PDB-7eki: human alpha 7 nicotinic acetylcholine receptor in apo-form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7eki

タイトル

human alpha 7 nicotinic acetylcholine receptor in apo-form

要素

Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / alpha 7 / nicotinic acetylcholine receptor / apo-form

機能・相同性

機能・相同性情報

sensory processing / dendrite arborization / Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / acetylcholine receptor activity / response to acetylcholine / acetylcholine-gated channel complex / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / regulation of amyloid fibril formation / short-term memory / positive regulation of CoA-transferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.18 Å

データ登録者

Liu, S. / Zhao, Y. / Sun, D. / Tian, C.

引用

ジャーナル: Cell Res / 年: 2021
タイトル: Structural basis of human α7 nicotinic acetylcholine receptor activation.
著者: Yue Zhao / Sanling Liu / Yingxin Zhou / Mengge Zhang / Haopeng Chen / H Eric Xu / Demeng Sun / Lei Liu / Changlin Tian /

履歴

登録	2021年4月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年5月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

ムービー	登録構造単位 Jmolによる作画ダウンロード EMマップとの重ね合わせマップデータ: EMDB-31168 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7eki.cif.gz	364.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7eki.ent.gz	293.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7eki.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7eki_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7eki_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	7eki_validation.xml.gz	58 KB	表示
CIF形式データ	7eki_validation.cif.gz	82.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/7eki ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/7eki	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	31168MC 31172C 31176C 7ekpC 7ektC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6w1y-d 6be1-d 7088 6y1z-d 7koq-d 7ekt-d 6w1m-d 6np0-d 31172 0228 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (9) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (10) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1)

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (9)
#71 - 2005年11月
アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor)
類似性 (10)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
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セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
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モネリン (Monellin)
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#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7

B: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7

C: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7

D: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7

E: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7

ヘテロ分子

288 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 23 through 136 or resid 138 through 621))
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 23 through 136 or resid 138 through 621))
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 23 through 136 or resid 138 through 621))
d_4	ens_1	(chain "D" and (resid 23 through 136 or resid 138 through 621))
d_5	ens_1	(chain "E" and (resid 23 through 136 or resid 138 through 621))

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	GLY	GLY	A	1 - 114
d_1	2	ens_1	CYS	ALA	A	116 - 395
d_1	3	ens_1	NAG	NAG	F
d_1	4	ens_1	NAG	NAG	F
d_1	5	ens_1	NAG	NAG	K
d_1	6	ens_1	CLR	CLR	L
d_2	1	ens_1	GLY	GLY	B	1 - 114
d_2	2	ens_1	CYS	ALA	B	116 - 395
d_2	3	ens_1	NAG	NAG	G
d_2	4	ens_1	NAG	NAG	G
d_2	5	ens_1	NAG	NAG	M
d_2	6	ens_1	CLR	CLR	N
d_3	1	ens_1	GLY	GLY	C	1 - 114
d_3	2	ens_1	CYS	ALA	C	116 - 395
d_3	3	ens_1	NAG	NAG	H
d_3	4	ens_1	NAG	NAG	H
d_3	5	ens_1	NAG	NAG	O
d_3	6	ens_1	CLR	CLR	P
d_4	1	ens_1	GLY	GLY	D	1 - 114
d_4	2	ens_1	CYS	ALA	D	116 - 395
d_4	3	ens_1	NAG	NAG	I
d_4	4	ens_1	NAG	NAG	I
d_4	5	ens_1	NAG	NAG	Q
d_4	6	ens_1	CLR	CLR	R
d_5	1	ens_1	GLY	GLY	E	1 - 114
d_5	2	ens_1	CYS	ALA	E	116 - 395
d_5	3	ens_1	NAG	NAG	J
d_5	4	ens_1	NAG	NAG	J
d_5	5	ens_1	NAG	NAG	S
d_5	6	ens_1	CLR	CLR	T

#1: タンパク質

Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7

分子量: 56505.176 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHRNA7, NACHRA7 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P36544

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 化合物

ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル

分子量: 386.654 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₄₆O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Human alpha7 nicotinic acetylcholine receptor / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 8
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD
撮影	電子線照射量: 56 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
phenix.real_space_refine	1.19_4092	精密化
PHENIX	1.19_4092	精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 3.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 73466 / 対称性のタイプ: POINT

精密化

交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

原子変位パラメータ

B_iso mean: 81.59 Å²

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.0028	16455
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.573	22490
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.0397	2620
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.0033	2760
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	12.258	5795

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	ELECTRON MICROSCOPY	NCS constraints	0.000813284690571
ens_1	d_3	A	ELECTRON MICROSCOPY	NCS constraints	0.000694853534202
ens_1	d_4	A	ELECTRON MICROSCOPY	NCS constraints	0.000630936776884
ens_1	d_5	A	ELECTRON MICROSCOPY	NCS constraints	0.000869306641213

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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