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- PDB-7el3: Crystal structure of HpaR-DNA complex from Acinetobacter baumannii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7el3
タイトルCrystal structure of HpaR-DNA complex from Acinetobacter baumannii
要素
  • Chains: C
  • Chains: D
  • Homoprotocatechuate degradation operon regulator HpaR
キーワードDNA BINDING PROTEIN / MarR family of transcription regulators / Transcription factor in HPA-degradation pathway / Acinetobacter baumannii
機能・相同性
機能・相同性情報


response to stress / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
HTH-type transcriptional regulator HpaR/FarR / : / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Homoprotocatechuate degradation operon regulator HpaR
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
Acinetobacter baumannii ZW85-1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Permsirivisarn, P. / Pakotiprapha, D.
資金援助 タイ, 2件
組織認可番号国
The Thailand Research Fund (TRF)RSA6280087 タイ
The Thailand Research Fund (TRF)RTA5980001 タイ
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2022
タイトル: Mechanism of transcription regulation by Acinetobacter baumannii HpaR in the catabolism of p-hydroxyphenylacetate.
著者: Permsirivisarn, P. / Yuenyao, A. / Pramanpol, N. / Charoenwattanasatien, R. / Suginta, W. / Chaiyen, P. / Pakotiprapha, D.
履歴
登録2021年4月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Homoprotocatechuate degradation operon regulator HpaR
B: Homoprotocatechuate degradation operon regulator HpaR
C: Chains: C
D: Chains: D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2145
ポリマ－47,1224
非ポリマー921
水7,692427
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11480 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area19420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.423, 55.150, 57.072
Angle α, β, γ (deg.)81.135, 66.793, 67.965
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質 Homoprotocatechuate degradation operon regulator HpaR


分子量: 16504.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: hpaR, EWO92_01730, EWO96_02085, EWP49_02085, FD887_17210
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4Q4GPX4
#2: DNA鎖 Chains: C


分子量: 7076.632 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Acinetobacter baumannii ZW85-1 (バクテリア)
#3: DNA鎖 Chains: D


分子量: 7036.608 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Acinetobacter baumannii ZW85-1 (バクテリア)
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 427 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.42 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 100 mM sodium HEPES; MOPS, pH 7.5, 20 mM DL-glutamic acid, 20 mM DL-alanine, 20 mM glycine, 20 mM DL-lysine, 20 mM DL-serine, 20 % (v/v) glycerol and 10 % (v/v) PEG 4000
PH範囲: 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2020年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→27.61 Å / Num. obs: 52505 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 19.27 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.022 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique obs: 2711 / CC1/2: 0.994

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
Blu-Iceデータ収集
DIALSデータ削減
PHASER位相決定
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7EL2

