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- PDB-7emg: Carbonyl Reductase Variant 4 (R123C/L209P/F183Y/V61K) from Serrat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7emg
タイトルCarbonyl Reductase Variant 4 (R123C/L209P/F183Y/V61K) from Serratia marcescens complexed with NADP+
要素3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / NADP+ complex / carbonyl reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / NAD binding / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Serratia marcescens (霊菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.449 Å
データ登録者Zheng, Y.C. / Wang, T. / Bai, Y.P.
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2021
タイトル: Stereoselective synthesis of chiral delta-lactones via an engineered carbonyl reductase.
著者: Wang, T. / Zhang, X.Y. / Zheng, Y.C. / Bai, Y.P.
履歴
登録2021年4月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8025
ポリマ－53,2492
非ポリマー1,5533
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5420 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area19110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.841, 120.299, 120.664
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase


分子量: 26624.428 Da / 分子数: 2 / 変異: V61K, R123C, F183Y, L209P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌)
遺伝子: fabG, A8A12_06940, AR325_11665, BVG93_06205, G3M86_05635, G3M87_05635, G3M88_05635, G3M89_05635, GV243_09700, HMI62_09690
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0G8B235, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.46 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M Sodium formate; 0.1M Ammonium acetate; 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate; 0.1M Potassium sodium tartrate tetrahydrate; 0.1M Sodium oxamate; 0.1M Imidazole; 0.1M MES monohydrate ...詳細: 0.1M Sodium formate; 0.1M Ammonium acetate; 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate; 0.1M Potassium sodium tartrate tetrahydrate; 0.1M Sodium oxamate; 0.1M Imidazole; 0.1M MES monohydrate (acid); pH 6.5; 12.5% v/v MPD; 12.5% PEG 1000; 12.5% w/v PEG 3350
PH範囲: 6.5-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.449→50 Å / Num. obs: 17156 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 33.5 Å2 / CC1/2: 0.969 / CC star: 0.992 / Χ2: 0.878 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.449→2.49 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique obs: 849 / CC1/2: 0.954 / CC star: 0.988 / Χ2: 1.016

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1q7c

1q7c


解像度: 2.449→42.596 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2588 661 4.59 %
Rwork0.1999 13755 -
obs0.2027 14416 82.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 115.79 Å2 / Biso mean: 35.7916 Å2 / Biso min: 15.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.449→42.596 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3480 0 83 58 3621
Biso mean--57.58 30.6 -
残基数----476
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023603
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4894866
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042569
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002617
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.8112127
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.449-2.63780.3274750.2387189557
2.6378-2.90320.31881040.2379227069
2.9032-3.32310.27231460.2156288988
3.3231-4.18620.24941830.1855325498
4.1862-42.5960.23571530.1883344799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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