PDB-7ec8: Polyethylene terephthalate hydrolyzing lipase PET2 mutant - F105R...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ec8

タイトル

Polyethylene terephthalate hydrolyzing lipase PET2 mutant - F105R-E110K

要素

LipIAF5-2

キーワード

HYDROLASE / Polyethylene terephthalate hydrolase / lipase

機能・相同性

Dienelactone hydrolase / Dienelactone hydrolase family / : / carboxylic ester hydrolase activity / Alpha/Beta hydrolase fold / LipIAF5-2

機能・相同性情報

生物種

uncultured bacterium (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Nakamura, A.

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2021
タイトル: Positive Charge Introduction on the Surface of Thermostabilized PET Hydrolase Facilitates PET Binding and Degradation.
著者: Nakamura, A.

履歴

登録	2021年3月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年7月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ec8.cif.gz	135.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ec8.ent.gz	102.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ec8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/7ec8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/7ec8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ecbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7ecb-d 7dzu-d 7dzt-1 3wyn-2 6ilx-d 5yns-d 5zrr-d 3vis-1 7ec8-2 5inm-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: LipIAF5-2

B: LipIAF5-2

ヘテロ分子

64.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: LipIAF5-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
32 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: LipIAF5-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.050, 72.490, 98.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	LipIAF5-2 分子量: 31610.246 Da / 分子数: 2 / 変異: F105R, E110K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 遺伝子: lipIAF5-2 / プラスミド: pET27b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3RYL0
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 655 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1 M ammonium sulfate in 100 mM Tris-HCl pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: AichiSR / ビームライン: BL2S1 / 波長: 1.12 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2020年10月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.12 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→33.4 Å / Num. obs: 111811 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 13.9 % / B_iso Wilson estimate: 13.19 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 23.9
反射シェル	解像度: 1.35→1.43 Å / 冗長度: 13.6 % / R_merge(I) obs: 1.24 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 17635 / CC_1/2: 0.772 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.35→33.4 Å / SU ML: 0.1685 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.3612 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1964	5588	5 %
R_work	0.1684	106188	-
obs	0.1698	111776	99.47 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→33.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4002	0	71	655	4728

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0116	4371
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1206	5962
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0943	627
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0079	787
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.6148	1573

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.35-1.36	0.4227	174	0.4043	3303	X-RAY DIFFRACTION	94.3
1.36-1.38	0.3131	183	0.3109	3477	X-RAY DIFFRACTION	98.79
1.38-1.4	0.322	184	0.2907	3488	X-RAY DIFFRACTION	98.55
1.4-1.41	0.3303	183	0.2746	3483	X-RAY DIFFRACTION	99.48
1.41-1.43	0.3009	183	0.2528	3480	X-RAY DIFFRACTION	98.89
1.43-1.45	0.2492	185	0.2321	3510	X-RAY DIFFRACTION	98.77
1.45-1.47	0.2227	184	0.2157	3497	X-RAY DIFFRACTION	99.62
1.47-1.49	0.2264	184	0.2084	3494	X-RAY DIFFRACTION	99.24
1.49-1.52	0.2379	185	0.201	3501	X-RAY DIFFRACTION	99.25
1.52-1.54	0.2315	183	0.191	3493	X-RAY DIFFRACTION	99.51
1.54-1.57	0.2388	186	0.1961	3524	X-RAY DIFFRACTION	99.81
1.57-1.6	0.2075	184	0.193	3498	X-RAY DIFFRACTION	99.51
1.6-1.63	0.2232	185	0.1835	3538	X-RAY DIFFRACTION	99.65
1.63-1.66	0.207	187	0.1871	3546	X-RAY DIFFRACTION	99.68
1.66-1.7	0.2297	185	0.1789	3515	X-RAY DIFFRACTION	99.78
1.7-1.74	0.1886	186	0.1708	3519	X-RAY DIFFRACTION	99.81
1.74-1.78	0.2117	188	0.1734	3572	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.78-1.83	0.1926	184	0.1672	3513	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.83-1.88	0.2182	187	0.167	3563	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.88-1.94	0.2089	186	0.1631	3523	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-2.01	0.2022	188	0.1591	3584	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.01-2.09	0.1963	187	0.1609	3550	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.19	0.1862	188	0.1606	3562	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.3	0.1907	188	0.1576	3586	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.3-2.45	0.1636	188	0.1492	3570	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.64	0.1858	189	0.1553	3588	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.9	0.1752	191	0.157	3624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9-3.32	0.1764	190	0.1539	3612	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-4.18	0.1689	193	0.1369	3672	X-RAY DIFFRACTION	100
4.18-33.4	0.1641	200	0.1502	3803	X-RAY DIFFRACTION	99.65

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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