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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7e7h | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of a pseudooxynicotine amine oxidase Pnao from Pseudomonas putida S16 | ||||||
![]() | Amino_oxidase domain-containing protein | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / amine oxidase | ||||||
機能・相同性 | Flavin amine oxidase / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / oxidoreductase activity / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / TRIETHYLENE GLYCOL / Amino_oxidase domain-containing protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tang, H.Z. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of a pseudooxynicotine amine oxidase Pnao from Pseudomonas putida S16 著者: Tang, H.Z. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 199.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 152.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 971.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 980.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 37.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 54.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6c71S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52489.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.96 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2 M Lithium sulfate, 25 % PEG 3350, BIS-TRIS ph 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 51082 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.9 % / Biso Wilson estimate: 30.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.187 / Rpim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 18.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.24 Å / Rmerge(I) obs: 0.643 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique obs: 2538 / Rpim(I) all: 0.223 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6C71 解像度: 2.2→34.83 Å / SU ML: 0.2026 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.5172 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.27 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→34.83 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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