+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7el2 | |||||||||
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Title | Crystal structure of apo-HpaR from Acinetobacter baumannii | |||||||||
Components | Homoprotocatechuate degradation operon regulator HpaR | |||||||||
Keywords | DNA BINDING PROTEIN / MarR family of transcription regulators / Transcription factor in HPA-degradation pathway / Acinetobacter baumannii | |||||||||
Function / homology | Function and homology information DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Acinetobacter baumannii (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | |||||||||
Authors | Permsirivisarn, P. / Pakotiprapha, D. | |||||||||
Funding support | Thailand, 2items
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Citation | Journal: Febs J. / Year: 2022 Title: Mechanism of transcription regulation by Acinetobacter baumannii HpaR in the catabolism of p-hydroxyphenylacetate. Authors: Permsirivisarn, P. / Yuenyao, A. / Pramanpol, N. / Charoenwattanasatien, R. / Suginta, W. / Chaiyen, P. / Pakotiprapha, D. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7el2.cif.gz | 134.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7el2.ent.gz | 92.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7el2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7el2_validation.pdf.gz | 434.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7el2_full_validation.pdf.gz | 435.3 KB | Display | |
Data in XML | 7el2_validation.xml.gz | 11.3 KB | Display | |
Data in CIF | 7el2_validation.cif.gz | 14.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/7el2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/7el2 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7el3C 5aiqS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 16504.297 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Acinetobacter baumannii (bacteria) Gene: hpaR, EWO92_01730, EWO96_02085, EWP49_02085, FD887_17210 Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A4Q4GPX4 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.76 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 100 mM sodium acetate, 150 mM CaCl2 and 20% (w/v) PEG6000) PH range: 5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSRRC / Beamline: TPS 05A / Wavelength: 0.99984 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX300-HS / Detector: CCD / Date: Nov 13, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.99984 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→28.69 Å / Num. obs: 15795 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 41.78 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 11.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.7 Å / Redundancy: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.392 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1323 / CC1/2: 0.938 / Rpim(I) all: 0.232 / Rrim(I) all: 0.457 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5AIQ Resolution: 2.2→28.69 Å / SU ML: 0.3307 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.42 / Phase error: 32.0271 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 60.84 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→28.69 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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