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- PDB-7eeb: Structure of the CatSpermasome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eeb
タイトルStructure of the CatSpermasome
要素
  • (Cation channel sperm-associated protein ...) x 8
  • (Transmembrane protein ...) x 2
  • EF-hand calcium-binding domain-containing protein 9
  • Enhanced green fluorescent protein,Cation channel sperm-associated protein 1
  • Kazal-like domain-containing protein
  • Unknown
キーワードPROTEIN TRANSPORT / ion channel / membrane protein / calcium channel / protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CatSper complex / Sperm Motility And Taxes / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / sperm principal piece / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / calcium ion sensor activity / male meiotic nuclear division / flagellated sperm motility / organic anion transport / organic anion transmembrane transporter activity ...CatSper complex / Sperm Motility And Taxes / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / sperm principal piece / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / calcium ion sensor activity / male meiotic nuclear division / flagellated sperm motility / organic anion transport / organic anion transmembrane transporter activity / calcium-activated cation channel activity / fertilization / motile cilium / sodium ion transport / sperm capacitation / regulation of calcium ion transport / sperm flagellum / monoatomic ion channel complex / voltage-gated calcium channel activity / bioluminescence / acrosomal vesicle / generation of precursor metabolites and energy / establishment of localization in cell / calcium ion transport / spermatogenesis / cell differentiation / calmodulin binding / cilium / calcium ion binding / endoplasmic reticulum / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cation channel sperm-associated auxiliary subunit TMEM249 / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit gamma / Cation channel sperm-associated protein 4 / Cation channel sperm-associated protein 1 / Cation channel sperm-associated protein 2 / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit beta / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit delta/epsilon / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit zeta / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit TMEM262 / EF-hand calcium-binding domain-containing protein 9 ...Cation channel sperm-associated auxiliary subunit TMEM249 / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit gamma / Cation channel sperm-associated protein 4 / Cation channel sperm-associated protein 1 / Cation channel sperm-associated protein 2 / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit beta / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit delta/epsilon / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit zeta / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit TMEM262 / EF-hand calcium-binding domain-containing protein 9 / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / CATSPERD, beta-propeller domain / CATSPERG beta-propeller domain / CATSPERB, C-terminal domain / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit TMEM249 / CATSPER protein subunit beta protein 1st domain / CATSPER subunit beta protein 2nd domain / CATSPERB head domain / CATSPERB Ig-like domain / CATSPERG N-terminal domain / CATSPERE first N-terminal domain / CATSPERE second N-terminal domain / CATSPERE beta-propeller domain / CATSPERG C-terminal domain / CATSPERE Ig-like domain / CATSPERD/E C-terminal domain / CATSPERG Ig-like domain / Organic anion transporter polypeptide / Organic Anion Transporter Polypeptide (OATP) family / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Kazal domain superfamily / Kazal domain / Kazal domain profile. / MFS transporter superfamily / Voltage-dependent channel domain superfamily / EF-hand / Green fluorescent protein, GFP / Recoverin; domain 1 / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / Ion transport domain / Ion transport protein / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cation channel sperm-associated auxiliary subunit TMEM249 / Cation channel sperm-associated protein 2 / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit beta / Enhanced green fluorescent protein / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit gamma 2 / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit TMEM262 / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit delta / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit epsilon / Solute carrier organic anion transporter family member 6C1 / Cation channel sperm-associated protein 3 ...Cation channel sperm-associated auxiliary subunit TMEM249 / Cation channel sperm-associated protein 2 / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit beta / Enhanced green fluorescent protein / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit gamma 2 / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit TMEM262 / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit delta / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit epsilon / Solute carrier organic anion transporter family member 6C1 / Cation channel sperm-associated protein 3 / Cation channel sperm-associated protein 4 / Cation channel sperm-associated protein 1 / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit zeta / EF-hand calcium-binding domain-containing protein 9
類似検索 - 構成要素
生物種Human cytomegalovirus (ヘルペスウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Wu, J.P. / Ke, M.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Structure of a mammalian sperm cation channel complex.
著者: Shiyi Lin / Meng Ke / Yuqi Zhang / Zhen Yan / Jianping Wu /
要旨: The cation channel of sperm (CatSper) is essential for sperm motility and fertility. CatSper comprises the pore-forming proteins CATSPER1-4 and multiple auxiliary subunits, including CATSPERβ, γ, ...The cation channel of sperm (CatSper) is essential for sperm motility and fertility. CatSper comprises the pore-forming proteins CATSPER1-4 and multiple auxiliary subunits, including CATSPERβ, γ, δ, ε, ζ, and EFCAB9. Here we report the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the CatSper complex isolated from mouse sperm. In the extracellular view, CATSPER1-4 conform to the conventional domain-swapped voltage-gated ion channel fold, following a counterclockwise arrangement. The auxiliary subunits CATSPERβ, γ, δ and ε-each of which contains a single transmembrane segment and a large extracellular domain-constitute a pavilion-like structure that stabilizes the entire complex through interactions with CATSPER4, 1, 3 and 2, respectively. Our EM map reveals several previously uncharacterized components, exemplified by the organic anion transporter SLCO6C1. We name this channel-transporter ultracomplex the CatSpermasome. The assembly and organization details of the CatSpermasome presented here lay the foundation for the development of CatSpermasome-related treatments for male infertility and non-hormonal contraceptives.
履歴
登録2021年3月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-31076
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enhanced green fluorescent protein,Cation channel sperm-associated protein 1
B: Cation channel sperm-associated protein 2
C: Cation channel sperm-associated protein 3
D: Cation channel sperm-associated protein 4
E: Cation channel sperm-associated protein subunit beta
F: Cation channel sperm-associated protein subunit gamma 2
G: Cation channel sperm-associated protein subunit delta
H: Cation channel sperm-associated protein subunit epsilon
L: Kazal-like domain-containing protein
J: Transmembrane protein 249
M: Transmembrane protein 262
N: Unknown
I: EF-hand calcium-binding domain-containing protein 9
K: Cation channel sperm-associated protein subunit zeta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)915,38444
ポリマ－901,51714
非ポリマー13,86730
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ALI

