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- PDB-7eez: crystal structure of maize SHH2 SAWADEE domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eez
タイトルcrystal structure of maize SHH2 SAWADEE domain
要素HB transcription factor
キーワードGENE REGULATION / SAWADEE domain / Maize / SHH2
機能・相同性
機能・相同性情報


chromatin binding / DNA binding / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
SAWADEE domain / Protein SAWADEE HOMEODOMAIN HOMOLOG 1/2 / SAWADEE domain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / SH3 type barrels. - #140 / Homeobox-like domain superfamily / SH3 type barrels. ...SAWADEE domain / Protein SAWADEE HOMEODOMAIN HOMOLOG 1/2 / SAWADEE domain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / SH3 type barrels. - #140 / Homeobox-like domain superfamily / SH3 type barrels. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Roll / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HB transcription factor
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.902 Å
データ登録者Wang, Y. / Du, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770782 中国
引用ジャーナル: J Integr Plant Biol / 年: 2021
タイトル: Recognition of H3K9me1 by maize RNA-directed DNA methylation factor SHH2.
著者: Wang, Y. / Zhou, X. / Luo, J. / Lv, S. / Liu, R. / Du, X. / Jia, B. / Yuan, F. / Zhang, H. / Du, J.
履歴
登録2021年3月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HB transcription factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1672
ポリマ－18,1011
非ポリマー651
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.262, 47.262, 137.568
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-656-

HOH

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要素

#1: タンパク質 HB transcription factor / Protein SAWADEE HOMEODOMAIN HOMOLOG 2


分子量: 18101.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: 100279552, HB131, ZEAMMB73_Zm00001d005584 / プラスミド: pET-Sumo / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B7ZYP9
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 30% PEG 300

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月20日
放射モノクロメーター: silicon crystal (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 13044 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 15.5 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 1.75 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 201808
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.9-1.97150.7212750.9740.1850.7441.613100
1.97-2.05150.50612430.9860.130.5231.629100
2.05-2.14150.40512780.9880.1040.4181.658100
2.14-2.25150.2812750.9920.0720.2891.667100
2.25-2.39150.20212660.9960.0520.2091.655100
2.39-2.58150.15812880.9970.0410.1631.814100
2.58-2.84150.11712990.9980.030.1211.976100
2.84-3.25150.07413100.9990.0190.0761.865100
3.25-4.09150.0513360.9990.0130.0521.796100
4.09-5013.80.04514740.9990.0120.0461.81999.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IUR

4iur


解像度: 1.902→38.953 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2362 631 4.87 %
Rwork0.2208 12334 -
obs0.2215 12965 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 89.26 Å2 / Biso mean: 43.0936 Å2 / Biso min: 16.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.902→38.953 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1132 0 1 75 1208
Biso mean--36.85 42.21 -
残基数----138
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041156
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7751559
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03161
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003209
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.06438
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.902-2.04830.29311550.262348
2.0483-2.25440.28831270.24862413
2.2544-2.58060.21091170.23422433
2.5806-3.2510.27771330.24392462
3.251-38.9530.1977990.19772678
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9427-2.64782.83187.5511-6.46296.1041-0.0874-0.4435-0.06060.3760.47380.2252-0.9044-0.3033-0.23070.30660.0481-0.00490.3598-0.03790.292323.70622.028650.6157
25.97740.6624-0.5168.4579-0.9841.7929-0.044-0.0180.42630.41280.36810.6631-1.5871-0.2166-0.16140.55220.077-0.00140.2634-0.0280.213322.104425.822251.0419
30.84210.57790.79361.26840.75520.7951-0.10490.09950.37350.01210.0518-0.2878-0.78710.8339-0.05070.7782-0.764-0.33790.6438-0.23170.269837.605832.412247.9103
44.4122-2.7703-4.21782.77271.86334.7759-0.0721-1.5572-0.73360.9390.03240.2695-0.45211.1504-0.15170.8641-0.0721-0.01420.5765-0.02060.42125.543728.291157.9058
55.54572.25651.79375.11990.91287.2808-0.2049-0.15170.13640.13930.1561-0.5-1.07810.92080.00850.2948-0.0961-0.04230.3454-0.03550.266530.108225.046747.2088
62.09352.89780.85574.7766-0.48064.2694-0.2782-0.44160.8624-0.27430.06611.8135-0.3695-1.81350.23490.30110.04710.01970.6663-0.03750.67812.196920.618741.5539
74.97461.60980.57524.66610.96885.48960.1444-0.3511-0.21720.42530.23420.0760.695-1.0903-0.05090.2923-0.13270.02780.421-0.01520.341916.000211.220842.6484
85.51752.73831.36315.59782.00075.9982-0.22160.0041-0.66-0.19670.2686-0.03331.1635-0.512-0.12240.3497-0.06610.01140.2078-0.0010.324919.5589.126242.6943
91.070.62660.10112.20540.71440.67010.11270.0387-0.39140.289-0.23250.63660.1944-1.16380.33890.5168-0.6168-0.00951.3075-0.07080.45062.66446.895835.5406
106.34491.16080.95355.25980.83425.06220.0598-0.2644-0.87220.36030.3204-0.10391.2317-0.5245-0.33590.4221-0.1139-0.03830.35940.00640.372317.82257.154843.0707
114.1367-0.22075.02334.7740.50349.7408-0.50830.7083-0.2515-0.53370.76730.5324-0.6117-1.291-0.29570.2555-0.091-0.0120.61260.02310.271616.499420.395730.7584
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 134 through 145 )A134 - 145
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 146 through 152 )A146 - 152
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 153 through 163 )A153 - 163
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 164 through 177 )A164 - 177
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 178 through 188 )A178 - 188
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 189 through 194 )A189 - 194
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 195 through 216 )A195 - 216
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 217 through 228 )A217 - 228
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 229 through 239 )A229 - 239
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 240 through 261 )A240 - 261
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 262 through 271 )A262 - 271

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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