[日本語] English
万見
- PDB-7edz: Crystal Structure of human PPCS in complex with P-HoPan and AMPPNP -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7edz
タイトルCrystal Structure of human PPCS in complex with P-HoPan and AMPPNP
要素Phosphopantothenate--cysteine ligase
キーワードLIGASE / Phosphopantothenoylcysteine synthetase
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphopantothenate-cysteine ligase (ATP) / phosphopantothenate--cysteine ligase activity / Coenzyme A biosynthesis / acetyl-CoA biosynthetic process / heart process / coenzyme A biosynthetic process / protein homodimerization activity / ATP binding / identical protein binding / nucleus ...phosphopantothenate-cysteine ligase (ATP) / phosphopantothenate--cysteine ligase activity / Coenzyme A biosynthesis / acetyl-CoA biosynthetic process / heart process / coenzyme A biosynthetic process / protein homodimerization activity / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA/pantothenate metabolism flavoprotein, C-terminal / CoaB-like superfamily / DNA / pantothenate metabolism flavoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Chem-J1O / Phosphopantothenate--cysteine ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Sharma, N. / Mostert, K.J. / Strauss, E. / Anand, R.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Science & Technology (DST, India)DST/INT/SOUTH AFRICA/P-04/2014 インド
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2021
タイトル: The Coenzyme A Level Modulator Hopantenate (HoPan) Inhibits Phosphopantotenoylcysteine Synthetase Activity.
著者: Mostert, K.J. / Sharma, N. / van der Zwaag, M. / Staats, R. / Koekemoer, L. / Anand, R. / Sibon, O.C.M. / Strauss, E.
履歴
登録2021年3月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
D: Phosphopantothenate--cysteine ligase
C: Phosphopantothenate--cysteine ligase
B: Phosphopantothenate--cysteine ligase
A: Phosphopantothenate--cysteine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,84030
ポリマ－136,1404
非ポリマー4,70026
水8,161453
1
D: Phosphopantothenate--cysteine ligase
ヘテロ分子

D: Phosphopantothenate--cysteine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,33414
ポリマ－68,0702
非ポリマー2,26412
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area9700 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area25510 Å2
手法PISA
2
C: Phosphopantothenate--cysteine ligase
ヘテロ分子

C: Phosphopantothenate--cysteine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,32614
ポリマ－68,0702
非ポリマー2,25612
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area9810 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area25470 Å2
手法PISA
3
B: Phosphopantothenate--cysteine ligase
A: Phosphopantothenate--cysteine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,51016
ポリマ－68,0702
非ポリマー2,44014
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10110 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area25100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.000, 100.000, 146.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.200, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-582-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 DCBA

#1: タンパク質
Phosphopantothenate--cysteine ligase / Phosphopantothenoylcysteine synthetase / PPC synthetase


分子量: 34035.062 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPCS, COAB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9HAB8, phosphopantothenate-cysteine ligase (ATP)

-
非ポリマー , 6種, 479分子

#2: 化合物
ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-J1O / 4-[[(2R)-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-4-phosphonooxy-butanoyl]amino]butanoic acid


分子量: 313.241 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H20NO8P
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 453 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.4 %
結晶化温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Lithium Sulfate Monohydrate, 0.1 M Tris HCl, 30% PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→36.72 Å / Num. obs: 103396 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 8.9 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 10.79
反射 シェル解像度: 1.95→1.99 Å / Num. unique obs: 7572 / CC1/2: 0.928

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1P9O

1p9o


解像度: 1.95→36.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 3.574 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2062 5169 5 %RANDOM
Rwork0.1765 ---
obs0.178 98220 98.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 128.02 Å2 / Biso mean: 37.02 Å2 / Biso min: 18.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å2-0 Å2
2---0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→36.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9320 0 283 453 10056
Biso mean--41.7 36.68 -
残基数----1220
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0199906
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.029497
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1012.00213522
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4973.00221800
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.68251238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.88322.864398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.246151528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3281576
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2430.21531
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02111033
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.022247
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 382 -
Rwork0.321 7267 -
all-7649 -
obs--98.08 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る