#1: タンパク質 Enhanced green fluorescent protein,Cation channel sperm-associated protein 1 / CatSper1


分子量: 109442.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human cytomegalovirus (ヘルペスウイルス), (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
遺伝子: egfp, Catsper1 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: C5MKY7, UniProt: Q91ZR5
#9: タンパク質 Kazal-like domain-containing protein


分子量: 79055.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q3V161
#13: タンパク質 EF-hand calcium-binding domain-containing protein 9


分子量: 26170.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9DAM2

-
Cation channel sperm-associated protein ... , 8種, 8分子 BCDEFGHK

#2: タンパク質 Cation channel sperm-associated protein 2 / CatSper2


分子量: 68651.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: A2ARP9
#3: タンパク質 Cation channel sperm-associated protein 3 / CatSper3


分子量: 45533.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q80W99
#4: タンパク質 Cation channel sperm-associated protein 4 / CatSper4


分子量: 51179.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q8BVN3
#5: タンパク質 Cation channel sperm-associated protein subunit beta / CatSper-beta


分子量: 126250.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: A2RTF1
#6: タンパク質 Cation channel sperm-associated protein subunit gamma 2


分子量: 131550.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: C6KI89
#7: タンパク質 Cation channel sperm-associated protein subunit delta / CatSper-delta / CatSperdelta / Transmembrane protein 146


分子量: 91186.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: E9Q9F6
#8: タンパク質 Cation channel sperm-associated protein subunit epsilon / CatSper-epsilon / CatSperepsilon / C1orf101-like protein


分子量: 113913.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P0DP43
#14: タンパク質 Cation channel sperm-associated protein subunit zeta / CatSper-zeta / CatSperzeta / Protein expressed in male leptotene and zygotene spermatocytes 622 / ...CatSper-zeta / CatSperzeta / Protein expressed in male leptotene and zygotene spermatocytes 622 / MLZ-622 / Testis-expressed protein 40


分子量: 22776.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CQP8

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Transmembrane protein ... , 2種, 2分子 JM

#10: タンパク質 Transmembrane protein 249


分子量: 19918.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: A0A2R8VHF7
#11: タンパク質 Transmembrane protein 262


分子量: 13489.028 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: D3Z338

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 N

#12: タンパク質・ペプチド Unknown


分子量: 2400.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

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糖 , 6種, 25分子

#15: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D- ...beta-D-mannopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-2DManpb1-3[DManpb1-3DManpb1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2-2-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f3-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{[(2+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#16: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#17: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#18: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-3[DManpb1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{}[(6+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#19: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-6)-[beta-D- ...beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-6)-[beta-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-3[DManpb1-6]DManpb1-6[DManpb1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2-2-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{}[(6+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{}[(6+1)][b-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#22: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 5分子

#20: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Na
#21: 化合物 ChemComp-9Z9 / (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en


分子量: 544.805 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H56O5 / コメント: 可溶化剤*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: mouse CatSpermasome / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#14 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Homemade
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K / 詳細: blot for 8 s before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: cryoSPARC / バージョン: v3.0 / カテゴリ: CTF補正
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 560730 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 2.9 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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