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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7eeb | ||||||
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タイトル | Structure of the CatSpermasome | ||||||
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![]() | PROTEIN TRANSPORT / ion channel / membrane protein / calcium channel / protein complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() CatSper complex / Sperm Motility And Taxes / sodium-independent organic anion transmembrane transporter activity / sodium-independent organic anion transport / sperm principal piece / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / calcium ion sensor activity / flagellated sperm motility / male meiotic nuclear division ...CatSper complex / Sperm Motility And Taxes / sodium-independent organic anion transmembrane transporter activity / sodium-independent organic anion transport / sperm principal piece / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / calcium ion sensor activity / flagellated sperm motility / male meiotic nuclear division / organic anion transport / multicellular organism development / voltage-gated monoatomic ion channel activity / organic anion transmembrane transporter activity / calcium-activated cation channel activity / fertilization / motile cilium / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / monoatomic ion channel complex / sperm capacitation / sodium ion transport / plasma membrane => GO:0005886 / regulation of calcium ion transport / bioluminescence / sperm flagellum / voltage-gated calcium channel activity / generation of precursor metabolites and energy / acrosomal vesicle / calcium channel activity / cilium / calcium ion transport / spermatogenesis / cell differentiation / calmodulin binding / calcium ion binding / endoplasmic reticulum / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
![]() | Wu, J.P. / Ke, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of a mammalian sperm cation channel complex. 著者: Shiyi Lin / Meng Ke / Yuqi Zhang / Zhen Yan / Jianping Wu / ![]() 要旨: The cation channel of sperm (CatSper) is essential for sperm motility and fertility. CatSper comprises the pore-forming proteins CATSPER1-4 and multiple auxiliary subunits, including CATSPERβ, γ, ...The cation channel of sperm (CatSper) is essential for sperm motility and fertility. CatSper comprises the pore-forming proteins CATSPER1-4 and multiple auxiliary subunits, including CATSPERβ, γ, δ, ε, ζ, and EFCAB9. Here we report the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the CatSper complex isolated from mouse sperm. In the extracellular view, CATSPER1-4 conform to the conventional domain-swapped voltage-gated ion channel fold, following a counterclockwise arrangement. The auxiliary subunits CATSPERβ, γ, δ and ε-each of which contains a single transmembrane segment and a large extracellular domain-constitute a pavilion-like structure that stabilizes the entire complex through interactions with CATSPER4, 1, 3 and 2, respectively. Our EM map reveals several previously uncharacterized components, exemplified by the organic anion transporter SLCO6C1. We name this channel-transporter ultracomplex the CatSpermasome. The assembly and organization details of the CatSpermasome presented here lay the foundation for the development of CatSpermasome-related treatments for male infertility and non-hormonal contraceptives. | ||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 171.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 258.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 3種, 3分子 ALI
#1: タンパク質 | 分子量: 109442.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 遺伝子: egfp, Catsper1 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#9: タンパク質 | 分子量: 79055.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#13: タンパク質 | 分子量: 26170.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-Cation channel sperm-associated protein ... , 8種, 8分子 BCDEFGHK
#2: タンパク質 | 分子量: 68651.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#3: タンパク質 | 分子量: 45533.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 51179.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 126250.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#6: タンパク質 | 分子量: 131550.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#7: タンパク質 | 分子量: 91186.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#8: タンパク質 | 分子量: 113913.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#14: タンパク質 | 分子量: 22776.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-Transmembrane protein ... , 2種, 2分子 JM
#10: タンパク質 | 分子量: 19918.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#11: タンパク質 | 分子量: 13489.028 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 N
#12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2400.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-糖 , 6種, 25分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#15: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D- ...beta-D-mannopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||||||||
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#16: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #17: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #18: 多糖 | #19: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-6)-[beta-D- ...beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-6)-[beta-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #22: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 2種, 5分子 ![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/9Z9.gif)
![](data/chem/img/9Z9.gif)
#20: 化合物 | #21: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: mouse CatSpermasome / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#14 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Homemade |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K / 詳細: blot for 8 s before plunging |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア | 名称: cryoSPARC / バージョン: v3.0 / カテゴリ: CTF補正 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 560730 / 対称性のタイプ: POINT |
精密化 | 最高解像度: 2.9 Å |