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- PDB-7ehp: Chitin oligosaccharide binding protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ehp
タイトルChitin oligosaccharide binding protein
要素chitin oligosaccahride binding protein NagB1
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / chitin oligosaccahride
生物種Paenibacillus sp. FPU-7 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Itoh, T. / Hibi, T. / Kimoto, H.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)16K08114 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19K06340 日本
引用ジャーナル: J Struct Biol X / 年: 2021
タイトル: Structural characterization of two solute-binding proteins for N,N' -diacetylchitobiose/ N,N',N'' -triacetylchitotoriose of the gram-positive bacterium, Paenibacillus sp. str. FPU-7.
著者: Itoh, T. / Yaguchi, M. / Nakaichi, A. / Yoda, M. / Hibi, T. / Kimoto, H.
履歴
登録2021年3月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: chitin oligosaccahride binding protein NagB1
B: chitin oligosaccahride binding protein NagB1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,6264
ポリマ－91,7772
非ポリマー8492
水11,403633
1
A: chitin oligosaccahride binding protein NagB1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3132
ポリマ－45,8881
非ポリマー4241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: chitin oligosaccahride binding protein NagB1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3132
ポリマ－45,8881
非ポリマー4241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)195.965, 49.798, 77.865
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.120, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-699-

HOH

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要素

#1: タンパク質 chitin oligosaccahride binding protein NagB1


分子量: 45888.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paenibacillus sp. FPU-7 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 633 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: PEG4000, sodium acetate, Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 47871 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 18.1 Å2 / Rpim(I) all: 0.099 / Rrim(I) all: 0.214 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 4.6 % / Num. unique obs: 2402 / CC1/2: 0.642 / Rpim(I) all: 0.511 / Rrim(I) all: 1.098 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7EHO

7eho


解像度: 2.01→38.93 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 2412 5.04 %
Rwork0.1751 45431 -
obs0.1777 47843 98.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 85.85 Å2 / Biso mean: 25.7944 Å2 / Biso min: 8.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.01→38.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6226 0 58 633 6917
Biso mean--15.69 30.19 -
残基数----790
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.01-2.050.32671030.23592206230982
2.05-2.090.30821640.22926672831100
2.09-2.140.29431370.219326712808100
2.14-2.190.28721710.202126552826100
2.19-2.250.25661470.209427032850100
2.25-2.320.30131200.210926692789100
2.32-2.390.27461350.200527152850100
2.39-2.480.25351520.190126932845100
2.48-2.580.23821500.178126892839100
2.58-2.70.2371230.181826972820100
2.7-2.840.24121440.181626782822100
2.84-3.020.19551310.185327362867100
3.02-3.250.25961440.181627092853100
3.25-3.580.19661440.15792697284199
3.58-4.090.19381510.14072719287099
4.09-5.150.17691430.13842728287199
5.16-38.930.16791530.16362799295299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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