[日本語] English
万見
- PDB-7e5y: Molecular basis for neutralizing antibody 2B11 targeting SARS-CoV... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7e5y
タイトルMolecular basis for neutralizing antibody 2B11 targeting SARS-CoV-2 RBD
要素
  • 2B11 Fab Heavy chain
  • 2B11 Fab Light chain
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN / Complex / Antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.59 Å
データ登録者Wu, H. / Yu, F. / Wang, Q.S. / Zhou, H. / Wang, W.W. / Zhao, T. / Pan, Y.B. / Yang, X.M.
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2021
タイトル: Screening of potent neutralizing antibodies against SARS-CoV-2 using convalescent patients-derived phage-display libraries.
著者: Pan, Y. / Du, J. / Liu, J. / Wu, H. / Gui, F. / Zhang, N. / Deng, X. / Song, G. / Li, Y. / Lu, J. / Wu, X. / Zhan, S. / Jing, Z. / Wang, J. / Yang, Y. / Liu, J. / Chen, Y. / Chen, Q. / Zhang, ...著者: Pan, Y. / Du, J. / Liu, J. / Wu, H. / Gui, F. / Zhang, N. / Deng, X. / Song, G. / Li, Y. / Lu, J. / Wu, X. / Zhan, S. / Jing, Z. / Wang, J. / Yang, Y. / Liu, J. / Chen, Y. / Chen, Q. / Zhang, H. / Hu, H. / Duan, K. / Wang, M. / Wang, Q. / Yang, X.
履歴
登録2021年2月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
R: Spike protein S1
L: 2B11 Fab Light chain
H: 2B11 Fab Heavy chain
A: Spike protein S1
B: 2B11 Fab Light chain
C: 2B11 Fab Heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,0396
ポリマ－144,0396
非ポリマー00
水00
1
R: Spike protein S1
L: 2B11 Fab Light chain
H: 2B11 Fab Heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,0193
ポリマ－72,0193
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5510 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area26830 Å2
手法PISA
2
A: Spike protein S1
B: 2B11 Fab Light chain
C: 2B11 Fab Heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,0193
ポリマ－72,0193
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5350 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area26790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.760, 152.600, 177.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質 Spike protein S1 / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein


分子量: 25122.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#2: 抗体 2B11 Fab Light chain


分子量: 23573.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 2B11 Fab Heavy chain


分子量: 23323.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.29 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 12% w/v PEG 8000, and 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.59→51.33 Å / Num. obs: 24257 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.158 / Net I/σ(I): 10.9 / Num. measured all: 238965
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.59-3.68101.3491764817660.8040.4441.4211.899.9
16.06-51.335.80.05117032930.9990.020.05616.893.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7C01

