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- PDB-7ekx: Crystal Structure of the Candida Glabrata Glycogen Debranching En... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ekx | |||||||||
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Title | Crystal Structure of the Candida Glabrata Glycogen Debranching Enzyme (W470A E564Q) in complex with maltononaose | |||||||||
![]() | 4-alpha-glucanotransferase | |||||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / Glycogen Debranching Enzyme | |||||||||
Function / homology | ![]() amylo-alpha-1,6-glucosidase / amylo-alpha-1,6-glucosidase activity / 4-alpha-glucanotransferase / 4-alpha-glucanotransferase activity / : / glycogen catabolic process / glycogen biosynthetic process / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Shen, M. / Xiang, S. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal structures of glycogen-debranching enzyme mutants in complex with oligosaccharides. Authors: Shen, M. / Gong, X. / Xiang, S. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 1.2 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 1 MB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.5 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 60.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 90.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7eimC ![]() 7ejpC ![]() 7ejtC ![]() 7ekwC ![]() 5d0fS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 175428.406 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: W470A, E564Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q6FSK0, 4-alpha-glucanotransferase, amylo-alpha-1,6-glucosidase #2: Polysaccharide | alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose | #3: Polysaccharide | alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose | #4: Polysaccharide | alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D- ...alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose | #5: Polysaccharide | alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D- ...alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.07 Å3/Da / Density % sol: 59.88 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 20% PEG 5000 MME,0.1 M Tris pH7.0,5% Tasimate pH7.0, 3.5mM TCEP hydrochiloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: May 30, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.4→46.16 Å / Num. obs: 58913 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 7.3 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 8.31 |
Reflection shell | Resolution: 3.4→3.49 Å / Num. unique obs: 4334 / CC1/2: 0.588 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5d0f Resolution: 3.4→46.15 Å / SU ML: 0.52 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 38.1 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 304.3 Å2 / Biso mean: 141.0566 Å2 / Biso min: 67.78 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.4→46.15 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 21
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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