/7emg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1q7cS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26624.428 Da / 分子数: 2 / 変異: V61K, R123C, F183Y, L209P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) 遺伝子: fabG, A8A12_06940, AR325_11665, BVG93_06205, G3M86_05635, G3M87_05635, G3M88_05635, G3M89_05635, GV243_09700, HMI62_09690 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0G8B235, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.46 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1M Sodium formate; 0.1M Ammonium acetate; 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate; 0.1M Potassium sodium tartrate tetrahydrate; 0.1M Sodium oxamate; 0.1M Imidazole; 0.1M MES monohydrate ...詳細: 0.1M Sodium formate; 0.1M Ammonium acetate; 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate; 0.1M Potassium sodium tartrate tetrahydrate; 0.1M Sodium oxamate; 0.1M Imidazole; 0.1M MES monohydrate (acid); pH 6.5; 12.5% v/v MPD; 12.5% PEG 1000; 12.5% w/v PEG 3350 PH範囲: 6.5-7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.978 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.449→50 Å / Num. obs: 17156 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 33.5 Å2 / CC1/2: 0.969 / CC star: 0.992 / Χ2: 0.878 / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 2.449→2.49 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique obs: 849 / CC1/2: 0.954 / CC star: 0.988 / Χ2: 1.016 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1q7c 解像度: 2.449→42.596 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.31 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 115.79 Å2 / Biso mean: 35.7916 Å2 / Biso min: 15.51 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.449→42.596 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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