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- PDB-7eaa: crystal structure of NDP52 SKICH domain in complex with RB1CC1 co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eaa
タイトルcrystal structure of NDP52 SKICH domain in complex with RB1CC1 coiled-coil domain
要素
  • Calcium-binding and coiled-coil domain-containing protein 2
  • RB1-inducible coiled-coil protein 1
キーワードPROTEIN BINDING / NDP52 SKICH / complex / RB1CC1 coiled-coil
機能・相同性
機能・相同性情報


Atg1/ULK1 kinase complex / ribophagy / glycophagy / xenophagy / phagophore assembly site membrane / autophagy of mitochondrion / pexophagy / piecemeal microautophagy of the nucleus / phagophore assembly site / positive regulation of autophagosome maturation ...Atg1/ULK1 kinase complex / ribophagy / glycophagy / xenophagy / phagophore assembly site membrane / autophagy of mitochondrion / pexophagy / piecemeal microautophagy of the nucleus / phagophore assembly site / positive regulation of autophagosome maturation / reticulophagy / Macroautophagy / autophagosome membrane / response to type II interferon / autophagosome assembly / positive regulation of cell size / viral process / protein-membrane adaptor activity / extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of autophagy / autophagosome / liver development / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of JNK cascade / PML body / autophagy / heart development / cytoplasmic vesicle / molecular adaptor activity / nuclear membrane / defense response to virus / cytoskeleton / lysosome / negative regulation of cell population proliferation / innate immune response / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / zinc ion binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SKICH domain / : / SKICH domain / CALCOCO1/2, zinc finger UBZ1-type / Zinc finger UBZ1-type profile. / Autophagy-related protein 11, C-terminal / Autophagy-related protein 11 / Autophagy-related protein 11
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium-binding and coiled-coil domain-containing protein 2 / RB1-inducible coiled-coil protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Fu, T. / Pan, L.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21672253 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21822705 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21621002 中国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Structural and biochemical advances on the recruitment of the autophagy-initiating ULK and TBK1 complexes by autophagy receptor NDP52.
著者: Fu, T. / Zhang, M. / Zhou, Z. / Wu, P. / Peng, C. / Wang, Y. / Gong, X. / Li, Y. / Wang, Y. / Xu, X. / Li, M. / Shen, L. / Pan, L.
履歴
登録2021年3月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: RB1-inducible coiled-coil protein 1
D: RB1-inducible coiled-coil protein 1
B: Calcium-binding and coiled-coil domain-containing protein 2
A: Calcium-binding and coiled-coil domain-containing protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0684
ポリマ－59,0684
非ポリマー00
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9180 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area25960 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)69.439, 69.439, 246.095
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 RB1-inducible coiled-coil protein 1 / FAK family kinase-interacting protein of 200 kDa / FIP200


分子量: 13565.216 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RB1CC1, KIAA0203, RBICC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8TDY2
#2: タンパク質 Calcium-binding and coiled-coil domain-containing protein 2 / Antigen nuclear dot 52 kDa protein / Nuclear domain 10 protein NDP52 / Nuclear domain 10 protein 52 ...Antigen nuclear dot 52 kDa protein / Nuclear domain 10 protein NDP52 / Nuclear domain 10 protein 52 / Nuclear dot protein 52


分子量: 15968.882 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CALCOCO2, NDP52 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q13137
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.65 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MgCl2, 0.1 M MES pH 6.0, 8% PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 19751 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 17.3 % / Biso Wilson estimate: 35.01 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.158 / Net I/σ(I): 23.65
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / Rmerge(I) obs: 2.815 / Num. unique obs: 1942

