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- PDB-7e6g: Crystal structure of diguanylate cyclase SiaD in complex with its... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7e6g
タイトルCrystal structure of diguanylate cyclase SiaD in complex with its activator SiaC from Pseudomonas aeruginosa
要素
  • DUF1987 domain-containing protein
  • Putative GGDEF domain protein
キーワードDE NOVO PROTEIN / diguanylate cyclase / activation / Pseudomonas aeruginosa / BIOSYNTHETIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


diguanylate cyclase / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
SiaC family regulatory phosphoprotein / SiaC family regulatory phosphoprotein / : / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain ...SiaC family regulatory phosphoprotein / SiaC family regulatory phosphoprotein / : / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / diguanylate cyclase / Biofilm formation regulator SiaD modulator protein SiaC
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Zhou, J.S. / Zhang, L. / Zhang, L.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21722802 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)91853118 中国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: Structural basis for diguanylate cyclase activation by its binding partner in Pseudomonas aeruginosa .
著者: Chen, G. / Zhou, J. / Zuo, Y. / Huo, W. / Peng, J. / Li, M. / Zhang, Y. / Wang, T. / Zhang, L. / Zhang, L. / Liang, H.
履歴
登録2021年2月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative GGDEF domain protein
B: Putative GGDEF domain protein
C: DUF1987 domain-containing protein
D: DUF1987 domain-containing protein
E: DUF1987 domain-containing protein
F: DUF1987 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,3428
ポリマ－121,7976
非ポリマー5462
水3,549197
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15610 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area49070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.525, 236.728, 148.627
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Putative GGDEF domain protein / Response regulator PleD


分子量: 31587.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: pleD_3, pleD_1, pleD_4, NCTC12951_03415, NCTC13437_04900, NCTC13621_04785, PAMH19_0165, RW109_RW109_00771
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A069QEY1
#2: タンパク質
DUF1987 domain-containing protein / SiaC


分子量: 14655.237 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A072ZHB4
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-G2P / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / GMPCPP


分子量: 521.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: GMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.72 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.01 M Spermidine trihydrochloride and 15% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 40897 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 13.3 % / CC1/2: 0.982 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.65→2.74 Å / Num. unique obs: 4204 / CC1/2: 0.588

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3I5A

3i5a


解像度: 2.65→46.295 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2646 2087 5.1 %
Rwork0.2177 38810 -
obs0.2201 40897 95.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 132.86 Å2 / Biso mean: 55.2951 Å2 / Biso min: 11.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.65→46.295 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8233 0 33 197 8463
Biso mean--52.17 42.15 -
残基数----1016
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.65-2.71130.3441970.3125169064
2.7113-2.7790.35661210.2857235987
2.779-2.85420.36571260.2859243491
2.8542-2.93810.31171530.284261299
2.9381-3.0330.32311270.2741266799
3.033-3.14130.36881380.259267599
3.1413-3.26710.29721570.24522630100
3.2671-3.41570.30691470.22342683100
3.4157-3.59580.25941230.23172728100
3.5958-3.82090.24811490.2093264699
3.8209-4.11580.23451470.19422707100
4.1158-4.52970.23141470.18122714100
4.5297-5.18440.23141360.17742740100
5.1844-6.52880.25671540.2222269098
6.5288-46.2950.20511650.1817283599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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