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Yorodumi- PDB-7e5y: Molecular basis for neutralizing antibody 2B11 targeting SARS-CoV... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7e5y | ||||||
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Title | Molecular basis for neutralizing antibody 2B11 targeting SARS-CoV-2 RBD | ||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN / Complex / Antibody | ||||||
Function / homology | Function and homology information Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.59 Å | ||||||
Authors | Wu, H. / Yu, F. / Wang, Q.S. / Zhou, H. / Wang, W.W. / Zhao, T. / Pan, Y.B. / Yang, X.M. | ||||||
Citation | Journal: Cell Discov / Year: 2021 Title: Screening of potent neutralizing antibodies against SARS-CoV-2 using convalescent patients-derived phage-display libraries. Authors: Pan, Y. / Du, J. / Liu, J. / Wu, H. / Gui, F. / Zhang, N. / Deng, X. / Song, G. / Li, Y. / Lu, J. / Wu, X. / Zhan, S. / Jing, Z. / Wang, J. / Yang, Y. / Liu, J. / Chen, Y. / Chen, Q. / ...Authors: Pan, Y. / Du, J. / Liu, J. / Wu, H. / Gui, F. / Zhang, N. / Deng, X. / Song, G. / Li, Y. / Lu, J. / Wu, X. / Zhan, S. / Jing, Z. / Wang, J. / Yang, Y. / Liu, J. / Chen, Y. / Chen, Q. / Zhang, H. / Hu, H. / Duan, K. / Wang, M. / Wang, Q. / Yang, X. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7e5y.cif.gz | 493.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7e5y.ent.gz | 411.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7e5y.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7e5y_validation.pdf.gz | 471.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7e5y_full_validation.pdf.gz | 503.8 KB | Display | |
Data in XML | 7e5y_validation.xml.gz | 46.8 KB | Display | |
Data in CIF | 7e5y_validation.cif.gz | 63.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/7e5y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/7e5y | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7c01S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 25122.336 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Gene: S, 2 / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: P0DTC2 #2: Antibody | Mass: 23573.961 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) #3: Antibody | Mass: 23323.074 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.54 Å3/Da / Density % sol: 65.29 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2 M ammonium sulfate, 12% w/v PEG 8000, and 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U1 / Wavelength: 0.979 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Dec 7, 2020 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.59→51.33 Å / Num. obs: 24257 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 9.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.158 / Net I/σ(I): 10.9 / Num. measured all: 238965 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7C01 Resolution: 3.59→18.68 Å / SU ML: 0.47 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 34.54 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 340.38 Å2 / Biso mean: 162.9663 Å2 / Biso min: 75.46 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.59→18.68 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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