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Yorodumi- PDB-7eim: Crystal Structure of the Candida Glabrata Glycogen Debranching En... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7eim | |||||||||
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Title | Crystal Structure of the Candida Glabrata Glycogen Debranching Enzyme (W470A) in complex with maltopentaose | |||||||||
Components | 4-alpha-glucanotransferase | |||||||||
Keywords | SUGAR BINDING PROTEIN / Glycogen Debranching Enzyme | |||||||||
Function / homology | Function and homology information amylo-alpha-1,6-glucosidase / amylo-alpha-1,6-glucosidase activity / 4-alpha-glucanotransferase / 4-alpha-glucanotransferase activity / beta-maltose 4-alpha-glucanotransferase activity / glycogen catabolic process / glycogen biosynthetic process / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Candida glabrata CBS 138 (fungus) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.1 Å | |||||||||
Authors | Shen, M. / Xiang, S. | |||||||||
Funding support | China, 2items
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Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.F / Year: 2021 Title: Crystal structures of glycogen-debranching enzyme mutants in complex with oligosaccharides. Authors: Shen, M. / Gong, X. / Xiang, S. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7eim.cif.gz | 1.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7eim.ent.gz | 1 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7eim.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7eim_validation.pdf.gz | 2.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7eim_full_validation.pdf.gz | 2.2 MB | Display | |
Data in XML | 7eim_validation.xml.gz | 102.9 KB | Display | |
Data in CIF | 7eim_validation.cif.gz | 136.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/7eim ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/7eim | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7ejpC 7ejtC 7ekwC 7ekxC 5d0fS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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-Components
#1: Protein | Mass: 175429.406 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: W470A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Candida glabrata CBS 138 (fungus) / Strain: CBS 138 / Gene: GDB1, CAGL0G09977g / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q6FSK0, 4-alpha-glucanotransferase, amylo-alpha-1,6-glucosidase #2: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #3: Polysaccharide | alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.96 Å3/Da / Density % sol: 58.48 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 20% PEG 5000 MME,0.1 M Tris pH7.0,5% Tasimate pH7.0, 3.5mM TCEP hydrochiloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.91769 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Mar 11, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91769 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.1→38.77 Å / Num. obs: 73503 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 18.57 |
Reflection shell | Resolution: 3.1→3.15 Å / Num. unique obs: 3642 / CC1/2: 0.47 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5D0F Resolution: 3.1→38.77 Å / SU ML: 0.54 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 36.49 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 229.03 Å2 / Biso mean: 116.1988 Å2 / Biso min: 47.14 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.1→38.77 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 26
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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