PDB-4aij: Crystal structure of RovA from Yersinia in complex with a rovA pr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4aij

タイトル

Crystal structure of RovA from Yersinia in complex with a rovA promoter fragment

要素

ROVA PROMOTER FRAGMENT, 5'-D(*AP*AP*TP*TP*AP*TP*AP*TP *TP*AP*TP*TP*TP*GP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*T)-3'
ROVA PROMOTER FRAGMENT, 5'-D(*TP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*TP *CP*AP*AP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*TP*AP*AP*T)-3'
TRANSCRIPTIONAL REGULATOR SLYA

キーワード

TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION FACTOR / GLOBAL REGULATOR / VIRULENCE REGULATION / THERMOSENSING

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription repressor activity / DNA-binding transcription activator activity / response to stress / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能

生物種

YERSINIA PSEUDOTUBERCULOSIS (仮性結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Quade, N. / Mendonca, C. / Herbst, K. / Heroven, A.K. / Heinz, D.W. / Dersch, P.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural Basis for Intrinsic Thermosensing by the Master Virulence Regulator Rova of Yersinia.
著者: Quade, N. / Mendonca, C. / Herbst, K. / Heroven, A.K. / Ritter, C. / Heinz, D.W. / Dersch, P.

履歴

登録	2012年2月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年9月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年10月31日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4aij.cif.gz	174.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4aij.ent.gz	137.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4aij.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/4aij ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/4aij	HTTPS FTP

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関連構造データ

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lac転写抑制因子 (lac Repressor)
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エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
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DNAリガーゼ (DNA Ligase)
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ヌクレオソーム (Nucleosome)
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タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR SLYA

B: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR SLYA

C: ROVA PROMOTER FRAGMENT, 5'-D(*AP*AP*TP*TP*AP*TP*AP*TP *TP*AP*TP*TP*TP*GP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*T)-3'

D: ROVA PROMOTER FRAGMENT, 5'-D(*TP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*TP *CP*AP*AP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*TP*AP*AP*T)-3'

47.3 kDa, 4 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.779, 88.779, 67.729
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	143
Space group name H-M	P3

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.99997, -0.00456, -0.00695), (-0.00462, -0.99995, -0.00866), (-0.00691, 0.00869, -0.99994)
ベクター: -0.07246, -51.19507, -2.99423)

#1: タンパク質	TRANSCRIPTIONAL REGULATOR SLYA / REGULATOR OF VIRULENCE PROTEIN A / TRANSCRIPTIONAL REGULATOR FOR CRYPTIC HEMOLYSIN / ROVA 分子量: 17231.768 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) YERSINIA PSEUDOTUBERCULOSIS (仮性結核菌) 株: YPIII / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: B1JJ73
#2: DNA鎖	ROVA PROMOTER FRAGMENT, 5'-D(APAPTPTPAPTPAPTP TPAPTPTPTPGPAPAPTPTPAPAPT)-3' 分子量: 6449.231 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) YERSINIA PSEUDOTUBERCULOSIS* (仮性結核菌)
#3: DNA鎖	ROVA PROMOTER FRAGMENT, 5'-D(TPAPTPTPAPAPTPTP CPAPAPAPTPAPAPTPAPTPAPAPT)-3' 分子量: 6427.235 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) YERSINIA PSEUDOTUBERCULOSIS* (仮性結核菌)
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 81 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 108 TO SER ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 81 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 108 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 81 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 108 TO SER
配列の詳細	CROSS-REFERENCE FOR DNA SEQUENCE IS NC_010465.1

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 62 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5.6 / 詳細: 10 MM MGCL2, 50 MM MES PH 5.6, 2.3 M LISO4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.95

検出器

タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.95 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H,K,L	1	0.502
1	1	K,H,-L	2	0.498

反射

解像度: 2.1→37 Å / Num. obs: 39678 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.01 / Net I/σ(I): 15.3

反射シェル

解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 89

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3DEU

3deu

解像度: 2.05→76.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 13.561 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.034 / ESU R Free: 0.033 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25132	1905	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20303	-	-	-
obs	0.20562	35093	98.56 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.609 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.54 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	5.54 Å²	0 Å²
3-	-	-	-11.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→76.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2227	855	0	76	3158