7c01


解像度: 3.59→18.68 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2765 1137 4.73 %
Rwork0.2317 22894 -
obs0.2338 24031 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 340.38 Å2 / Biso mean: 162.9663 Å2 / Biso min: 75.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.59→18.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9297 0 0 0 9297
残基数----1215
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
3.59-3.750.40381270.36728212948
3.75-3.950.35081280.314728522980
3.95-4.190.30461570.268528032960
4.19-4.510.27791340.214128602994
4.51-4.960.22611360.204428502986
4.96-5.660.25341740.219528413015
5.66-7.070.30581520.263528763028
7.07-18.680.25531290.194329913120
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.1015-0.19122.71528.3906-0.62872.82911.6619-1.04860.216-0.6344-2.2467-1.68040.38680.38530.49330.9861-0.05230.31821.69150.10361.981776.258422.8058-12.8106
22.76882.12653.17555.94314.80944.6281-1.91591.18810.4688-0.31560.4528-0.9753-1.47910.64521.09661.6761-0.514-0.10571.5410.02062.306470.67732.6924-4.2309
34.39321.35991.66549.09930.38352.7033-0.00850.52580.2332-0.5936-0.1521-1.16410.60180.55910.12651.029-0.01740.14151.27980.1441.239459.381212.6579-15.3577
43.15912.05031.37268.29070.76463.84010.58051.12930.5382-0.07060.7605-0.85151.91071.34380.5160.1928-0.48230.49621.50120.40831.523864.124224.3681-16.3689
50.3147-0.6521-0.88215.50143.44466.4242-0.75920.62640.3363-0.17990.62390.7199-0.00880.73020.33411.1799-0.15190.01221.2410.10080.984434.261419.1345-31.6876
61.68630.41670.026.33970.23087.4426-0.2513-0.49020.0489-1.6718-0.05880.33671.4959-0.42690.25561.5337-0.0884-0.09771.12320.00420.96435.18199.158-32.9342
74.45430.12040.42423.6453-1.2712.5587-0.5490.0614-0.2995-0.33570.35850.1774-1.0896-0.7874-0.03211.18430.04160.07011.10260.04751.086628.923313.4405-27.7613
80.40060.1181-0.21643.8990.87620.63330.35390.3829-1.1367-0.9524-0.50190.81130.5522-0.98320.26641.2786-0.0802-0.69771.84450.31422.06331.0615-1.4594-24.4903
91.9720.14313.21370.17680.07225.59190.87031.188-1.8549-1.9295-0.2241-0.49690.7418-0.14410.50582.63160.0649-0.66932.1720.91112.297-9.50917.2094-27.4104
100.4877-1.05221.19574.13450.04644.48440.9222-0.38830.0965-2.3864-0.48511.01150.9849-0.0661-0.37082.13260.2635-0.78911.73170.05881.9124-0.20652.305-26.9453
116.28541.981-2.8956.0853-2.10798.90950.1757-0.3167-0.4049-0.1626-0.27220.0542-0.6016-0.05840.07750.80450.061-0.0760.9165-0.04160.784935.23647.5884-9.2758
129.4613-4.6516-2.33634.8004-0.69455.346-0.8388-0.41130.46260.51850.3875-1.03391.20420.03810.131.0719-0.0863-0.00410.9856-0.06581.126735.30596.6472-9.5861
138.81241.82921.24242.6641-0.90271.29531.21840.87790.4738-0.5925-0.56030.75610.6824-1.07390.57850.86910.13260.00731.08820.1881.066221.27653.3703-10.7794
145.86310.0069-2.28964.63370.3645.2182-0.1993-0.2711-0.3727-0.7139-0.08520.50131.0638-0.43330.17281.1385-0.0882-0.21741.25830.0271.34839.2595-8.5615-16.841
154.9805-5.8846-0.14866.75960.4065-0.06450.232-0.9501-0.7774-2.1361-0.7401-1.53392.66910.65010.61842.63830.56540.25051.67940.26581.123647.2885-8.8733-43.0157
164.74950.20621.66421.35861.7872.2194-0.32990.1238-2.06290.27171.5386-0.84650.51160.6001-1.51573.32170.8189-0.09341.5161-0.03851.965456.0034-15.8518-51.3947
171.0225-0.47390.03433.39270.97752.4147-0.52070.1554-0.3537-0.7740.23770.06391.13370.41580.20422.39650.13130.07351.1850.1081.020444.77463.9775-51.6313
185.8741-0.64040.4714.85561.70872.17820.0727-0.87010.09350.69930.24730.31960.8892-0.5545-0.6271.7696-0.14640.10531.34450.13681.157625.410415.8219-70.0114
191.7872-0.34951.54033.63520.05947.72380.36-0.5322-0.61870.27490.19080.49020.4105-0.548-0.60061.3813-0.25540.14281.15690.16761.225624.753919.7561-80.6649
202.8326-0.4880.14423.4251-0.98558.33180.1081-0.4642-0.8705-0.4254-0.15590.13360.1333-0.31430.2962.0418-0.31780.30861.39530.18921.430424.78318.7511-97.2094
217.94083.3654-2.32684.634-0.51778.713-0.0382-0.30910.47920.198-1.0786-0.07640.64931.97720.15231.46930.0631-0.02330.95220.34191.08747.254929.2972-69.2114
229.06682.1892-0.73318.0572-0.22432.38940.2581.4417-0.3692-0.7239-0.744-0.82110.3011.80.69391.37760.09520.25341.64250.06110.92743.856717.9545-71.899
235.97381.8917-3.24486.3430.37787.64330.64340.27280.53770.00810.0033-1.0664-0.08351.2020.40331.32420.04690.03421.58020.15851.181549.634524.1324-73.4538
243.44291.22411.39843.7572-4.86488.6919-0.323-0.0035-0.368-0.1707-0.0255-0.0321-1.37970.52130.44691.57150.2440.19960.7319-0.28021.116533.81128.3863-88.2302
256.6793-1.0351.7975.7243-3.42127.19990.6787-0.53630.18511.2913-0.44480.3487-1.3454-0.47470.38372.1617-0.29720.31081.2544-0.10991.137929.083637.5876-99.0322
263.8301-1.75152.767.1708-2.58128.72021.0462.5516-2.21060.5622-1.31621.31762.31872.3030.33161.6173-0.07740.27361.61930.01481.271328.956330.6849-99.8867
274.4581-1.43450.03086.9999-1.68068.0328-0.5476-0.82261.083-0.6146-0.70361.09290.0535-0.33410.35921.3433-0.3003-0.13711.248-0.14181.073429.261940.1649-107.6905
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'R' and (resid 333 through 364 )R333 - 364
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'R' and (resid 365 through 394 )R365 - 394
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'R' and (resid 395 through 494 )R395 - 494
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'R' and (resid 495 through 526 )R495 - 526
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'L' and (resid 2 through 34 )L2 - 34
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'L' and (resid 35 through 86 )L35 - 86
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'L' and (resid 87 through 118 )L87 - 118
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'L' and (resid 119 through 150 )L119 - 150
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'L' and (resid 151 through 160 )L151 - 160
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'L' and (resid 161 through 210 )L161 - 210
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'H' and (resid 2 through 71 )H2 - 71
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'H' and (resid 72 through 104 )H72 - 104
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'H' and (resid 105 through 126 )H105 - 126
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'H' and (resid 127 through 218 )H127 - 218
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 333 through 355 )A333 - 355
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 356 through 394 )A356 - 394
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 395 through 526 )A395 - 526
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 2 through 54 )B2 - 54
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 55 through 141 )B55 - 141
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 142 through 214 )B142 - 214
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 2 through 33 )C2 - 33
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 34 through 63 )C34 - 63
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 64 through 96 )C64 - 96
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 97 through 146 )C97 - 146
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 147 through 171 )C147 - 171
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 172 through 193 )C172 - 193
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 194 through 218 )C194 - 218

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る