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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ed5 | ||||||
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タイトル | A dual mechanism of action of AT-527 against SARS-CoV-2 polymerase | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / nsp12 / NiRAN / RdRp / AT-9010 / AT-527 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Replication of the SARS-CoV-2 genome / snRNP Assembly / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 5'-3' DNA helicase activity / 3'-5'-RNA exonuclease activity / SARS coronavirus main proteinase / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell endosome / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / host cell Golgi apparatus / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / DNA helicase / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / host cell endoplasmic reticulum membrane / lyase activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / viral translational frameshifting / induction by virus of host autophagy / copper ion binding / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / lipid binding / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.98 Å | ||||||
データ登録者 | Shannon, A. / Fattorini, V. / Sama, B. / Selisko, B. / Feracci, M. / Falcou, C. / Gauffre, P. / El Kazzi, P. / Delpal, A. / Decroly, E. ...Shannon, A. / Fattorini, V. / Sama, B. / Selisko, B. / Feracci, M. / Falcou, C. / Gauffre, P. / El Kazzi, P. / Delpal, A. / Decroly, E. / Alvarez, K. / Eydoux, C. / Guillemot, J.-C. / Moussa, A. / Good, S. / Colla, P. / Lin, K. / Sommadossi, J.-P. / Zhu, Y.X. / Yan, X.D. / Shi, H. / Ferron, F. / Canard, B. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: A dual mechanism of action of AT-527 against SARS-CoV-2 polymerase. 著者: Ashleigh Shannon / Véronique Fattorini / Bhawna Sama / Barbara Selisko / Mikael Feracci / Camille Falcou / Pierre Gauffre / Priscila El Kazzi / Adrien Delpal / Etienne Decroly / Karine ...著者: Ashleigh Shannon / Véronique Fattorini / Bhawna Sama / Barbara Selisko / Mikael Feracci / Camille Falcou / Pierre Gauffre / Priscila El Kazzi / Adrien Delpal / Etienne Decroly / Karine Alvarez / Cécilia Eydoux / Jean-Claude Guillemot / Adel Moussa / Steven S Good / Paolo La Colla / Kai Lin / Jean-Pierre Sommadossi / Yingxiao Zhu / Xiaodong Yan / Hui Shi / François Ferron / Bruno Canard / 要旨: The guanosine analog AT-527 represents a promising candidate against Severe Acute Respiratory Syndrome coronavirus type 2 (SARS-CoV-2). AT-527 recently entered phase III clinical trials for the ...The guanosine analog AT-527 represents a promising candidate against Severe Acute Respiratory Syndrome coronavirus type 2 (SARS-CoV-2). AT-527 recently entered phase III clinical trials for the treatment of COVID-19. Once in cells, AT-527 is converted into its triphosphate form, AT-9010, that presumably targets the viral RNA-dependent RNA polymerase (RdRp, nsp12), for incorporation into viral RNA. Here we report a 2.98 Å cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 nsp12-nsp7-nsp8-RNA complex, showing AT-9010 bound at three sites of nsp12. In the RdRp active-site, one AT-9010 is incorporated at the 3' end of the RNA product strand. Its modified ribose group (2'-fluoro, 2'-methyl) prevents correct alignment of the incoming NTP, in this case a second AT-9010, causing immediate termination of RNA synthesis. The third AT-9010 is bound to the N-terminal domain of nsp12 - known as the NiRAN. In contrast to native NTPs, AT-9010 is in a flipped orientation in the active-site, with its guanine base unexpectedly occupying a previously unnoticed cavity. AT-9010 outcompetes all native nucleotides for NiRAN binding, inhibiting its nucleotidyltransferase activity. The dual mechanism of action of AT-527 at both RdRp and NiRAN active sites represents a promising research avenue against COVID-19. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ed5.cif.gz | 274 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ed5.ent.gz | 210.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ed5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ed5_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ed5_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7ed5_validation.xml.gz | 49 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ed5_validation.cif.gz | 72.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/7ed5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/7ed5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 109911.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: rep, 1a-1b 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P0DTD1, RNA-directed RNA polymerase |
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-Non-structural protein ... , 2種, 3分子 BDC
#2: タンパク質 | 分子量: 24712.006 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: rep, 1a-1b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTD1 #3: タンパク質 | | 分子量: 12337.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: rep, 1a-1b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTD1 |
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-RNA鎖 , 2種, 2分子 IJ
#4: RNA鎖 | 分子量: 6410.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#5: RNA鎖 | 分子量: 9348.616 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 3種, 8分子
#6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.16 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | ||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 1.61 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19_4085: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 181669 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 2.98 Å | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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