PDB-7e9v: The Crystal Structure of human UMP-CMP kinase from Biortus.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7e9v

タイトル

The Crystal Structure of human UMP-CMP kinase from Biortus.

要素

UMP-CMP kinase

キーワード

TRANSFERASE / catalytic activity / cytidylate kinase activity / kinase activity / transferase activity

機能・相同性

機能・相同性情報

UMP/CMP kinase / nucleoside monophosphate kinase activity / CMP kinase activity / dCMP kinase activity / uridine kinase activity / CDP biosynthetic process / (d)CMP kinase activity / UMP kinase activity / pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / adenylate kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Wang, F. / Lin, D. / Wang, R. / Wei, X. / Shen, Z. / Wang, M.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of human UMP-CMP kinase from Biortus.
著者: Wang, F. / Lin, D. / Wang, R. / Wei, X. / Shen, Z. / Wang, M.

履歴

登録	2021年3月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年3月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7e9v.cif.gz	55.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7e9v.ent.gz	36.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7e9v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7e9v_validation.pdf.gz	439.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7e9v_full_validation.pdf.gz	440.5 KB	表示
XML形式データ	7e9v_validation.xml.gz	9.2 KB	表示
CIF形式データ	7e9v_validation.cif.gz	11.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/7e9v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/7e9v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1tevS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1o67-2 1o65-1 1o65-3 4hyf-2 1fsf-d 4xzj-d 3ney-3 5tql-1 4hyf-3 1thf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: UMP-CMP kinase

ヘテロ分子

24.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.926, 61.926, 225.397
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-316- HOH

#1: タンパク質	UMP-CMP kinase / Deoxycytidylate kinase / CK / dCMP kinase / Nucleoside-diphosphate kinase / Uridine ...Deoxycytidylate kinase / CK / dCMP kinase / Nucleoside-diphosphate kinase / Uridine monophosphate/cytidine monophosphate kinase / UMP/CMP kinase / UMP/CMPK 分子量: 24353.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CMPK1, CMK, CMPK, UCK, UMK, UMPK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P30085, UMP/CMP kinase, nucleoside-diphosphate kinase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.94 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.5M (NH4)2SO4, 0.1M Tris pH8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→48.473 Å / Num. obs: 15960 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.1 % / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 24
反射シェル	解像度: 2.1→2.16 Å / R_merge(I) obs: 0.937 / Num. unique obs: 1267

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1TEV

1tev

解像度: 2.1→48.473 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 5.099 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.172 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2497	818	5.153 %
R_work	0.205	15056	-
all	0.207	-	-
obs	-	15874	99.987 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.109 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.072 Å²	0.536 Å²	0 Å²
2-	-	1.072 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.478 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.473 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1528	0	5	32	1565

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	1553
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1477
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.636	1.646	2081
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.401	1.591	3448
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.073	5	190
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.577	23.81	84
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.218	15	307
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.241	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	198
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1710
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	301
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	309
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.175	0.2	1319
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	752
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	750
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.109	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.27	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.175	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.216	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.973	4.76	766
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.968	4.755	764
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.071	7.108	954
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.069	7.108	954
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.315	5.392	787
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.314	5.399	784
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.904	7.805	1127
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.913	7.815	1122
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.935	55.597	1700
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.9	55.482	1697

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.155	0.323	71	0.253	1065	X-RAY DIFFRACTION	100
2.155-2.213	0.283	55	0.244	1068	X-RAY DIFFRACTION	100
2.213-2.278	0.403	54	0.254	1006	X-RAY DIFFRACTION	100
2.278-2.347	0.307	58	0.24	993	X-RAY DIFFRACTION	100
2.347-2.424	0.262	51	0.21	969	X-RAY DIFFRACTION	100
2.424-2.509	0.235	42	0.213	942	X-RAY DIFFRACTION	100
2.509-2.604	0.249	40	0.222	928	X-RAY DIFFRACTION	100
2.604-2.71	0.314	41	0.215	874	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.83	0.258	52	0.208	846	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-2.968	0.272	44	0.208	810	X-RAY DIFFRACTION	100
2.968-3.128	0.362	26	0.242	790	X-RAY DIFFRACTION	100
3.128-3.317	0.285	51	0.241	715	X-RAY DIFFRACTION	100
3.317-3.545	0.293	39	0.236	697	X-RAY DIFFRACTION	100
3.545-3.827	0.234	36	0.208	663	X-RAY DIFFRACTION	100
3.827-4.19	0.189	35	0.171	604	X-RAY DIFFRACTION	100
4.19-4.682	0.215	36	0.163	556	X-RAY DIFFRACTION	100
4.682-5.399	0.238	25	0.186	504	X-RAY DIFFRACTION	100
5.399-6.596	0.189	19	0.189	446	X-RAY DIFFRACTION	100
6.596-9.258	0.217	24	0.168	352	X-RAY DIFFRACTION	100
9.258-48.473	0.199	19	0.175	228	X-RAY DIFFRACTION	99.1968

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)