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5Z7A

5z7a


解像度: 2.6→46.05 Å / SU ML: 0.2967 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.8343
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2534 915 4.92 %
Rwork0.199 17698 -
obs0.2017 18613 94.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→46.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3690 0 0 67 3757
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00853757
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91015042
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051534
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0047654
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.4122301
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.720.3521870.25761616X-RAY DIFFRACTION62.2
2.72-2.890.31911200.23942589X-RAY DIFFRACTION97.73
2.89-3.120.3341520.22722584X-RAY DIFFRACTION99.93
3.12-3.430.27831310.2012651X-RAY DIFFRACTION99.86
3.43-3.930.21171430.18022672X-RAY DIFFRACTION99.93
3.93-4.950.19991340.16452719X-RAY DIFFRACTION99.76
4.95-46.050.24711480.20882867X-RAY DIFFRACTION99.21
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2954800583910.2866335052640.7758746790231.355928039422.210260474194.49936840875-0.413323581711-0.03338471936550.118919890097-0.325257451654-0.208958634520.313142348646-0.4687110921060.07022925677440.4631066401210.18826741127-0.06674446020810.05793151716880.298072518878-0.08152199810460.221192823998-13.552214631113.8962617861-17.1040439188
2-0.004339321650280.1633124996830.1775900467731.172984082231.905118959123.68478176106-0.254467115487-0.05123626547690.02792124523810.0274453832534-0.1011583235330.2218696811630.5247506811950.3016590991710.1215083807970.3471345171240.0472214251392-0.01865418958450.307639237958-0.09748154267070.339524985401-11.5110118269.67382344117-13.1334429064
31.173257480211.11669575025-2.719164284716.24078122325-3.545794558988.36491094858-0.2443459155080.06921913833780.2189731617310.2145139018890.08725016718820.03009845023280.3361247548250.06270706427540.1384772733320.362017252141-0.042610243614-0.09887267181880.552139143406-0.1056723487180.7392000076721.8755847155816.612242085636.6268334406
43.8444566339-1.999823740152.495165577959.538331904662.634807335544.006892529310.1607697354940.61143545351-0.155052390442-0.2543347648730.105594583490.205363974779-0.2671771942120.708871493721-0.1834572942750.2022316197920.05266713859630.09231685132520.396409570372-0.2051444210550.31103065818216.442627178117.84705261927.4705599925
50.194945475773-0.206964120764-0.02755707659740.9939450937450.4942609693011.823510908710.1517962472280.191325967464-0.114323912291-0.0777284685306-0.019890983776-0.0887807977351-0.02019828843130.341136047197-0.09104223459410.536590982090.232109400881-0.1465020203260.606855940287-0.6405693986240.60802550131410.675121631415.113005855119.8613301669
62.708138661760.6147036721590.256834720092.72832359111-0.8551435834532.458890056360.03928564453530.655170612106-0.337088423809-0.302046377645-0.07038968939160.4503965499880.2281525563960.307974280640.03673546220480.1066917786170.079441525584-0.0172036816620.199991878313-0.1693291378840.269507446168.2649782587622.284411700825.3668990713
72.63443368752-1.09199602993-1.152885401081.771691547880.1261833071621.49994481114-0.2411105968890.3713373395010.35325492111-0.1049968692580.0009779241693180.412753820898-0.370900301509-0.5253773478650.1991836217290.269855627091-0.0226606100237-0.220966646910.8115927971710.146560447150.780486481777-22.772959944237.512754152421.0950931418
80.329124211051-1.162624553460.6867807286584.3721820918-2.069828783261.917121686850.130767124999-0.315832922313-0.541140338738-0.23525803932-0.1265393345240.605854995963-0.361786833708-0.13707711294-0.007610830703170.8296399437460.129908167552-0.0176135033350.7347134890360.4271844806171.02579706849-16.893330215252.156703457517.5124710911
95.240437049-1.762178699780.7824333527455.106358866520.5915427367123.79471463726-0.187796001430.5162529581460.813587670549-0.3424743782540.2172461088970.572498191327-0.370977254763-0.6346303201860.003382530135950.2755672062880.00127944099917-0.1273597968470.4925168201190.03355171158890.532208938815-15.464666740137.758835377921.9916265426
105.68484499155-2.009420037710.6699319579374.299655292340.6695586399063.20346974861-0.174025803404-0.1424806164620.7248893338090.1015433189630.2302857933110.783299366915-0.0771900231828-0.7480298495580.02457678368360.1672677227320.0366547220279-0.03005392459230.6475568791920.05888107989710.532107383507-20.305004238736.311403010826.8702150291
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 1282 through 1395 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'D' and (resid 1286 through 1395 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 6 through 14 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 15 through 32 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 33 through 54 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 55 through 125 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 7 through 44 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 45 through 54 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 55 through 97 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 98 through 126 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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