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- PDB-7ef1: crystal structure of maize SHH2 SAWADEE domain in complex with an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ef1
タイトルcrystal structure of maize SHH2 SAWADEE domain in complex with and H3K9me1 peptide
要素
  • HB transcription factor
  • Histone H3.2
キーワードGENE REGULATION / SAWADEE domain / Maize / SHH2
機能・相同性
機能・相同性情報


chromocenter / structural constituent of chromatin / nucleosome / protein heterodimerization activity / chromatin binding / DNA binding / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
SAWADEE domain / Protein SAWADEE HOMEODOMAIN HOMOLOG 1/2 / SAWADEE domain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / SH3 type barrels. - #140 / Histone H3 signature 1. / Homeobox-like domain superfamily ...SAWADEE domain / Protein SAWADEE HOMEODOMAIN HOMOLOG 1/2 / SAWADEE domain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / SH3 type barrels. - #140 / Histone H3 signature 1. / Homeobox-like domain superfamily / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / SH3 type barrels. / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Roll / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HB transcription factor / Histone H3.2
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Wang, Y. / Du, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770782 中国
引用ジャーナル: J Integr Plant Biol / 年: 2021
タイトル: Recognition of H3K9me1 by maize RNA-directed DNA methylation factor SHH2.
著者: Wang, Y. / Zhou, X. / Luo, J. / Lv, S. / Liu, R. / Du, X. / Jia, B. / Yuan, F. / Zhang, H. / Du, J.
履歴
登録2021年3月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HB transcription factor
B: HB transcription factor
P: Histone H3.2
Q: Histone H3.2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2866
ポリマ－38,1554
非ポリマー1312
水4,216234
1
A: HB transcription factor
P: Histone H3.2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1433
ポリマ－19,0782
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1580 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9410 Å2
手法PISA
2
B: HB transcription factor
Q: Histone H3.2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1433
ポリマ－19,0782
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1170 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area8790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.821, 68.563, 80.976
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 HB transcription factor / Protein SAWADEE HOMEODOMAIN HOMOLOG 2


分子量: 17914.150 Da / 分子数: 2 / 変異: R235G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: 100279552, HB131, ZEAMMB73_Zm00001d005584 / プラスミド: pET-Sumo / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B7ZYP9
#2: タンパク質・ペプチド Histone H3.2


分子量: 1163.351 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Zea mays (トウモロコシ) / 参照: UniProt: P69246
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES, pH7.5, 70% MPD

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月28日
放射モノクロメーター: silicon crystal (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 29252 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.116 / Χ2: 1.043 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 116568
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.9-1.973.90.75728830.7410.4210.8690.77199.5
1.97-2.0540.59328620.8310.320.6760.84699.3
2.05-2.144.10.46928730.8790.2480.5320.86299.4
2.14-2.2540.34128920.9340.1810.3880.93299.8
2.25-2.394.10.26328770.9620.140.2990.95199.6
2.39-2.5840.20529090.9710.110.2331.00699.8
2.58-2.8440.14929420.980.0810.171.21599.9
2.84-3.2540.0929580.9930.050.1031.33100
3.25-4.093.90.04629510.9980.0260.0531.27499
4.09-503.90.03431050.9980.0190.041.22799.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7EEZ

