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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ekz
タイトルStructural and functional insights into Hydra Actinoporin-Like Toxin 1 (HALT-1)
要素HALT-1
キーワードTOXIN / Hydra / actinoporin / HALT-1 / pore forming toxin
機能・相同性FORMIC ACID
機能・相同性情報
生物種Hydra vulgaris (無脊椎動物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.43 Å
データ登録者Ker, D.S. / Sha, X.H. / Jonet, M.A. / Hwang, J.S. / Ng, C.L.
資金援助 マレーシア, 2件
組織認可番号国
Universiti Kebangsaan MalaysiaGP-2019-K019584 マレーシア
Universiti Kebangsaan MalaysiaGP-2020-K019584 マレーシア
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Structural and functional analysis of Hydra Actinoporin-Like Toxin 1 (HALT-1).
著者: Ker, D.S. / Sha, H.X. / Jonet, M.A. / Hwang, J.S. / Ng, C.L.
履歴
登録2021年4月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HALT-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1737
ポリマ－20,7581
非ポリマー4146
水6,215345
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The recombinant protein of HALT-1 was eluted with the estimated size of ~11kDa using HiLoad Superdex 75 PG 16/600 (GE Healthcare). The eluted protein was shown with size of ...根拠: gel filtration, The recombinant protein of HALT-1 was eluted with the estimated size of ~11kDa using HiLoad Superdex 75 PG 16/600 (GE Healthcare). The eluted protein was shown with size of ~22kDA in the SDS-PAGE suggests that, the protein is likely a monomer in the solution. It is not known why the protein was eluted with smaller size compared to the estimated size.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area7700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.100, 49.590, 77.094
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 HALT-1


分子量: 20758.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hydra vulgaris (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta Gami 2 (DE3)
#2: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID


分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.28 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M sodium formate, 22% w/v polyethylene glycol 3550

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54187 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.43→23.55 Å / Num. obs: 33402 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.8 % / CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Rpim(I) all: 0.068 / Rrim(I) all: 0.163 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 1.43→1.45 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.419 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1577 / CC1/2: 0.774 / Rpim(I) all: 0.276 / Rrim(I) all: 0.506 / % possible all: 95.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GWY

1gwy


解像度: 1.43→23.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 3.009 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2198 1702 5.2 %RANDOM
Rwork0.1628 ---
obs0.1658 30818 95.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 174.23 Å2 / Biso mean: 11.024 Å2 / Biso min: 2.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.24 Å20 Å20 Å2
2--0.72 Å20 Å2
3---0.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.43→23.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1283 0 27 345 1655
Biso mean--26.87 34.31 -
残基数----166
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0191405
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021340
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1051.941906
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96833095
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.285185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.33124.10756
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.39215232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.929154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2205
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.021603
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02335
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.87132745
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free93.649565
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded20.48352987
LS精密化 シェル解像度: 1.43→1.467 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 103 -
Rwork0.209 2219 -
all-2322 -
obs--94.12 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 2.2179 Å / Origin y: -15.9493 Å / Origin z: -11.4596 Å
111213212223313233
T0.0141 Å2-0.0007 Å2-0.0002 Å2-0.0007 Å2-0.0009 Å2--0.0024 Å2
L0.1051 °2-0.0286 °2-0.0059 °2-0.0469 °2-0.0028 °2--0.0463 °2
S0.0005 Å °0.0059 Å °-0.0003 Å °-0.0003 Å °-0.0001 Å °-0.0013 Å °-0.0006 Å °0 Å °-0.0003 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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