7el2


解像度: 1.7→27.61 Å / SU ML: 0.1371 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 23.6244
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1926 4914 4.77 %
Rwork0.1642 98087 -
obs0.1657 52376 95.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→27.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2230 937 6 427 3600
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00923310
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.23644645
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0641532
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0099425
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.6757750
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.720.26971240.23363141X-RAY DIFFRACTION91.51
1.72-1.740.23831550.20943176X-RAY DIFFRACTION91.56
1.74-1.760.25971830.21643155X-RAY DIFFRACTION92.11
1.76-1.780.23071540.20013186X-RAY DIFFRACTION93.04
1.78-1.810.24791340.19673145X-RAY DIFFRACTION92.26
1.81-1.830.20961380.1923294X-RAY DIFFRACTION93.67
1.83-1.860.21491500.18293209X-RAY DIFFRACTION92.94
1.86-1.890.21321310.17753256X-RAY DIFFRACTION93.62
1.89-1.910.19531400.17963275X-RAY DIFFRACTION94.28
1.91-1.950.19971560.17653205X-RAY DIFFRACTION94.36
1.95-1.980.22851810.17693316X-RAY DIFFRACTION94.41
1.98-2.020.22881640.1723134X-RAY DIFFRACTION94.5
2.02-2.050.20951920.16983325X-RAY DIFFRACTION94.54
2.05-2.10.22811460.17043197X-RAY DIFFRACTION95.13
2.1-2.140.19871610.16423376X-RAY DIFFRACTION95.13
2.14-2.190.1941320.16633303X-RAY DIFFRACTION95.95
2.19-2.250.22081710.16583265X-RAY DIFFRACTION95.18
2.25-2.310.19031910.16483309X-RAY DIFFRACTION96
2.31-2.370.20142020.17153322X-RAY DIFFRACTION96.23
2.37-2.450.24261660.16813199X-RAY DIFFRACTION95.92
2.45-2.540.18371390.17313349X-RAY DIFFRACTION96.51
2.54-2.640.22791600.18463387X-RAY DIFFRACTION96.65
2.64-2.760.24321440.18333346X-RAY DIFFRACTION97
2.76-2.910.22191530.18563361X-RAY DIFFRACTION97.13
2.91-3.090.19461670.18223278X-RAY DIFFRACTION97.26
3.09-3.330.19232310.16593270X-RAY DIFFRACTION95.66
3.33-3.660.16852280.14143332X-RAY DIFFRACTION97.91
3.66-4.190.17172330.13043264X-RAY DIFFRACTION98.29
4.19-5.270.141330.1373476X-RAY DIFFRACTION98.5
5.27-27.610.16121550.15693236X-RAY DIFFRACTION94.4
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.70851022961-0.547370351064-0.6738348077654.507600447051.363076923913.014605591310.0166960404117-0.02172933240140.1060087170350.05372096684190.0860770064756-0.3624866516040.1407691905780.0360142777901-0.1221046582440.1808245024270.0255990036485-0.03339998006360.137421960171-0.04251296574490.197561176041-1.60941890486-7.72840762096-4.80033308773
21.66631605235-2.1533179911-1.106964887025.217372339812.28380796652.543782819730.4338249141050.2281606621450.190881452084-0.800853604579-0.367775984792-0.557942806672-0.220268882002-0.120000610845-0.1188583872110.3514797339120.07786941999310.001514429317320.281474619584-0.01100838762280.2301971510091.34030310644-18.1660478466-22.7990091259
31.58440466803-0.2088077921890.1685736855583.503282098480.4182099973552.92914969759-0.0857534654139-0.0521852793521-0.341232804605-0.0416970591518-0.3368712580070.3794252432510.718374682839-0.09369362192890.05794635535440.2476256106070.00358590416533-0.000869556742380.216532516479-0.08204099404540.457435940853-19.7682602905-13.6115496084-6.24540197911
42.05530779856-0.4451158437560.9681429252743.206507339940.8732610863862.047243815740.08229977207320.115120186559-0.00949964420299-0.243276828338-0.04973716183670.0457829851469-0.0818535614497-0.03998657322670.0003489804526660.1588607925120.0191804655913-0.0227048461780.121993972607-0.01973254583350.138024754473-12.70647628477.59689351691-8.1718651055
54.68173980865-2.83026134283-2.290788136027.78932168175.135690359053.629355591980.3218223286760.09295088205950.481853986466-0.6864679638550.064768420316-0.418860053352-0.949122911020.0529221624172-0.3264422979350.383259478876-0.00927986474170.03101563267140.2104129933780.03464613332880.366102683421-7.9008573728820.5487514154-5.18461248336
61.708964421380.05671062320710.09273917876531.678700759710.6126370513581.80819822510.03248218147170.258169154106-0.194479812579-0.382132236944-0.03302739395990.0931211748812-0.281547733012-0.0740173261560.01246928530390.2411324865520.0982420693456-0.05163454504130.202157410099-0.02870599343950.291463052894-19.03549749218.70219496032-14.2320697729
77.69385481376-0.0462009913553.058691087481.48384207524-0.2273751743574.92606636045-0.540341329486-0.6146579408610.2940185449120.1844814350970.0961163736840.0860074648683-0.589122007097-0.4046763543140.2775544866770.2129407257820.06178209737490.02085668833330.239714957499-0.1107025791930.476606587693-30.2814735743-4.12408554803-1.8304308702
83.37255980377-2.214337753633.116507035393.70977109528-2.964859955513.52531730472-0.140164157040.0442424910680.06235846188170.297828404864-0.08856665198350.369209159251-0.3500948604310.1691932734190.2162590430120.18159886375-0.0070871574197-0.00204503328460.191998960527-0.05858901004760.355190431998-20.2187486442-4.27587238391-0.490786347573
92.09955347187-0.820843018434-1.117606987554.646069815541.63167980792.51806476994-0.196436079442-0.2230122342970.09242519583120.587411132580.08742424682410.2211417263660.0882842933285-0.06064436538950.07140129160240.2694285015480.04623821142840.01009187560880.213008251039-0.00352314705930.184229671952-9.87356982987-18.10038023694.26520699193
105.20990610930.407886191734-1.419630670576.660768320860.1399927899072.81350350992-0.08838867874970.138833594269-0.314291844117-0.125504789168-0.01409758921710.5417846064550.310945726086-0.2710198446770.02315593647840.1673291494060.0275240477573-0.0505696206850.134598986686-0.05028307625860.18748690909-9.43412886422-23.6686877536-9.05322726006
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160.5305467504120.5131400198811.235265078112.291435128211.488670483392.96999804887-0.0356732076196-0.20337498703-0.02196926316670.566045151770.10008386171-0.1841631440170.102589779808-0.14077287694-0.08814632481330.3581218545720.00183680507854-0.05966574528650.247421330462-0.05760163062240.247277156571-2.7025079558110.58740557310.7598987787
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'C' and (resid 11 through 15 )CC11 - 15
22chain 'C' and (resid 16 through 23 )CC16 - 23
33chain 'A' and (resid 3 through 22 )AA3 - 221 - 20
44chain 'A' and (resid 23 through 74 )AA23 - 7421 - 72
55chain 'A' and (resid 75 through 85 )AA75 - 8573 - 83
66chain 'A' and (resid 86 through 120 )AA86 - 12084 - 118
77chain 'A' and (resid 121 through 140 )AA121 - 140119 - 138
88chain 'B' and (resid 6 through 22 )BB6 - 221 - 17
99chain 'B' and (resid 23 through 46 )BB23 - 4618 - 41
1010chain 'B' and (resid 47 through 61 )BB47 - 6142 - 56
1111chain 'B' and (resid 62 through 95 )BB62 - 9557 - 90
1212chain 'B' and (resid 96 through 120 )BB96 - 12091 - 115
1313chain 'B' and (resid 121 through 140 )BB121 - 140116 - 135
1414chain 'D' and (resid 1 through 10 )DE1 - 10
1515chain 'D' and (resid 11 through 23 )DE11 - 23
1616chain 'C' and (resid 1 through 10 )CC1 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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