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- PDB-4dvq: Structure of human aldosterone synthase, CYP11B2, in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dvq
タイトルStructure of human aldosterone synthase, CYP11B2, in complex with deoxycorticosterone
要素Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / cytochrome P450 / CYP11B2 / Aldosterone synthase / monooxygenase / heme protein / mineralocorticoid / corticosteroid / mitochondria / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


corticosterone 18-monooxygenase / regulation of blood volume by renal aldosterone / Defective CYP11B2 causes CMO-1 deficiency / steroid 11beta-monooxygenase / steroid 11-beta-monooxygenase activity / mineralocorticoid biosynthetic process / corticosterone 18-monooxygenase activity / cortisol metabolic process / aldosterone biosynthetic process / cortisol biosynthetic process ...corticosterone 18-monooxygenase / regulation of blood volume by renal aldosterone / Defective CYP11B2 causes CMO-1 deficiency / steroid 11beta-monooxygenase / steroid 11-beta-monooxygenase activity / mineralocorticoid biosynthetic process / corticosterone 18-monooxygenase activity / cortisol metabolic process / aldosterone biosynthetic process / cortisol biosynthetic process / Mineralocorticoid biosynthesis / glucocorticoid biosynthetic process / Glucocorticoid biosynthesis / sodium ion homeostasis / sterol metabolic process / C21-steroid hormone biosynthetic process / cellular response to potassium ion / steroid hydroxylase activity / potassium ion homeostasis / cellular response to peptide hormone stimulus / Endogenous sterols / renal water homeostasis / cellular response to hormone stimulus / cholesterol metabolic process / mitochondrial inner membrane / iron ion binding / heme binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, mitochondrial / : / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DESOXYCORTICOSTERONE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Strushkevich, N. / Shen, L. / Tempel, W. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Usanov, S.A. / Park, H.-W.
引用ジャーナル: Mol.Endocrinol. / 年: 2013
タイトル: Structural insights into aldosterone synthase substrate specificity and targeted inhibition.
著者: Strushkevich, N. / Gilep, A.A. / Shen, L. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Usanov, S.A. / Park, H.W.
履歴
登録2012年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月13日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
B: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
C: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
D: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
E: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
F: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
G: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
H: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
I: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
J: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
K: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
L: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)680,02245
ポリマ－667,79412
非ポリマー12,22833
水4,684260
1
A: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
B: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
C: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
D: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
E: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
F: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)340,15524
ポリマ－333,8976
非ポリマー6,25818
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24100 Å2
ΔGint-199 kcal/mol
Surface area106890 Å2
手法PISA
2
G: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
H: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
I: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
J: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
K: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
L: Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)339,86721
ポリマ－333,8976
非ポリマー5,97015
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24520 Å2
ΔGint-188 kcal/mol
Surface area106590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.347, 199.629, 150.153
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.18, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Cytochrome P450 11B2, mitochondrial / Aldosterone synthase / ALDOS / Aldosterone-synthesizing enzyme / CYPXIB2 / Cytochrome P-450Aldo / ...Aldosterone synthase / ALDOS / Aldosterone-synthesizing enzyme / CYPXIB2 / Cytochrome P-450Aldo / Cytochrome P-450C18 / Steroid 18-hydroxylase


分子量: 55649.500 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Aldosterone synthase, CYP11B2 / プラスミド: pCW / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5a
参照: UniProt: P19099, steroid 11beta-monooxygenase, corticosterone 18-monooxygenase
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-1CA / DESOXYCORTICOSTERONE / 4-PREGNEN-21-OL-3,20-DIONE / DOC / 21-HYDROXYPROGESTERONE / デオキシコルチコステロン


分子量: 330.461 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30O3 / コメント: ホルモン*YM
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.2 %
結晶化温度: 298 K / pH: 8.5
詳細: 6% PEG 4000, 0.1M Tris, pH 8.5, 0.2M Lithium sulfate, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
XDSdataset1001
11
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
XDSdataset
シンクロトロンCLSI 08ID-110.97949
検出器
タイプID検出器日付
XDSdataset
RAYONIX MX-3001CCD2012年1月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→48.55 Å / Num. obs: 245749 / % possible obs: 99.21 % / 冗長度: 4.24 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 12.7435
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.49-2.6240.94195.08
2.62-2.784.190.67199.79
2.78-2.984.240.4199.95
2.98-3.214.30.23199.97
3.21-3.524.330.13199.97
3.52-3.944.320.07199.97
3.94-4.554.310.04199.97
4.55-5.574.30.04199.98
5.57-7.874.280.03199.95
7.87-48.554.20.02199.51

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALACCP4_3.3.9データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.49→48.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 10.859 / SU ML: 0.24 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 12220 4.973 %
Rwork0.204 --
obs0.207 245706 99.2 %
溶媒の処理溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 45.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.336 Å20 Å20.579 Å2
2--0.565 Å20 Å2
3----0.464 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→48.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数45085 0 849 260 46194
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0247254
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0232605
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3192.00564368
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.886378990
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.89955526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.08122.8632183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.844157953
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4815384
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.27000
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02151416
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.029936
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7391.527816
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.452244974
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.295319403
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7844.519341
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.49→2.56 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.378 838 -
Rwork0.328 15486 -
obs--90.31 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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