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- PDB-7e9b: Structural basis of HLX10 PD-1 receptor recognition, a promising ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7e9b | ||||||
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Title | Structural basis of HLX10 PD-1 receptor recognition, a promising anti-PD-1 antibody clinical candidate for cancer immunotherapy | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / Antibody / mAb / PD-1 / PD-L-1 / Cancer / T-cell / Immunotherapy / ICI | ||||||
Function / homology | ![]() negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / B cell apoptotic process / negative regulation of immune response / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / humoral immune response / PD-1 signaling / regulation of immune response / adaptive immune response ...negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / B cell apoptotic process / negative regulation of immune response / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / humoral immune response / PD-1 signaling / regulation of immune response / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / external side of plasma membrane / apoptotic process / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fan, S.L. / Jiang, W.D. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural basis of HLX10 PD-1 receptor recognition, a promising anti-PD-1 antibody clinical candidate for cancer immunotherapy. Authors: Issafras, H. / Fan, S. / Tseng, C.L. / Cheng, Y. / Lin, P. / Xiao, L. / Huang, Y.J. / Tu, C.H. / Hsiao, Y.C. / Li, M. / Chen, Y.H. / Ho, C.H. / Li, O. / Wang, Y. / Chen, S. / Ji, Z. / Zhang, ...Authors: Issafras, H. / Fan, S. / Tseng, C.L. / Cheng, Y. / Lin, P. / Xiao, L. / Huang, Y.J. / Tu, C.H. / Hsiao, Y.C. / Li, M. / Chen, Y.H. / Ho, C.H. / Li, O. / Wang, Y. / Chen, S. / Ji, Z. / Zhang, E. / Mao, Y.T. / Liu, E. / Yang, S. / Jiang, W. | ||||||
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Data in CIF | ![]() | 37.9 KB | Display | |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4zqkS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Antibody | Mass: 22834.482 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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#2: Antibody | Mass: 23455.074 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
#3: Protein | Mass: 12916.412 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46.86 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.1 M Tris pH 7.5 containing 23% (w/v) PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 21, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9751 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.779→31.414 Å / Num. obs: 48174 / % possible obs: 94.63 % / Redundancy: 7.1 % / CC1/2: 0.989 / Net I/σ(I): 28.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.779→1.84 Å / Num. unique obs: 48174 / CC1/2: 0.989 |
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4ZQK Resolution: 1.78→31.41 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / Phase error: 22.27 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 88.89 Å2 / Biso mean: 32.7236 Å2 / Biso min: 14.05 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.78→31.41 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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