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万見
- PDB-7e9y: Crystal structure of eLACCO1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7e9y
タイトルCrystal structure of eLACCO1
要素Lactate-binding periplasmic protein TTHA0766,Lactate-binding periplasmic protein TTHA0766
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / Biosensor / genetically encoded fluorescent biosensor / extracellular / L-lactate
機能・相同性
機能・相同性情報


lactate transport / tripartite ATP-independent periplasmic transporter complex / transmembrane transport / periplasmic space / calcium ion binding / protein homodimerization activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Lactate-binding periplasmic protein TTHA0766 / Solute binding protein, TakP-like / TRAP transporter solute receptor DctP / TRAP transporter solute receptor DctP superfamily / Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-2-HYDROXYPROPANOIC ACID / Lactate-binding periplasmic protein TTHA0766
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Wen, Y. / Campbell, R.E. / Lemieux, M.J. / Nasu, Y.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: A genetically encoded fluorescent biosensor for extracellular L-lactate.
著者: Nasu, Y. / Murphy-Royal, C. / Wen, Y. / Haidey, J.N. / Molina, R.S. / Aggarwal, A. / Zhang, S. / Kamijo, Y. / Paquet, M.E. / Podgorski, K. / Drobizhev, M. / Bains, J.S. / Lemieux, M.J. / ...著者: Nasu, Y. / Murphy-Royal, C. / Wen, Y. / Haidey, J.N. / Molina, R.S. / Aggarwal, A. / Zhang, S. / Kamijo, Y. / Paquet, M.E. / Podgorski, K. / Drobizhev, M. / Bains, J.S. / Lemieux, M.J. / Gordon, G.R. / Campbell, R.E.
履歴
登録2021年3月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id
改定 2.12023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lactate-binding periplasmic protein TTHA0766,Lactate-binding periplasmic protein TTHA0766
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,1883
ポリマ－70,0581
非ポリマー1302
水9,188510
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area22780 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)102.217, 104.983, 138.748
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-806-

HOH

21A-1198-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Lactate-binding periplasmic protein TTHA0766,Lactate-binding periplasmic protein TTHA0766 / ABC transporter / solute-binding protein / Extracytoplasmic solute receptor protein TTHA0766 / TRAP ...ABC transporter / solute-binding protein / Extracytoplasmic solute receptor protein TTHA0766 / TRAP transporter lactate-binding subunit P


分子量: 70058.258 Da / 分子数: 1 / 変異: I116N, I138T, K142R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア), (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: TTHA0766 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SK82
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-2OP / (2S)-2-HYDROXYPROPANOIC ACID / L-乳酸


分子量: 90.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 510 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Ammonium citrate dibasic 20% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.03 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→52.492 Å / Num. obs: 35740 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 0.986 / Net I/σ(I): 5.75
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / Num. unique obs: 3530 / CC1/2: 0.57

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ZZV, 3SG6

2zzv

3sg6


解像度: 2.25→52.492 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.185 2005 5.61 %
Rwork0.1468 33735 -
obs0.149 35740 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 107.55 Å2 / Biso mean: 23.4357 Å2 / Biso min: 5.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→52.492 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4511 0 12 510 5033
Biso mean--13.33 28.86 -
残基数----564
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.25-2.30630.20211400.15362381
2.3063-2.36870.21541450.15312385
2.3687-2.43840.21111340.14992397
2.4384-2.51710.21171470.15592357
2.5171-2.6070.22951450.14892408
2.607-2.71140.2011370.15142391
2.7114-2.83480.19741420.15712379
2.8348-2.98430.22511400.15842381
2.9843-3.17120.1861490.15172408
3.1712-3.4160.17881370.15222407
3.416-3.75970.17491400.14282418
3.7597-4.30350.16151420.12592439
4.3035-5.42110.1421510.1182441
5.4211-500.17961560.17482543

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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