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万見
- PDB-7ej2: human voltage-gated potassium channel KV1.3 H451N mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ej2
タイトルhuman voltage-gated potassium channel KV1.3 H451N mutant
要素
  • Potassium voltage-gated channel subfamily A member 3
  • Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / potassium channel / complex / C-type inactivation
機能・相同性
機能・相同性情報


pinceau fiber / methylglyoxal reductase (NADPH) (acetol producing) activity / : / regulation of protein localization to cell surface / voltage-gated monoatomic ion channel activity / corpus callosum development / delayed rectifier potassium channel activity / : / Voltage gated Potassium channels / juxtaparanode region of axon ...pinceau fiber / methylglyoxal reductase (NADPH) (acetol producing) activity / : / regulation of protein localization to cell surface / voltage-gated monoatomic ion channel activity / corpus callosum development / delayed rectifier potassium channel activity / : / Voltage gated Potassium channels / juxtaparanode region of axon / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / outward rectifier potassium channel activity / regulation of potassium ion transmembrane transport / optic nerve development / tertiary granule membrane / action potential / voltage-gated potassium channel activity / potassium channel regulator activity / specific granule membrane / voltage-gated potassium channel complex / potassium ion transmembrane transport / calyx of Held / potassium ion transport / protein homooligomerization / cytoplasmic side of plasma membrane / presynaptic membrane / transmembrane transporter binding / postsynaptic membrane / cytoskeleton / membrane raft / axon / synapse / Neutrophil degranulation / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, voltage dependent, Kv1.3 / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB2 / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB-related / Potassium channel, voltage dependent, Kv1 / Potassium channel, voltage dependent, Kv / Potassium channel tetramerisation-type BTB domain / BTB/POZ domain / Voltage-gated potassium channel / NADP-dependent oxidoreductase domain ...Potassium channel, voltage dependent, Kv1.3 / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB2 / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB-related / Potassium channel, voltage dependent, Kv1 / Potassium channel, voltage dependent, Kv / Potassium channel tetramerisation-type BTB domain / BTB/POZ domain / Voltage-gated potassium channel / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / Voltage-dependent channel domain superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Potassium voltage-gated channel subfamily A member 3 / Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Liu, S. / Zhao, Y. / Tian, C.
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2021
タイトル: Structures of wild-type and H451N mutant human lymphocyte potassium channel K1.3.
著者: Sanling Liu / Yue Zhao / Hao Dong / Liang Xiao / Yong Zhang / Yuqin Yang / Seow Theng Ong / K George Chandy / Longhua Zhang / Changlin Tian /
履歴
登録2021年4月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-31149
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
B: Potassium voltage-gated channel subfamily A member 3
C: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
D: Potassium voltage-gated channel subfamily A member 3
E: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
F: Potassium voltage-gated channel subfamily A member 3
G: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
H: Potassium voltage-gated channel subfamily A member 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)422,70012
ポリマ－419,7268
非ポリマー2,9744
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Voltage-gated potassium channel subunit beta-2 / K(+) channel subunit beta-2 / Kv-beta-2 / hKvbeta2


分子量: 41049.152 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCNAB2, KCNA2B, KCNK2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q13303, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#2: タンパク質
Potassium voltage-gated channel subfamily A member 3 / HGK5 / HLK3 / HPCN3 / Voltage-gated K(+) channel HuKIII / Voltage-gated potassium channel subunit Kv1.3


分子量: 63882.434 Da / 分子数: 4 / Mutation: H451N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCNA3, HGK5
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P22001
#3: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human KV1.3 H451N-KVb2.1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 62 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.19_4092精密化
PHENIX1.19_4092精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 粒子像の数: 79338 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 101.5 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.007121436
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.816429136
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05333304
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00653700
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.17377576

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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