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万見
- PDB-7e9b: Structural basis of HLX10 PD-1 receptor recognition, a promising ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7e9b
タイトルStructural basis of HLX10 PD-1 receptor recognition, a promising anti-PD-1 antibody clinical candidate for cancer immunotherapy
要素
  • Programmed cell death protein 1
  • heavy chain of Fab fragment of HLX10
  • light chain of Fab fragment of HLX10
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / mAb / PD-1 / PD-L-1 / Cancer / T-cell / Immunotherapy / ICI
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / negative regulation of T cell activation / B cell apoptotic process / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of immune response / negative regulation of B cell apoptotic process / humoral immune response / regulation of immune response ...negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / negative regulation of T cell activation / B cell apoptotic process / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of immune response / negative regulation of B cell apoptotic process / humoral immune response / regulation of immune response / PD-1 signaling / signaling receptor activity / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / external side of plasma membrane / apoptotic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Programmed cell death protein 1 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Programmed cell death protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Fan, S.L. / Jiang, W.D.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2021
タイトル: Structural basis of HLX10 PD-1 receptor recognition, a promising anti-PD-1 antibody clinical candidate for cancer immunotherapy.
著者: Issafras, H. / Fan, S. / Tseng, C.L. / Cheng, Y. / Lin, P. / Xiao, L. / Huang, Y.J. / Tu, C.H. / Hsiao, Y.C. / Li, M. / Chen, Y.H. / Ho, C.H. / Li, O. / Wang, Y. / Chen, S. / Ji, Z. / Zhang, ...著者: Issafras, H. / Fan, S. / Tseng, C.L. / Cheng, Y. / Lin, P. / Xiao, L. / Huang, Y.J. / Tu, C.H. / Hsiao, Y.C. / Li, M. / Chen, Y.H. / Ho, C.H. / Li, O. / Wang, Y. / Chen, S. / Ji, Z. / Zhang, E. / Mao, Y.T. / Liu, E. / Yang, S. / Jiang, W.
履歴
登録2021年3月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: heavy chain of Fab fragment of HLX10
L: light chain of Fab fragment of HLX10
C: Programmed cell death protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2063
ポリマ－59,2063
非ポリマー00
水8,809489
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5320 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area23970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.985, 45.014, 80.890
Angle α, β, γ (deg.)93.600, 102.160, 97.340
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: 抗体 heavy chain of Fab fragment of HLX10


分子量: 22834.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 light chain of Fab fragment of HLX10


分子量: 23455.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: タンパク質 Programmed cell death protein 1 / Protein PD-1 / hPD-1


分子量: 12916.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDCD1, PD1 / 発現宿主: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ) / 参照: UniProt: Q15116
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 489 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.86 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris pH 7.5 containing 23% (w/v) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9751 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9751 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.779→31.414 Å / Num. obs: 48174 / % possible obs: 94.63 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.989 / Net I/σ(I): 28.9
反射 シェル解像度: 1.779→1.84 Å / Num. unique obs: 48174 / CC1/2: 0.989

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.18_3855精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZQK

4zqk


解像度: 1.78→31.41 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 22.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2098 1999 4.15 %
Rwork0.1699 46175 -
obs0.1716 48174 94.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 88.89 Å2 / Biso mean: 32.7236 Å2 / Biso min: 14.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.78→31.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4099 0 0 486 4585
Biso mean---41.03 -
残基数----536
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.78-1.820.30961330.22873074320790
1.82-1.870.2211470.20093421356896
1.87-1.930.22321430.18423311345496
1.93-1.990.23281460.17293347349396
1.99-2.060.23981410.17573278341993
2.06-2.140.21841460.17613351349797
2.14-2.240.22171440.17693329347396
2.24-2.360.21081440.1763349349396
2.36-2.510.24131390.18133209334892
2.51-2.70.24721450.18073357350297
2.7-2.970.2421470.18383351349896
2.97-3.40.19931380.16983215335392
3.4-4.280.17921460.15193367351396
4.28-31.410.18641400.15683216335692
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.20750.68990.60653.38041.17962.1077-0.05350.08230.1496-0.1320.0057-0.0611-0.15260.0540.05940.14610.01350.02180.1710.0440.171-12.209712.9926-25.8674
22.2725-0.44851.10531.02420.10082.0664-0.0841-0.14120.03350.17820.0051-0.0976-0.00010.05830.05510.232-0.0127-0.00080.18930.03930.20974.167419.30521.1502
35.8987-1.51140.98155.5599-2.75624.6410.0603-0.14480.3610.2054-0.3239-0.92650.09060.550.27190.28360.0207-0.04180.2292-0.01750.344911.6216.95774.9688
48.696-5.76494.88697.4003-3.32294.43770.041-0.1827-0.07770.34040.01050.24810.036-0.5038-0.08570.2589-0.01530.06480.3271-0.03440.1956-21.1878-0.4636-4.4121
50.49140.0070.4472.1162-0.61032.56460.0196-0.0302-0.01440.1187-0.01780.07040.0456-0.2025-0.00050.1198-0.00110.0310.19850.01170.1796-20.1464-2.3948-13.8483
62.87960.48374.67310.16851.09328.99660.0994-0.10150.00770.3095-0.12740.1607-0.06880.2935-0.09490.3329-0.05310.02030.22890.02170.186-10.4161-0.72136.6746
71.94971.6404-0.63422.1266-1.19712.68330.00680.0669-0.05670.06370.046-0.6651-0.03980.4445-0.15110.3757-0.0141-0.0150.3153-0.04940.30254.432725.208513.1476
80.96321.1013-0.47747.77230.39190.9412-0.29090.0328-0.026-0.06330.2480.2276-0.0031-0.1856-00.44-0.0294-0.08430.27460.03530.1986-7.159615.148512.726
90.868-0.25170.10465.43281.15214.08320.0459-0.03860.0217-0.35920.0457-0.22070.0757-0.15120.00670.1689-0.0288-0.05920.22460.03190.1726-7.01913.46978.8288
101.41061.7923-0.25037.32320.17263.75130.1327-0.05250.12620.1453-0.08020.2043-0.2739-0.1784-0.0760.31340.019-0.02410.2592-0.02390.1929-5.281422.806218.1043
114.0602-0.1223-0.15552.93242.39864.25360.167-0.35110.1840.0601-0.2270.32260.1283-0.24680.05550.2262-0.015-0.00430.25340.03340.1927-27.736-12.9152-39.2596
121.91262.57561.02556.37765.32615.6214-0.041-0.0604-0.19240.0340.3069-0.37240.25790.2098-0.27810.25250.02570.04910.23550.030.2393-19.0277-10.2177-40.9943
131.67290.4850.62825.13932.49773.22940.0151-0.1164-0.26440.2127-0.15830.38560.395-0.18010.1690.2075-0.01980.00580.2360.05490.209-28.2641-16.5747-37.7879
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 1 through 112 )H1 - 112
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 113 through 178 )H113 - 178
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resid 179 through 215 )H179 - 215
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'L' and (resid 1 through 18 )L1 - 18
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'L' and (resid 19 through 101 )L19 - 101
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'L' and (resid 102 through 113 )L102 - 113
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'L' and (resid 114 through 128 )L114 - 128
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'L' and (resid 129 through 150 )L129 - 150
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'L' and (resid 151 through 174 )L151 - 174
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'L' and (resid 175 through 212 )L175 - 212
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 32 through 82 )C32 - 82
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 83 through 110 )C83 - 110
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 111 through 146 )C111 - 146

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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