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	3209
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.664	2.317	4518
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.649	5	279
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.665	24.227	97
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.948	15	451
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.509	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	538
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	2051
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.242	0.2	1442
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.301	0.2	2050
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.21	0.2	132
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.229	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.177	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.717	1.5	1399
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.181	2	2281
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.272	3	1810
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.662	4.5	2237
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.049→2.102 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.264	117	-
R_work	0.231	2490	-
obs	-	-	93.51 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8729	-2.3751	0.9066	18.7085	0.2988	1.6447	-0.1377	-0.0804	0.1209	0.3735	0.2078	-0.0983	0.0158	0.016	-0.0701	0.2493	0.032	0.0542	0.266	0.031	0.6632	4.67	-23.9812	3.5245
2	3.7772	-0.6332	-0.5962	3.8106	-1.1203	6.422	-0.036	0.1483	0.0371	-0.3365	0.1849	0.1035	0.038	0.0977	-0.1489	0.3151	-0.0313	-0.0335	0.2218	0.0068	0.719	13.9422	-39.2403	-5.0666
3	10.6348	-0.8074	1.6292	10.7212	0.6801	2.4045	0.1135	0.4313	0.3007	-0.3949	-0.1901	0.1188	-0.4018	0.9495	0.0766	0.2752	-0.0716	0.1068	0.3277	0.0503	0.5035	21.1721	-33.9816	-12.9043
4	0.2805	-1.4634	-3.1694	7.0788	-13.1462	35.5081	0.5658	1.4566	-0.5686	-1.6731	-0.0988	0.343	0.3248	1.6573	-0.467	0.6413	0.1746	0.17	0.9988	-0.0586	0.6946	22.1888	-43.5277	-20.7795
5	6.3955	-0.8301	1.8	1.4749	-6.1271	18.5724	0.2327	1.1967	-0.3438	-0.6043	-0.6132	-0.1132	-0.1798	0.7352	0.3805	0.7469	0.1205	0.0868	0.1732	-0.0204	0.7398	19.0807	-45.466	-17.6291
6	3.9991	-2.1022	-1.888	1.6672	1.7331	4.5079	-0.0169	-0.2039	-0.1994	-0.0317	-0.0216	0.2914	0.1093	0.1152	0.0385	0.2971	-0.0309	0.0169	0.2279	0.0216	0.7574	4.3065	-42.8913	-0.5139
7	7.7295	2.9117	-1.5961	5.2149	-1.9484	3.4982	-0.0693	0.5225	0.3777	0.1005	0.3112	0.1199	-0.3156	0.0294	-0.2419	0.3474	-0.0132	-0.0265	0.1825	-0.0477	0.657	-4.0504	-24.7017	-7.846
8	0.3998	1.7035	-0.8761	16.7948	-3.4154	0.7563	-0.2787	0.2917	-0.1167	-0.5325	0.4308	0.1669	0.1503	0.0592	-0.1521	0.2385	-0.0055	-0.0418	0.2709	0.015	0.6897	5.4748	-25.8245	-6.874
9	1.8109	1.0341	2.5271	3.7641	0.4589	7.9024	0.04	0.2205	0.0396	0.0624	0.0582	-0.0511	-0.1301	0.1456	-0.0982	0.2654	-0.0177	0.0162	0.1944	0.0168	0.7206	15.3826	-10.9007	-1.6089
10	9.4041	-3.7712	-4.0033	5.6712	-0.0597	2.7263	-0.2732	-1.4807	-0.6919	0.892	0.2018	0.4666	0.3528	-0.4612	0.0714	0.4126	-0.1054	0.0079	0.3697	0.0701	0.5861	13.491	-17.0857	13.5998
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16	-0.113	-3.7454	3.4452	16.8944	10.1172	8.3064	-0.0608	0.1326	0.8933	-0.6771	0.4916	-1.3148	-0.5518	0.4515	-0.4308	0.4416	-0.0683	-0.1027	0.6884	0.2703	0.6203	30.9675	-21.6616	-4.4999
17	4.6278	3.7006	3.4147	12.5687	3.1216	11.6724	0.4454	0.3548	-1.0098	0.4491	0.4245	-0.1514	0.6708	1.2443	-0.8699	0.5461	0.0676	-0.0109	0.6723	0.0209	0.3558	29.1846	-29.5956	12.6804
18	22.183	3.6549	-9.1079	7.1763	2.6356	14.1754	-0.33	-0.2634	2.2201	0.8057	1.1493	-1.2376	0.7248	1.21	-0.8193	0.895	0.036	-0.0829	0.9025	-0.0192	0.6323	28.2488	-21.1091	27.5876
19	21.9387	-3.2956	1.9494	41.2594	-13.1843	4.5977	0.5023	0.6175	-1.3924	0.7483	-0.1324	2.5564	-0.0313	0.0607	-0.3699	0.9772	0.0625	0.0265	0.8638	0.0263	0.4329	22.3362	-27.9682	28.4957
20	16.4413	-5.3809	-5.4073	10.2435	0.601	0.82	-0.201	-0.4095	0.4526	0.8342	0.5494	-1.5958	-0.056	0.1561	-0.3484	0.5156	0.0011	-0.2304	0.7579	-0.0602	0.4921	31.0565	-22.4875	13.3222
21	0.4442	-0.01	-1.6817	12.5905	1.1327	-0.6452	0.0987	0.7005	-1.4062	-0.4676	-0.5108	0.1724	0.3544	-0.403	0.4121	0.4812	0.048	-0.1826	0.9618	-0.2152	0.7354	29.7816	-29.9639	-1.1669
22	8.2397	-0.7272	0.331	15.5578	1.6461	4.6958	0.5809	0.6776	1.1054	-1.0961	0.3649	-0.3907	-1.0587	0.3644	-0.9458	0.7858	-0.1305	0.0557	0.711	0.1501	0.513	29.1829	-23.5761	-19.4271

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 16
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	17 - 49
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	50 - 72
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	73 - 84
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	85 - 99
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	100 - 116
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	117 - 141
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	2 - 20
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	21 - 41
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	42 - 58
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	59 - 72
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	73 - 88
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	89 - 113
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	114 - 143
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	1 - 7
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	8 - 12
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	13 - 17
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	18 - 21
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	1 - 5
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	6 - 10
21	X-RAY DIFFRACTION	21	D	11 - 14
22	X-RAY DIFFRACTION	22	D	15 - 21

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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