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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7el3 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of HpaR-DNA complex from Acinetobacter baumannii | |||||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN / MarR family of transcription regulators / Transcription factor in HPA-degradation pathway / Acinetobacter baumannii | |||||||||
機能・相同性 | ![]() DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Permsirivisarn, P. / Pakotiprapha, D. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Mechanism of transcription regulation by Acinetobacter baumannii HpaR in the catabolism of p-hydroxyphenylacetate. 著者: Permsirivisarn, P. / Yuenyao, A. / Pramanpol, N. / Charoenwattanasatien, R. / Suginta, W. / Chaiyen, P. / Pakotiprapha, D. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 224.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 143.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16504.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: hpaR, EWO92_01730, EWO96_02085, EWP49_02085, FD887_17210 発現宿主: ![]() ![]() #2: DNA鎖 | | 分子量: 7076.632 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() #3: DNA鎖 | | 分子量: 7036.608 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.42 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 100 mM sodium HEPES; MOPS, pH 7.5, 20 mM DL-glutamic acid, 20 mM DL-alanine, 20 mM glycine, 20 mM DL-lysine, 20 mM DL-serine, 20 % (v/v) glycerol and 10 % (v/v) PEG 4000 PH範囲: 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2020年7月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→27.61 Å / Num. obs: 52505 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 19.27 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.022 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 19.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique obs: 2711 / CC1/2: 0.994 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7EL2 解像度: 1.7→27.61 Å / SU ML: 0.1371 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 23.6244 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.24 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→27.61 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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