+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ek6 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of viral peptides IPB19/N52 | ||||||
要素 | (Spike protein S2) x 2 | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / spike protein / membrane fusion / fusion inhibitor / lipopeptide | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.243 Å | ||||||
データ登録者 | Yu, D. / Qin, B. / Cui, S. / He, Y. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Emerg Microbes Infect / 年: 2021 タイトル: Structure-based design and characterization of novel fusion-inhibitory lipopeptides against SARS-CoV-2 and emerging variants. 著者: Yu, D. / Zhu, Y. / Jiao, T. / Wu, T. / Xiao, X. / Qin, B. / Chong, H. / Lei, X. / Ren, L. / Cui, S. / Wang, J. / He, Y. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ek6.cif.gz | 45.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7ek6.ent.gz | 32.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ek6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ek6_validation.pdf.gz | 436.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7ek6_full_validation.pdf.gz | 438.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7ek6_validation.xml.gz | 6.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ek6_validation.cif.gz | 8.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/7ek6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/7ek6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6lxtS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
単位格子 |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 5554.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 参照: UniProt: P0DTC2 |
---|---|
#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4352.916 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 参照: UniProt: P0DTC2 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.5 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 1.26M Sodium phosphate monobasic monohydrate, 0.14M Potassium phosphate dibasic, pH 5.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 296 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.24→32.932 Å / Num. obs: 25377 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 31.47 % / Biso Wilson estimate: 15.58 Å2 / CC1/2: 0.95 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 35 |
反射 シェル | 解像度: 1.24→3.71 Å / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 1.22 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 3470 / CC1/2: 0.81 / Χ2: 0.57 / % possible all: 84 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6LXT 解像度: 1.243→32.932 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.43 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 100.8 Å2 / Biso mean: 28.383 Å2 / Biso min: 9.78 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.243→32.932 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
|