PDB-7eez: crystal structure of maize SHH2 SAWADEE domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7eez

タイトル

crystal structure of maize SHH2 SAWADEE domain

要素

HB transcription factor

キーワード

GENE REGULATION / SAWADEE domain / Maize / SHH2

機能・相同性

機能・相同性情報

chromatin binding / DNA binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Zea mays (トウモロコシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.902 Å

データ登録者

Wang, Y. / Du, J.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J Integr Plant Biol / 年: 2021
タイトル: Recognition of H3K9me1 by maize RNA-directed DNA methylation factor SHH2.
著者: Wang, Y. / Zhou, X. / Luo, J. / Lv, S. / Liu, R. / Du, X. / Jia, B. / Yuan, F. / Zhang, H. / Du, J.

履歴

登録	2021年3月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7eez.cif.gz	76.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7eez.ent.gz	55.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7eez.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7eez_validation.pdf.gz	964.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7eez_full_validation.pdf.gz	964.7 KB	表示
XML形式データ	7eez_validation.xml.gz	8 KB	表示
CIF形式データ	7eez_validation.cif.gz	10.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/7eez ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/7eez	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ef0C 7ef1C 7ef2C 7ef3C 4iurS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3fau-3 5a4x-2 4iur-1 4iut-2 3rio-d 1b2u-2 5qsa-d 5a51-2 2zf9-4 6fxg-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (3)

登録構造単位

A: HB transcription factor

ヘテロ分子

18.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.262, 47.262, 137.568
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-656- HOH

#1: タンパク質	HB transcription factor / Protein SAWADEE HOMEODOMAIN HOMOLOG 2 分子量: 18101.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: 100279552, HB131, ZEAMMB73_Zm00001d005584 / プラスミド: pET-Sumo / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B7ZYP9
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.38 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 30% PEG 300

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月20日

放射

モノクロメーター: silicon crystal (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 13044 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 15.5 % / R_merge(I) obs: 0.079 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.082 / Χ²: 1.75 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 201808

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.9-1.97	15	0.72	1275	0.974	0.185	0.744	1.613	100
1.97-2.05	15	0.506	1243	0.986	0.13	0.523	1.629	100
2.05-2.14	15	0.405	1278	0.988	0.104	0.418	1.658	100
2.14-2.25	15	0.28	1275	0.992	0.072	0.289	1.667	100
2.25-2.39	15	0.202	1266	0.996	0.052	0.209	1.655	100
2.39-2.58	15	0.158	1288	0.997	0.041	0.163	1.814	100
2.58-2.84	15	0.117	1299	0.998	0.03	0.121	1.976	100
2.84-3.25	15	0.074	1310	0.999	0.019	0.076	1.865	100
3.25-4.09	15	0.05	1336	0.999	0.013	0.052	1.796	100
4.09-50	13.8	0.045	1474	0.999	0.012	0.046	1.819	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4IUR

4iur

解像度: 1.902→38.953 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2362	631	4.87 %
R_work	0.2208	12334	-
obs	0.2215	12965	99.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 89.26 Å² / B_iso mean: 43.0936 Å² / B_iso min: 16.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.902→38.953 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1132	0	1	75	1208
B_iso mean	-	-	36.85	42.21	-
残基数	-	-	-	-	138

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	1156
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.775	1559
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.03	161
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	209
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.06	438

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work
1.902-2.0483	0.2931	155	0.26	2348
2.0483-2.2544	0.2883	127	0.2486	2413
2.2544-2.5806	0.2109	117	0.2342	2433
2.5806-3.251	0.2777	133	0.2439	2462
3.251-38.953	0.1977	99	0.1977	2678

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9427	-2.6478	2.8318	7.5511	-6.4629	6.1041	-0.0874	-0.4435	-0.0606	0.376	0.4738	0.2252	-0.9044	-0.3033	-0.2307	0.3066	0.0481	-0.0049	0.3598	-0.0379	0.2923	23.706	22.0286	50.6157
2	5.9774	0.6624	-0.516	8.4579	-0.984	1.7929	-0.044	-0.018	0.4263	0.4128	0.3681	0.6631	-1.5871	-0.2166	-0.1614	0.5522	0.077	-0.0014	0.2634	-0.028	0.2133	22.1044	25.8222	51.0419
3	0.8421	0.5779	0.7936	1.2684	0.7552	0.7951	-0.1049	0.0995	0.3735	0.0121	0.0518	-0.2878	-0.7871	0.8339	-0.0507	0.7782	-0.764	-0.3379	0.6438	-0.2317	0.2698	37.6058	32.4122	47.9103
4	4.4122	-2.7703	-4.2178	2.7727	1.8633	4.7759	-0.0721	-1.5572	-0.7336	0.939	0.0324	0.2695	-0.4521	1.1504	-0.1517	0.8641	-0.0721	-0.0142	0.5765	-0.0206	0.421	25.5437	28.2911	57.9058
5	5.5457	2.2565	1.7937	5.1199	0.9128	7.2808	-0.2049	-0.1517	0.1364	0.1393	0.1561	-0.5	-1.0781	0.9208	0.0085	0.2948	-0.0961	-0.0423	0.3454	-0.0355	0.2665	30.1082	25.0467	47.2088
6	2.0935	2.8978	0.8557	4.7766	-0.4806	4.2694	-0.2782	-0.4416	0.8624	-0.2743	0.0661	1.8135	-0.3695	-1.8135	0.2349	0.3011	0.0471	0.0197	0.6663	-0.0375	0.678	12.1969	20.6187	41.5539
7	4.9746	1.6098	0.5752	4.6661	0.9688	5.4896	0.1444	-0.3511	-0.2172	0.4253	0.2342	0.076	0.695	-1.0903	-0.0509	0.2923	-0.1327	0.0278	0.421	-0.0152	0.3419	16.0002	11.2208	42.6484
8	5.5175	2.7383	1.3631	5.5978	2.0007	5.9982	-0.2216	0.0041	-0.66	-0.1967	0.2686	-0.0333	1.1635	-0.512	-0.1224	0.3497	-0.0661	0.0114	0.2078	-0.001	0.3249	19.558	9.1262	42.6943
9	1.07	0.6266	0.1011	2.2054	0.7144	0.6701	0.1127	0.0387	-0.3914	0.289	-0.2325	0.6366	0.1944	-1.1638	0.3389	0.5168	-0.6168	-0.0095	1.3075	-0.0708	0.4506	2.6644	6.8958	35.5406
10	6.3449	1.1608	0.9535	5.2598	0.8342	5.0622	0.0598	-0.2644	-0.8722	0.3603	0.3204	-0.1039	1.2317	-0.5245	-0.3359	0.4221	-0.1139	-0.0383	0.3594	0.0064	0.3723	17.8225	7.1548	43.0707
11	4.1367	-0.2207	5.0233	4.774	0.5034	9.7408	-0.5083	0.7083	-0.2515	-0.5337	0.7673	0.5324	-0.6117	-1.291	-0.2957	0.2555	-0.091	-0.012	0.6126	0.0231	0.2716	16.4994	20.3957	30.7584

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 134 through 145 )	A	134 - 145
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 146 through 152 )	A	146 - 152
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 153 through 163 )	A	153 - 163
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 164 through 177 )	A	164 - 177
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 178 through 188 )	A	178 - 188
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 189 through 194 )	A	189 - 194
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 195 through 216 )	A	195 - 216
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 217 through 228 )	A	217 - 228
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 229 through 239 )	A	229 - 239
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 240 through 261 )	A	240 - 261
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 262 through 271 )	A	262 - 271

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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