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万見
- PDB-7e57: Crystal structure of murine GITR-GITRL complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7.0E+57
タイトルCrystal structure of murine GITR-GITRL complex
要素
  • Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18
  • Tumor necrosis factor receptor superfamily member 18
キーワードIMMUNE SYSTEM / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of dendritic cell chemotaxis / negative regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / TNFs bind their physiological receptors / tumor necrosis factor receptor superfamily binding / tumor necrosis factor receptor activity / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of monocyte chemotaxis / regulation of T cell proliferation / positive regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of cell adhesion ...regulation of dendritic cell chemotaxis / negative regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / TNFs bind their physiological receptors / tumor necrosis factor receptor superfamily binding / tumor necrosis factor receptor activity / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of monocyte chemotaxis / regulation of T cell proliferation / positive regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of cell adhesion / regulation of protein-containing complex assembly / T cell proliferation involved in immune response / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / cytokine activity / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / adaptive immune response / external side of plasma membrane / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / cell surface / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 18 / Tumour necrosis factor receptor 18, N-terminal / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18 / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Tumour necrosis factor-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 18 / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.302 Å
データ登録者Zhao, M. / Tan, S. / Fu, L. / Chai, Y. / Qi, J. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021
タイトル: Atypical TNF-TNFR superfamily binding interface in the GITR-GITRL complex for T cell activation.
著者: Zhao, M. / Fu, L. / Chai, Y. / Sun, M. / Li, Y. / Wang, S. / Qi, J. / Zeng, B. / Kang, L. / Gao, G.F. / Tan, S.
履歴
登録2021年2月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18
B: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18
C: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 18
D: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,1696
ポリマ－90,2314
非ポリマー9382
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.386, 62.564, 85.756
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.23, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18 / GITR ligand / GITRL / Glucocorticoid-induced TNF-related ligand


分子量: 19755.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tnfsf18, Gitrl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7TS55
#2: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 18 / Glucocorticoid-induced TNFR-related protein


分子量: 25360.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tnfrsf18, Gitr
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: O35714
#3: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.63 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.02M nickel (II) chloride hexahydrate, 0.02M magnesium chloride hexahydrate, 0.02M cadmium chloride hydrate, 0.1M sodium acetate trihydrate, pH4.1, 20% w/v polyethylene glycol monomethyl ether 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 1.03923 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03923 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 77449 / % possible obs: 84.98 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.856 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 19.29
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / Rmerge(I) obs: 0.778 / CC1/2: 0.848

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2_3472: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Q8O, 6A3V

2q8o

6a3v


解像度: 3.302→38.463 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 34.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3241 544 5.48 %
Rwork0.2756 --
obs0.2782 9923 84.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.302→38.463 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3592 0 0 0 3592
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033684
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7014980
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3341418
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049544
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005633
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3024-3.63460.36631030.32071482X-RAY DIFFRACTION55
3.6346-4.15990.37491480.28792518X-RAY DIFFRACTION92
4.1599-5.2390.30261290.25992657X-RAY DIFFRACTION96
5.239-5.8670.2991640.26822722X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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