PDB-5xwk: Crystal Structure of SPAP, an alkaline phosphatase from Sphingomo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xwk

タイトル

Crystal Structure of SPAP, an alkaline phosphatase from Sphingomonas in complex with inorganic phosphate

要素

Alkaline phosphatase PhoK

キーワード

HYDROLASE / alkaline phosphatase

機能・相同性

機能・相同性情報

alkaline phosphatase / alkaline phosphatase activity / extracellular region / zinc ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sphingomonas sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.901 Å

データ登録者

Bihani, S.C. / Hosur, M.V.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of SPAP, an alkaline phosphatase from Sphingomonas in complex with
著者: Bihani, S.C.

履歴

登録	2017年6月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年7月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xwk.cif.gz	223.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xwk.ent.gz	175.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xwk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5xwk_validation.pdf.gz	448.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xwk_full_validation.pdf.gz	450.6 KB	表示
XML形式データ	5xwk_validation.xml.gz	23.9 KB	表示
CIF形式データ	5xwk_validation.cif.gz	36.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/5xwk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/5xwk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3q3qS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1b49-d 3q3q-d 5n9x-1 7lag-2 6zos-d 5qj2-3 2z8r-2 3d2h-d 1gso-d 3fw9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alkaline phosphatase PhoK

ヘテロ分子

61.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.990, 86.990, 165.484
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1057- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Alkaline phosphatase PhoK / SPAP protein 分子量: 61120.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sphingomonas sp. (バクテリア) / 遺伝子: phoK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A1YYW7, alkaline phosphatase

-
非ポリマー , 5種, 419分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 410 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.97 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.8M Ammonium Sulfate, 100mM Tris, pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.979685 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979685 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→77 Å / Num. obs: 50640 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.6 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 17.5
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.572 / CC_1/2: 0.773 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3Q3Q

3q3q

解像度: 1.901→77 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.04 / 位相誤差: 20.37

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2035	2573	5.08 %
R_work	0.1674	-	-
obs	0.1692	50640	99.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.901→77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4026	0	38	410	4474

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	4160
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.338	5638
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.511	1538
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	618
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	742

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.901-1.9376	0.3757	140	0.3022	2631	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9376-1.9771	0.2529	138	0.2519	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9771-2.0201	0.2905	148	0.2283	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0201-2.0671	0.2382	137	0.2108	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0671-2.1188	0.2259	142	0.1936	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1188-2.1761	0.2347	161	0.1789	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1761-2.2401	0.2107	142	0.1719	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2401-2.3125	0.2037	127	0.1677	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3125-2.3951	0.2089	146	0.1666	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3951-2.491	0.1948	157	0.1592	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.491-2.6044	0.2238	159	0.1621	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6044-2.7417	0.2074	124	0.1544	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7417-2.9135	0.1943	133	0.1515	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9135-3.1384	0.1725	151	0.1521	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1384-3.4543	0.1723	163	0.1406	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4543-3.9541	0.1657	114	0.1364	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9541-4.9816	0.1743	152	0.1381	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9816-77.0627	0.1951	139	0.1814	2932	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.573	0.1608	-0.182	1.5249	-0.2285	0.9524	0.0206	-0.0271	0.0099	0.007	-0.0101	-0.0903	-0.0114	0.0302	-0.014	0.0889	0.0048	0.0198	0.093	0.0012	0.0924	16.9901	1.0489	36.2562
2	3.7949	-1.8719	0.4247	6.0872	-2.0224	4.6732	-0.0052	0.4393	0.08	-0.2638	0.0771	0.2393	-0.1706	0.0864	-0.0857	0.1529	-0.0302	-0.0299	0.1684	0.048	0.1348	9.3034	17.8544	12.9315
3	2.1382	0.231	0.6058	1.2697	0.9536	1.561	-0.041	0.0666	-0.0506	-0.1573	0.1086	-0.1015	-0.2021	0.0713	-0.0484	0.1456	-0.0163	0.037	0.0854	0.0199	0.0911	24.0139	14.824	25.8838
4	3.4934	1.6351	-0.2677	6.837	2.3691	1.6269	-0.0346	-0.1521	-0.2661	-0.3889	0.0204	-0.564	0.101	0.2809	0.0251	0.2317	0.008	0.0893	0.1603	0.0413	0.1513	29.5007	3.2464	13.4527
5	1.958	-0.6174	-1.5134	2.3275	-0.7462	4.4802	-0.1167	0.0014	-0.1155	-0.2827	0.0215	-0.0789	0.1986	-0.0268	0.107	0.2082	-0.0242	0.0275	0.0538	-0.0439	0.1012	10.8072	-18.2138	19.399
6	1.7928	2.1134	1.5333	3.3633	1.9116	2.0866	-0.0925	0.2722	-0.0557	-0.3261	0.0962	-0.1607	-0.0946	0.1665	-0.0181	0.1852	0.0215	0.067	0.1314	0.0092	0.1269	22.8045	-7.1447	17.5592
7	1.4671	0.9624	0.4508	1.1747	0.2093	0.418	-0.0596	0.0323	-0.0434	-0.0933	0.0359	-0.1292	0.0112	0.0611	0.0119	0.1196	0.0158	0.0295	0.1075	-0.0009	0.1032	20.0516	-4.1767	28.6081
8	0.7932	-0.9241	0.8099	4.5329	-2.0216	1.4428	0.0448	0.209	0.0898	-0.4249	-0.0191	0.2529	0.055	-0.0774	-0.0163	0.1937	0.0349	-0.0335	0.2339	0.0408	0.1449	-9.2606	9.9398	16.3208
9	0.9067	-0.7729	0.698	1.3685	0.0058	1.6462	-0.0134	0.0385	0.2601	-0.109	0.0251	0.2894	-0.1296	-0.2404	-0.0129	0.1536	0.0465	-0.0081	0.2075	0.0511	0.2322	-13.1746	15.9002	23.8638
10	1.0986	0.1104	0.1877	0.7634	-0.1107	0.7379	0.0462	-0.0287	0.0829	0.0151	-0.0197	0.0091	-0.072	-0.0238	-0.0202	0.1093	0.0085	0.0247	0.0812	0.0055	0.0872	9.6331	7.8859	36.9055

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 31 through 105 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 106 through 140 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 141 through 184 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 185 through 218 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 219 through 245 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 246 through 280 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 281 through 357 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 358 through 407 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 408 through 438 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 439 through 560 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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