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- PDB-7e7f: Human CYP11B1 mutant in complex with metyrapone -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7e7f
タイトルHuman CYP11B1 mutant in complex with metyrapone
要素Cytochrome P450 11B1, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / P450
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective CYP11B1 causes AH4 / steroid 11beta-monooxygenase / steroid 11-beta-monooxygenase activity / corticosterone 18-monooxygenase activity / cortisol metabolic process / aldosterone biosynthetic process / cortisol biosynthetic process / glucocorticoid biosynthetic process / Glucocorticoid biosynthesis / sterol metabolic process ...Defective CYP11B1 causes AH4 / steroid 11beta-monooxygenase / steroid 11-beta-monooxygenase activity / corticosterone 18-monooxygenase activity / cortisol metabolic process / aldosterone biosynthetic process / cortisol biosynthetic process / glucocorticoid biosynthetic process / Glucocorticoid biosynthesis / sterol metabolic process / cellular response to potassium ion / C21-steroid hormone biosynthetic process / cellular response to peptide hormone stimulus / Endogenous sterols / cellular response to hormone stimulus / cholesterol metabolic process / regulation of blood pressure / glucose homeostasis / mitochondrial inner membrane / iron ion binding / immune response / heme binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, mitochondrial / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLIC ACID / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / METYRAPONE / Cytochrome P450 11B1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
Model detailsMitocondrial cytochrome P450 11B1
データ登録者Mukai, K. / Sugimoto, H. / Reiko, S. / Matsuura, T. / Hishiki, T. / Kagawa, N.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)26461387 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)17K09890 日本
引用ジャーナル: Curr Res Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Spatially restricted substrate-binding site of cortisol-synthesizing CYP11B1 limits multiple hydroxylations and hinders aldosterone synthesis.
著者: Mukai, K. / Sugimoto, H. / Kamiya, K. / Suzuki, R. / Matsuura, T. / Hishiki, T. / Shimada, H. / Shiro, Y. / Suematsu, M. / Kagawa, N.
履歴
登録2021年2月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年1月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 11B1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6657
ポリマ－55,8211
非ポリマー1,8446
水7,530418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1130 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area21690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.180, 84.600, 85.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cytochrome P450 11B1, mitochondrial / CYPXIB1 / Cytochrome P-450c11 / Cytochrome P450C11 / Steroid 11-beta-hydroxylase / CYP11B1


分子量: 55821.336 Da / 分子数: 1 / 断片: heme binding protein / 変異: W49R,L50N,W53R,W56R,L244N,W247N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP11B1, S11BH / プラスミド: pET-17b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P15538, steroid 11beta-monooxygenase

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非ポリマー , 5種, 424分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-MYT / METYRAPONE / メチラポン


分子量: 226.274 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H14N2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CHD / CHOLIC ACID / コ-ル酸


分子量: 408.571 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H40O5
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 418 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.56 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 100mM potassium phosphate, 150mM NaCl, 4% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月14日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→47.02 Å / Num. obs: 105301 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 17.249 % / Biso Wilson estimate: 30.218 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rrim(I) all: 0.046 / Χ2: 1.036 / Net I/σ(I): 29.34 / Num. measured all: 1816384 / Scaling rejects: 2235
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.4-1.4814.3941.1342.1621270716414147770.7631.17490
1.48-1.5918.0520.5825.1830891217469171120.9540.59998
1.59-1.7117.6350.3029.6924876614342141060.9870.31198.4
1.71-1.8818.250.15418.5626307414581144150.9970.15898.9
1.88-2.117.6230.0833.1121921712543124390.9990.08299.2
2.1-2.4217.8720.05251.2619759811106110560.9990.05399.5
2.42-2.9617.7420.0466.171692039557953710.04199.8
2.96-4.1816.8420.03378.981268367537753110.03499.9
4.18-47.0216.190.03383.2170071433543280.9990.03499.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALENov 11,2017データスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
ARP/wARP7.6データ削減
PHASER2.7.17位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DVQ

4dvq


解像度: 1.4→47.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / SU B: 1.969 / SU ML: 0.034 / SU R Cruickshank DPI: 0.0544 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.049 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1634 5230 5 %RANDOM
Rwork0.1397 ---
obs0.1409 100071 97.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 91.91 Å2 / Biso mean: 28.886 Å2 / Biso min: 15.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.24 Å20 Å20 Å2
2--0.58 Å2-0 Å2
3----0.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→47.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3812 0 130 418 4360
Biso mean--27.88 41.74 -
残基数----472
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0134136
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0173888
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.531.6615649
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4051.5729004
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9895494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.19820.377239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.91115697
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.241542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2517
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024571
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02941
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.50138024
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 331 -
Rwork0.288 6328 -
all-6659 -
obs--84.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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