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- PDB-7e9a: Crystal structure of KPC-2 in complex with (S)-2-(1-hydroxy-1,3-d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7e9a
タイトルCrystal structure of KPC-2 in complex with (S)-2-(1-hydroxy-1,3-dihydrobenzo[c][1,2]oxaborol-3-yl)acrylic acid (4a-(S))
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / Beta-lactamase / Serine-beta-lactamase KPC-2 / KPC-2 / Carbapenemase
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Chem-J00 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Li, G.-B. / Yan, Y.-H.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81874291 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81502989 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82073698 中国
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2021
タイトル: Design and enantioselective synthesis of 3-( alpha-acrylic acid) benzoxaboroles to combat carbapenemase resistance.
著者: Xiao, Y.C. / Chen, X.P. / Deng, J. / Yan, Y.H. / Zhu, K.R. / Li, G. / Yu, J.L. / Brem, J. / Chen, F. / Schofield, C.J. / Li, G.B.
履歴
登録2021年3月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月11日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / database_2
Item: _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22021年8月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
C: Beta-lactamase
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,92827
ポリマ－112,3184
非ポリマー2,61023
水6,630368
1
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7267
ポリマ－28,0801
非ポリマー6466
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10930 Å2
手法PISA
2
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8007
ポリマ－28,0801
非ポリマー7216
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area250 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area10610 Å2
手法PISA
3
C: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8608
ポリマ－28,0801
非ポリマー7817
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10930 Å2
手法PISA
4
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5425
ポリマ－28,0801
非ポリマー4624
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area220 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area10630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)165.421, 165.421, 94.860
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Beta-lactamase / Serine-Beta-Lactamase KPC-2


分子量: 28079.584 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Klebsiella pneumoniae / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaKPC2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93LQ9, beta-lactamase

-
非ポリマー , 5種, 391分子

#2: 化合物
ChemComp-J00 / 2-[(3S)-1-oxidanyl-3H-2,1-benzoxaborol-3-yl]prop-2-enoic acid / (S)-2-(1-hydroxy-1,3-dihydrobenzo[c][1,2]oxaborol-3-yl)acrylic acid


分子量: 203.987 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H9BO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID


分子量: 60.052 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 368 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 32-35% PEG 8000, 0.1M lithium sulphate, 0.05M sodium acetate (pH 4.5)

-
データ収集

回折平均測定温度: 195 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X CdTe 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 70988 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.9 % / Biso Wilson estimate: 30.48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.239 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.245 / Χ2: 1.059 / Net I/σ(I): 3.6 / Num. measured all: 1412966
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2
2.25-2.2916.51.70135160.6510.431.7560.923
2.29-2.3317.21.48835420.7170.3691.5330.934
2.33-2.38201.43234960.8090.3271.470.972
2.38-2.4220.61.30835160.8240.2931.340.986
2.42-2.4820.71.0835480.8630.2421.1070.965
2.48-2.5320.70.93834800.8830.210.9620.981
2.53-2.620.40.80135150.9080.1810.8220.983
2.6-2.6720.20.69235410.9370.1570.711.004
2.67-2.7519.80.58835340.9510.1350.6031.031
2.75-2.8318.20.4935270.9530.1170.5040.984
2.83-2.9420.80.46735330.9590.1040.4781.071
2.94-3.0520.90.40835220.970.0910.4181.095
3.05-3.1920.80.30835490.9840.0690.3161.143
3.19-3.3620.80.24435460.9890.0550.2511.165
3.36-3.5720.20.19335350.990.0440.1981.189
3.57-3.8519.50.16235730.9930.0370.1661.144
3.85-4.2321.30.13935750.9950.0310.1421.098
4.23-4.8520.60.13335890.9940.030.1371.175
4.85-6.119.40.12636140.990.0290.131.074
6.1-5019.30.137370.9920.0240.1031.205

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation7.44 Å47.43 Å
Translation7.44 Å47.43 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6JN3

6jn3


解像度: 2.25→47.43 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.221 2004 2.95 %
Rwork0.1804 65843 -
obs0.1816 67847 95.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 175.36 Å2 / Biso mean: 34.8114 Å2 / Biso min: 10.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→47.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7845 0 178 368 8391
Biso mean--37.58 34.25 -
残基数----1055
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0128171
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.24111097
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0651248
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071444
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3334816
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2501-2.30640.279810.2012274256
2.3064-2.36880.28161260.2193411584
2.3688-2.43850.25181440.2191483399
2.4385-2.51720.24271450.20264858100
2.5172-2.60710.27161500.19224891100
2.6071-2.71150.23971510.18864900100
2.7115-2.83490.24421520.18694872100
2.8349-2.98430.26511480.20264925100
2.9843-3.17130.24611490.20224900100
3.1713-3.4160.2421480.19084916100
3.416-3.75970.19241520.16894929100
3.7597-4.30340.18731540.15084937100
4.3034-5.42060.16781530.14934973100
5.4206-47.430.22541510.1855505298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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