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- PDB-7ebd: Bacterial STING in complex with c-di-GMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ebd
タイトルBacterial STING in complex with c-di-GMP
要素TIR-like domain-containing protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / second messenger / complex / cyclic dinucleotide / antiviral pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+ glycohydrolase / NADP+ nucleosidase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
CD-NTase-associated protein 12/Pycsar effector protein, TIR domain / CAP12/Pycsar effector protein, TIR domain / Prokaryotic STING domain / Prokaryotic STING domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-C2E / CD-NTase-associated protein 12
類似検索 - 構成要素
生物種Prevotella corporis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Ko, T.-P. / Wang, Y.-C. / Yang, C.-S. / Hou, M.-H. / Chen, Y.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Academia Sinica (Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Crystal structure and functional implication of bacterial STING.
著者: Ko, T.-P. / Wang, Y.-C. / Yang, C.-S. / Hou, M.-H. / Chen, C.-J. / Chiu, Y.-F. / Chen, Y.
履歴
登録2021年3月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TIR-like domain-containing protein
B: TIR-like domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0715
ポリマ－37,2622
非ポリマー8083
水4,666259
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3960 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area15230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.534, 86.995, 35.223
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-624-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYGLUGLUchain 'A'AA157 - 1824 - 29
12PROPROLYSLYSchain 'A'AA184 - 20131 - 48
13PROPROSERSERchain 'A'AA203 - 21350 - 60
14LEULEUGLNGLNchain 'A'AA216 - 22763 - 74
15SERSERASPASPchain 'A'AA229 - 25276 - 99
16PROPROASPASPchain 'A'AA254 - 265101 - 112
17TYRTYRGLUGLUchain 'A'AA267 - 286114 - 133
18ASNASNGLNGLNchain 'A'AA288 - 313135 - 160
29GLYGLYGLUGLUchain 'B'BB157 - 1824 - 29
210PROPROLYSLYSchain 'B'BB184 - 20131 - 48
211PROPROSERSERchain 'B'BB203 - 21350 - 60
212LEULEUGLNGLNchain 'B'BB216 - 22763 - 74
213SERSERASPASPchain 'B'BB229 - 25276 - 99
214PROPROASPASPchain 'B'BB254 - 265101 - 112
215TYRTYRGLUGLUchain 'B'BB267 - 286114 - 133
216ASNASNGLNGLNchain 'B'BB288 - 313135 - 160

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要素

#1: タンパク質 TIR-like domain-containing protein / STING


分子量: 18631.123 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Prevotella corporis (バクテリア)
遺伝子: HMPREF3226_02659
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A133PTK7
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP


分子量: 690.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.83 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, 0.2M sodium acetate trihydrate, 18% w/v polyethylene glycol 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.97836 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2020年8月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97836 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→30 Å / Num. obs: 14459 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 27.66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 22.6
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.615 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 1410 / Rpim(I) all: 0.215 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.25→21.78 Å / SU ML: 0.2162 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.777 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2487 720 4.92 %
Rwork0.1883 25305 -
obs0.1911 14413 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→21.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2532 0 54 262 2848
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00212634
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54933564
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0402404
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0028446
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.83381576
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.34 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3026 144 -
Rwork0.2748 1385 -
obs--98.37 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.462067574411-0.1078321137920.2869039138690.1123297731450.03068155693320.315527653392-0.08984289244790.254234977108-0.0688491428499-0.0275280556975-0.08815631988450.1340924108610.0259713578440.164722225639-0.21878626620.11023644582-0.02071681227830.03283873350710.075120940662-0.002426509432720.11690910669331.493729825520.8752778934-7.7942712153
20.0127148192133-0.01720537784020.002379884605150.108078625856-0.07190897910860.0467402298834-0.05950005624390.01406049807930.12140515488-0.0804208613585-0.0545545018725-0.0108393550528-0.00691908301325-0.227120671076-0.01523197009480.4490248595210.052078437319-0.0524357844680.2168220615220.08453404362010.4139742751439.179716825540.7356327994-10.2954181504
30.0391622725649-0.006149853578760.008946114683270.06073128923840.055260817850.03064826963220.0464615866829-0.1073653767490.1027591231470.0532424874825-0.00899270541354-0.1352746986220.03783323898910.03609376064450.0001968729365530.126175883982-0.0224092847844-0.008234531352220.1790252405320.01460109436710.15300345629739.66861413721.27585226573.34221429082
40.0576869958817-0.0627777596129-0.008661110822170.06764197702440.02519088334690.149892270222-0.179946653656-0.00349233633268-0.004380714007430.170574563494-0.06505873386990.0239679379217-0.145027236646-0.0705308549974-0.1740410918130.471316543533-0.0524448469081-0.02827428832540.1803614928020.001104158888360.06856526585137.696287256126.91247391510.4863307906
50.01473372548450.00826596235536-0.008637570563580.0154280768062-0.01418744740380.005129563804890.1230100031490.0191799669194-0.0602070987088-0.0926679393088-0.0157724966554-0.0906682325362-0.1193444990930.00488921952097-1.14451630041E-50.199512143675-0.00107956332489-0.01109326148070.23225947294-0.01610431219540.36651028220237.095631247234.98677364950.79270686221
60.0905686074817-0.04254025057760.0223342007110.1124855989450.2083807298890.403721272876-0.0841053120131-0.2037736837680.2077997996250.115175919091-0.00398989713710.0247452011125-0.318417544379-0.239032640222-0.04564446158990.146526109667-0.012093690784-0.03333814220680.1035278336810.03228628389570.20828638879935.502238513831.9530054162-3.89233716784
70.001749298491190.004366549037160.002405616460850.00530158544417-0.004063076551880.0143504195639-0.0503141896367-0.144970231856-0.001416853133990.0129006744260.0615315083272-0.0428982693983-0.0176817235296-0.0206840278112-0.008415044256240.08858148406220.0394682197199-0.01348850481950.1603268338520.0707013306840.12989042812728.550482039911.069768148.95619172579
8-0.0004414830596820.001415771761240.0006202469590445.0276419923E-5-0.001915388910150.000981465889411-0.034633978735-0.08390361913910.05808947270890.0161600739909-0.0197696300442-0.02143677548160.0381911498380.04254741776932.16009819196E-50.897277810199-0.00179146252062-0.06182340294960.7540130380550.1939454642270.41501278829932.97858714214.5655478005918.7451247052
90.03554384657050.006316575206610.02008486416480.0830551131630.02731319317570.0315688893125-0.0485613349343-0.309973038666-0.1226747642940.2489344096420.120458727899-0.2121679032670.1816986948180.206940107470.07108664696740.1388588765060.2318636151710.279499200552-0.012650772553-0.2140868736530.0064025050128337.82473674069.269613213090.375111665205
100.142351073530.02386036851730.04760978017830.09110952055660.03166617859680.0818435968124-0.02650218891660.0727210971201-0.164294925893-0.2939420493690.210560395889-0.128657644313-0.04857869928740.07963654996110.200343761775-0.0763212769177-0.1209592893360.2339524054020.1506390156140.104765106779-0.055815966998541.963868683821.097633581-9.4408234396
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 157 through 181 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 182 through 194 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 195 through 209 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 210 through 220 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 221 through 228 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 229 through 254 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 255 through 267 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 268 through 276 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 277 through 299 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 300 through 314 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 157 through 181 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 182 through 194 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 195 through 209 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 210 through 220 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 221 through 228 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 229 through 254 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 255 through 266 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 267 through 276 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 277 through 299 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 300 through 314 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る