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- PDB-7ee4: Crystal structure of Neu5Ac bound PltC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ee4
タイトルCrystal structure of Neu5Ac bound PltC
要素Subtilase cytotoxin subunit B-like protein
キーワードTOXIN / typhoid toxin
機能・相同性Enterotoxin / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / Subtilase cytotoxin subunit B-like protein
機能・相同性情報
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Liu, X.Y. / Chen, Z. / Gao, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770143 中国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2022
タイトル: Molecular Insights into the Assembly and Functional Diversification of Typhoid Toxin.
著者: Liu, X. / Chen, Z. / Jiao, X. / Jiang, X. / Qiu, J. / You, F. / Long, H. / Cao, H. / Fowler, C.C. / Gao, X.
履歴
登録2021年3月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年12月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Subtilase cytotoxin subunit B-like protein
B: Subtilase cytotoxin subunit B-like protein
C: Subtilase cytotoxin subunit B-like protein
D: Subtilase cytotoxin subunit B-like protein
E: Subtilase cytotoxin subunit B-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,72811
ポリマ－69,2925
非ポリマー2,4366
水11,962664
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)189.447, 189.447, 41.526
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Space group name HallR3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#5: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#6: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#7: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#8: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#9: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
d_1ens_1
d_2ens_1
d_3ens_1
d_4ens_1
d_5ens_1

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.465476209138, -0.788485785423, 0.402022468168), (0.87172990389, 0.329899880118, -0.362288619421), (0.15303226258, 0.51909174072, 0.840907183538)-28.8759679623, -25.8525037525, 18.8246149427
2given(-0.397587797466, 0.600962707078, 0.693374190469), (-0.39119278916, -0.794569537125, 0.464357031155), (0.829995268068, -0.0866202942462, 0.551003429761)23.8444107171, -66.6108776177, -4.18913353061
3given(-0.374185284913, -0.414974512458, 0.829325947119), (0.636823213846, -0.765073205047, -0.0954944251069), (0.674122812892, 0.492401406304, 0.550544537897)-13.7811685406, -66.2006436235, 17.5393518804
4given(0.470052125526, 0.865271510915, 0.174230340893), (-0.80072732972, 0.334993290579, 0.49660370388), (0.371331041968, -0.372940622172, 0.850310854691)32.920222135, -23.9730703385, -14.610712676

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要素

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タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
Subtilase cytotoxin subunit B-like protein / PltB homolog protein


分子量: 13858.360 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 (サルモネラ菌)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A716TY65

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糖 , 3種, 4分子

#2: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 633.552 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3/a4-b1_b3-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 471.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2/a3-b2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-SIA / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / alpha-sialic acid / O-SIALIC ACID / N-アセチル-α-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H19NO9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DNeup5AcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 666分子

#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 664 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.83 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 34% PEG500MME and 0.1M sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→29.18 Å / Num. obs: 109189 / % possible obs: 99.72 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 11.15 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rrim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 43.53
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 3.4 % / Num. unique obs: 10912 / CC1/2: 0.848 / Rrim(I) all: 0.382

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WHT

5wht


解像度: 1.4→29.18 Å / SU ML: 0.1076 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 17.5091
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1718 5455 5 %
Rwork0.151 103604 -
obs0.152 109059 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 17.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→29.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4666 0 165 664 5495
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01884960
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.74816715
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1329742
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0116837
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.48511714
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.420.21661840.19273438X-RAY DIFFRACTION98.64
1.42-1.430.21122100.18863473X-RAY DIFFRACTION99.7
1.43-1.450.19841670.17883415X-RAY DIFFRACTION99.8
1.45-1.470.21131820.17493459X-RAY DIFFRACTION99.81
1.47-1.490.20511870.16813504X-RAY DIFFRACTION99.81
1.49-1.510.18781680.15763407X-RAY DIFFRACTION99.55
1.51-1.530.19331620.16313491X-RAY DIFFRACTION99.67
1.53-1.550.19312060.15523447X-RAY DIFFRACTION99.89
1.55-1.580.22571820.15683488X-RAY DIFFRACTION99.86
1.58-1.60.20431760.15173457X-RAY DIFFRACTION99.92
1.6-1.630.16261740.15133444X-RAY DIFFRACTION99.92
1.63-1.660.18482050.15273500X-RAY DIFFRACTION99.73
1.66-1.690.18531990.15383361X-RAY DIFFRACTION99.55
1.69-1.730.17341970.15873498X-RAY DIFFRACTION99.89
1.73-1.760.1661830.15413428X-RAY DIFFRACTION99.89
1.76-1.80.19091780.15133504X-RAY DIFFRACTION99.73
1.8-1.850.1641740.15513435X-RAY DIFFRACTION99.83
1.85-1.90.18891770.15293484X-RAY DIFFRACTION99.65
1.9-1.960.16311570.14693432X-RAY DIFFRACTION99.45
1.96-2.020.18091920.14763460X-RAY DIFFRACTION99.92
2.02-2.090.16861780.14813485X-RAY DIFFRACTION99.81
2.09-2.170.16871650.14773444X-RAY DIFFRACTION99.56
2.17-2.270.17941730.15273444X-RAY DIFFRACTION98.99
2.27-2.390.17721960.15393467X-RAY DIFFRACTION99.73
2.39-2.540.18211770.16353438X-RAY DIFFRACTION99.78
2.54-2.740.1761710.16413466X-RAY DIFFRACTION99.64
2.74-3.010.1561610.16083428X-RAY DIFFRACTION98.52
3.02-3.450.17051820.14793476X-RAY DIFFRACTION99.65
3.45-4.340.13741910.12293418X-RAY DIFFRACTION99.31
4.35-29.180.15522010.13743413X-RAY DIFFRACTION98.93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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