PDB-7ekx: Crystal Structure of the Candida Glabrata Glycogen Debranching En...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ekx

タイトル

Crystal Structure of the Candida Glabrata Glycogen Debranching Enzyme (W470A E564Q) in complex with maltononaose

要素

4-alpha-glucanotransferase

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Glycogen Debranching Enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

amylo-alpha-1,6-glucosidase / amylo-alpha-1,6-glucosidase activity / 4-alpha-glucanotransferase / 4-alpha-glucanotransferase activity / : / glycogen catabolic process / glycogen biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Candida glabrata CBS 138 (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.4 Å

データ登録者

Shen, M. / Xiang, S.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: Crystal structures of glycogen-debranching enzyme mutants in complex with oligosaccharides.
著者: Shen, M. / Gong, X. / Xiang, S.

履歴

登録	2021年4月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年11月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ekx.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ekx.ent.gz	1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ekx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ekx_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ekx_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	7ekx_validation.xml.gz	60.8 KB	表示
CIF形式データ	7ekx_validation.cif.gz	90.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/7ekx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/7ekx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7eimC 7ejpC 7ejtC 7ekwC 5d0fS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7ejt-2 5d06-2 7ejt-1 7ekx-2 5d06-1 5d0f-2 5d0f-1 2oje-d 7k72-d 4zht-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 4-alpha-glucanotransferase

B: 4-alpha-glucanotransferase

ヘテロ分子

354 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 4-alpha-glucanotransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
177 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 4-alpha-glucanotransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
177 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	160.654, 206.280, 258.050
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質

4-alpha-glucanotransferase / Amylo-alpha-1 / 6-glucosidase / Dextrin 6-alpha-D-glucosidase / Glycogen debrancher / Glycogen ...

分子量: 175428.406 Da / 分子数: 2 / 変異: W470A, E564Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Candida glabrata CBS 138 (菌類) / 株: CBS 138 / 遺伝子: GDB1, CAGL0G09977g / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q6FSK0, 4-alpha-glucanotransferase, amylo-alpha-1,6-glucosidase

#2: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

#4: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 828.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,5,4/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1153.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,7,6/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1_f4-g1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.88 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20% PEG 5000 MME,0.1 M Tris pH7.0,5% Tasimate pH7.0, 3.5mM TCEP hydrochiloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.4→46.16 Å / Num. obs: 58913 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.3 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 8.31
反射シェル	解像度: 3.4→3.49 Å / Num. unique obs: 4334 / CC_1/2: 0.588

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5d0f

5d0f

解像度: 3.4→46.15 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 38.1 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3034	2929	4.97 %
R_work	0.2723	55953	-
obs	0.2739	58882	99.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 304.3 Å² / B_iso mean: 141.0566 Å² / B_iso min: 67.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.4→46.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	24538	0	191	0	24729
B_iso mean	-	-	145.46	-	-
残基数	-	-	-	-	3052