7eez


解像度: 1.9→34.863 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2259 1476 5.09 %
Rwork0.1912 27505 -
obs0.193 28981 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 91.44 Å2 / Biso mean: 32.5679 Å2 / Biso min: 12.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→34.863 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2478 0 2 234 2714
Biso mean--26.36 38.91 -
残基数----306
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052525
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8773399
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034358
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003451
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.941953
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9-1.96130.23311130.2157248399
1.9613-2.03140.22651490.207242699
2.0314-2.11270.22641470.20432425100
2.1127-2.20890.23361430.20082486100
2.2089-2.32530.22011240.18382479100
2.3253-2.4710.22461260.19062496100
2.471-2.66170.22741460.19572468100
2.6617-2.92940.22131300.19352518100
2.9294-3.3530.25121430.19032516100
3.353-4.22330.19591230.1673253399
4.2233-34.8630.23361320.2001267599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.57114.406-1.36095.5862-2.16726.42740.4510.08230.07820.4441-0.09190.39780.1716-0.4351-0.33530.2649-0.0097-0.02780.2212-0.00730.2558-21.416810.4273-14.566
26.15532.44652.02182.29072.29935.15940.21930.00660.4003-0.1426-0.32340.0893-0.2531-0.14660.02420.20890.0356-0.01710.11550.0330.2003-15.241820.2432-17.8686
33.88471.08810.69585.14191.49646.5945-0.03430.5806-0.2365-0.29830.5048-0.87170.03190.7711-0.26450.2744-0.04340.00710.3076-0.11710.2526-12.259210.5333-31.958
43.4795-0.03850.16766.93841.22365.06340.31460.24890.6267-0.8245-0.33530.0102-1.0542-0.6242-0.00140.37610.0691-0.04270.25240.00160.2142-19.699322.4316-23.5541
53.783-0.20960.02331.9645-1.22222.0941-0.04160.0323-0.0994-0.17930.04080.04490.2051-0.1960.02550.1585-0.0098-0.02460.1344-0.00340.163-15.199113.1714-15.7726
63.8157-1.21420.36772.8371-0.97494.0049-0.1727-0.17910.19940.15850.0407-0.0202-0.329-0.01110.09590.14870.0083-0.02250.1476-0.04960.1484-10.506118.616-1.7203
76.30642.2351-0.59261.1564-1.71996.7861-0.5211-1.33951.03851.35830.6860.5949-0.2366-0.3969-0.01950.50270.09460.09640.4361-0.03660.3508-17.154618.016913.4689
84.75911.452-2.5724.9108-1.82927.15450.0103-0.43240.54370.1258-0.0514-0.1964-0.28420.39550.09470.12940.003-0.0450.1522-0.03820.2048-3.793520.3943-2.036
91.45280.84890.55043.32732.08233.8104-0.0405-0.02290.15460.15760.1041-0.172-0.18740.0835-0.05940.17210.0522-0.00140.1705-0.02130.1906-12.328119.18640.1364
105.50875.0124-5.21226.8372-5.04188.5150.1593-0.053-0.26980.70820.31960.7394-0.1461-0.7382-0.37760.2343-0.00820.05120.28060.07720.3288-19.69030.88713.1207
119.21188.29132.12869.14981.68794.55930.13220.0969-0.5166-0.2033-0.13150.02910.3126-0.19240.15030.2142-0.00530.02390.3010.04970.2272-8.9862-8.21525.1225
124.61853.077-2.2993.4197-2.32885.6077-0.0388-0.4946-0.17990.0741-0.2916-0.25150.06160.87180.13380.17930.05240.02340.32550.07220.21352.4501-6.93848.4988
135.3250.9593-1.77673.7231-1.02757.53430.3512-0.35070.51320.2614-0.3061-0.5533-0.0671.0721-0.15610.1906-0.03270.01990.40360.07960.2718-0.2478-7.388217.6962
143.03740.44922.08121.9109-1.69067.61280.0752-0.2753-0.11440.0257-0.0002-0.0307-0.1576-0.0856-0.07920.1379-0.00450.0360.21140.02530.226-3.7899-3.93356.6104
154.26650.2415-0.31213.58450.56323.1268-0.0187-0.0841-0.3296-0.2451-0.043-0.22430.03550.55810.02130.14970.00460.06730.2158-0.00250.18872.8128-0.8441-7.3777
164.4807-0.96861.4083.34844.8989.07680.36750.6803-0.3756-0.8694-0.5874-0.0628-0.3751-0.16150.11160.37010.03260.02970.2892-0.0860.2735-0.0424-5.8242-23.013
173.91570.3220.6932.46860.56734.0707-0.18740.1781-0.087-0.35760.2955-0.3012-0.10610.3962-0.12160.1682-0.02040.06850.1545-0.05420.19725.30191.0335-8.5336
182.5369-0.94812.14038.1939-1.45293.99550.16810.3807-0.5226-0.59760.01021.19360.4063-1.0461-0.27690.2321-0.0554-0.03050.3466-0.05030.3569-13.8402-1.1031-8.1172
197.17641.4091-2.59957.7121-4.63883.43090.5007-0.82570.11240.71750.01331.2033-0.38310.294-0.40290.3635-0.03710.01690.2509-0.00490.3554-19.129725.064-8.8026
202.32340.37280.28367.49890.17252.8526-0.23270.451-1.5905-1.13410.239-0.87450.3961.41-0.0990.42060.08870.1160.4413-0.0180.53295.4642-12.4818-2.5644
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 131 through 139 )A131 - 139
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 140 through 152 )A140 - 152
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 153 through 163 )A153 - 163
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 164 through 177 )A164 - 177
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 178 through 194 )A178 - 194
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 195 through 228 )A195 - 228
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 229 through 239 )A229 - 239
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 240 through 250 )A240 - 250
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 251 through 262 )A251 - 262
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 263 through 278 )A263 - 278
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 131 through 139 )B131 - 139
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 140 through 152 )B140 - 152
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 153 through 177 )B153 - 177
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 178 through 194 )B178 - 194
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 195 through 228 )B195 - 228
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 229 through 239 )B229 - 239
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 240 through 261 )B240 - 261
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 262 through 272 )B262 - 272
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'P' and (resid 2 through 10 )P2 - 10
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'Q' and (resid 3 through 8 )Q3 - 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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