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- PDB-7ekd: Crystal structure of gibberellin 3-oxidase 2 (GA3ox2) in rice -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ekd
タイトルCrystal structure of gibberellin 3-oxidase 2 (GA3ox2) in rice
要素Gibberellin 3-beta-dioxygenase 2
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


gibberellin 3beta-dioxygenase / gibberellin 3-beta-dioxygenase activity / gibberellin metabolic process / gibberellin biosynthetic process / response to light stimulus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / B-lactam Antibiotic, Isopenicillin N Synthase; Chain / Non-haem dioxygenase N-terminal domain / non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal / Isopenicillin N synthase-like, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Isopenicillin N synthase-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. / Jelly Rolls ...: / B-lactam Antibiotic, Isopenicillin N Synthase; Chain / Non-haem dioxygenase N-terminal domain / non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal / Isopenicillin N synthase-like, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Isopenicillin N synthase-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / Gibberellin A9 / PHOSPHATE ION / Gibberellin 3-beta-dioxygenase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.899 Å
データ登録者Takehara, S. / Kawai, K. / Mikami, B. / Ueguchi-Tanaka, M.
資金援助 日本, 4件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)16H06464 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)16H06468 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)16H04907 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H03272 日本
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Evolutionary alterations in gene expression and enzymatic activities of gibberellin 3-oxidase 1 in Oryza.
著者: Kawai, K. / Takehara, S. / Kashio, T. / Morii, M. / Sugihara, A. / Yoshimura, H. / Ito, A. / Hattori, M. / Toda, Y. / Kojima, M. / Takebayashi, Y. / Furuumi, H. / Nonomura, K.I. / Mikami, B. ...著者: Kawai, K. / Takehara, S. / Kashio, T. / Morii, M. / Sugihara, A. / Yoshimura, H. / Ito, A. / Hattori, M. / Toda, Y. / Kojima, M. / Takebayashi, Y. / Furuumi, H. / Nonomura, K.I. / Mikami, B. / Akagi, T. / Sakakibara, H. / Kitano, H. / Matsuoka, M. / Ueguchi-Tanaka, M.
履歴
登録2021年4月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gibberellin 3-beta-dioxygenase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5878
ポリマ－40,6261
非ポリマー9617
水5,531307
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area350 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area15080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.838, 45.594, 68.538
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.260, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Gibberellin 3-beta-dioxygenase 2 / GA 3-oxidase 2 / OsGA3ox2 / Gibberellin 3 beta-hydroxylase 2 / Protein DWARF18


分子量: 40626.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
遺伝子: GA3OX2, D18, Os01g0177400, LOC_Os01g08220, OsJ_00594, P0013F10.29
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9FU53, gibberellin 3beta-dioxygenase

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非ポリマー , 5種, 314分子

#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-J5X / Gibberellin A9 / ジベレリンA9


分子量: 316.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H24O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.15 M ammonium sulfate, 0.1 M Sodium HEPES (pH 7.0) and 20% (w/v) PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.899→50 Å / Num. obs: 27238 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 38.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / Rmerge(I) obs: 0.221 / Mean I/σ(I) obs: 7.8 / Num. unique obs: 1267 / CC1/2: 0.946

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6KU3

6ku3


解像度: 1.899→37.69 Å / FOM work R set: 0.8544 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2122 1364 5.01 %
Rwork0.163 25857 -
obs0.1655 27221 99.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 74.32 Å2 / Biso mean: 24.75 Å2 / Biso min: 11.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.899→37.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2654 0 61 307 3022
Biso mean--29.86 34.85 -
残基数----343
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0212815
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.2963839
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.151401
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01504
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8211044
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8991-1.9670.25161370.1689246096
1.967-2.04570.21171290.16152552100
2.0457-2.13880.24531210.15732610100
2.1388-2.25160.22841300.15682586100
2.2516-2.39260.25841430.1622589100
2.3926-2.57730.21481490.16672576100
2.5773-2.83660.21871480.16532601100
2.8366-3.24690.22261400.16342573100
3.2469-4.08990.16161210.15522639100
4.0899-37.690.20911460.17012671100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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