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.4-3.46	0.4735	125	0.438	2648	2773	100
3.46-3.52	0.4729	135	0.4143	2648	2783	100
3.52-3.58	0.3973	129	0.4063	2644	2773	100
3.58-3.65	0.4003	150	0.3807	2643	2793	100
3.65-3.72	0.4597	139	0.3649	2646	2785	100
3.72-3.8	0.3626	144	0.3411	2643	2787	100
3.8-3.89	0.3888	156	0.3378	2610	2766	100
3.89-3.99	0.3763	144	0.3251	2656	2800	100
3.99-4.1	0.3348	142	0.314	2639	2781	100
4.1-4.22	0.381	142	0.2985	2665	2807	100
4.22-4.35	0.3293	149	0.2967	2625	2774	100
4.35-4.51	0.3257	147	0.295	2631	2778	99
4.51-4.69	0.3187	135	0.2797	2661	2796	100
4.69-4.9	0.3221	127	0.2826	2661	2788	100
4.9-5.16	0.312	135	0.2699	2678	2813	100
5.16-5.48	0.346	125	0.2682	2684	2809	100
5.48-5.91	0.3011	138	0.2818	2690	2828	100
5.91-6.5	0.3172	133	0.2637	2679	2812	100
6.5-7.44	0.3051	150	0.2574	2679	2829	99
7.44-9.36	0.2244	133	0.2036	2756	2889	100
9.36-46.15	0.1825	151	0.1781	2767	2918	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.327	0.1299	-1.1982	1.7457	0.1602	1.6037	0.2424	-0.2451	-0.1479	-0.3164	0.09	0.316	0.2368	0.149	-0.2717	0.6545	0.0068	-0.1375	1.4506	0.1163	0.8761	42.175	-5.271	42.811
2	3.0624	-0.4336	0.2527	2.8989	0.7823	3.7698	0.3712	-0.1461	0.348	-0.0358	-0.0363	-0.1738	-0.1229	0.6476	-0.2917	0.6833	-0.1986	0.1078	1.4909	-0.2041	0.7691	-1.805	0.059	42.954
3	1.3237	-0.1551	0.1956	1.758	0.2656	0.6325	0.044	-0.039	-0.4176	0.0627	-0.0539	0.0664	0.358	0.1815	-0.0423	0.6735	0.0701	-0.0795	1.2579	0.2179	0.7923	65.901	-19.76	38.231
4	3.0895	0.1486	-0.6112	1.8678	0.388	1.5549	0.5048	0.05	0.8877	0.0732	-0.1046	0.3242	-0.8717	-0.0015	-0.3778	0.9717	0.0455	0.3511	1.2935	-0.142	1.1557	-24.458	16.629	40.671
5	0.7441	0.5244	1.0789	2.8132	-1.1038	3.4597	-0.1175	0.3002	-0.3119	-0.0542	0.2172	-0.2649	0.329	0.2497	0.0065	1.0359	0.032	-0.061	1.5252	-0.0552	1.139	54.261	-23.49	-2.846
6	2.4116	2.7069	0.5189	2.9499	0.8506	2.3406	-0.5895	1.6175	0.7004	-2.6707	0.3594	0.5401	-0.7189	0.0022	0.1445	2.5426	-0.0272	0.3635	1.7262	0.1519	1.3034	-12.346	25.297	0.684
7	2.3094	-0.4699	0.5452	1.9796	0.5339	2.7867	0.0324	-0.0637	0.0833	0.1262	-0.0611	-0.3674	0.3018	0.4337	0.1829	0.6663	-0.0275	-0.0544	1.5139	0.1232	0.9505	88.22	-5.473	43.47
8	4.0025	0.2759	-1.3352	2.631	-1.1239	2.2888	0.3211	0.0895	0.8349	0.1242	0.3016	0.5357	-0.3568	-0.479	-0.4907	0.7197	0.027	0.0368	1.2729	0.1383	1.0196	-47.666	3.339	44.183
9	3.2796	-2.2776	0.1631	1.7704	-0.7509	2.0732	-0.224	-0.0073	0.8529	0.2585	0.2193	-0.5709	-0.096	0.6971	0.1382	0.7257	-0.081	-0.1028	1.571	-0.0662	1.0018	60.902	21.993	55.546
10	1.6709	-1.4181	-0.5639	2.7338	0.5482	3.193	0.2829	0.008	-0.7776	0.0135	0.1806	0.6278	0.1099	-0.6372	-0.4006	0.5983	-0.1782	-0.2054	1.3389	-0.1726	0.8992	-22.763	-27.06	51.87
11	2.0638	-0.2363	-0.2548	2.7042	0.4168	2.0437	-0.0826	0.1855	0.7834	-0.0134	0.0747	0.2748	-0.5165	0.0113	0.0175	0.8268	0.1125	-0.092	1.3907	0.1033	1.3503	29.45	39.367	44.898
12	4.0039	0.4107	0.0292	3.2408	-0.091	1.9789	0.2226	0.4372	-0.8509	-0.616	0.0333	-0.4365	0.7364	0.1644	-0.1487	0.9487	0.229	-0.1514	1.0009	-0.3338	0.9432	6.941	-45.502	38.491

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 3:131 )	A	3 - 131
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND RESID 3:131 )	B	3 - 131
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND ( RESID 132:237 OR RESID 499:749 ) )	A	132 - 237
4	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND ( RESID 132:237 OR RESID 499:749 ) )	A	499 - 749
5	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND ( RESID 132:237 OR RESID 499:749 ) )	B	132 - 237
6	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND ( RESID 132:237 OR RESID 499:749 ) )	B	499 - 749
7	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 238:498 )	A	238 - 498
8	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 238:498 )	B	238 - 498
9	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 750:869 )	A	750 - 869
10	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 750:869 )	B	750 - 869
11	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN A AND RESID 870:1022 )	A	870 - 1022
12	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 870:1022 )	B	870 - 1022
13	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN A AND RESID 1023:1528 )	A	1023 - 1528
14	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 1023:1528 )	B	1023 - 1528

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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