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- PDB-7e40: Mechanism of Phosphate Sensing and Signaling Revealed by Rice SPX... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7.0E+40
タイトルMechanism of Phosphate Sensing and Signaling Revealed by Rice SPX1-PHR2 Complex Structure
要素
  • Protein PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 2
  • SPX domain-containing protein 1,Endolysin
キーワードPROTEIN BINDING / phosphate sensing and responding / InsP6-OsSPX1-OsPHR2 ternary complex / allosterically regulation / DNA binding inhibition / PLANT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cellular response to phosphate starvation / negative regulation of unidimensional cell growth / regulation of leaf development / response to nitrate / regulation of phosphate transport / cellular response to phosphate starvation / cellular response to cold / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process ...positive regulation of cellular response to phosphate starvation / negative regulation of unidimensional cell growth / regulation of leaf development / response to nitrate / regulation of phosphate transport / cellular response to phosphate starvation / cellular response to cold / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SPX domain-containing protein / MYB-CC type transcription factor, LHEQLE-containing domain / : / MYB-CC type transfactor, LHEQLE motif / Myb domain, plants / SPX domain / SPX domain / SPX domain profile. / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Myb domain ...SPX domain-containing protein / MYB-CC type transcription factor, LHEQLE-containing domain / : / MYB-CC type transfactor, LHEQLE motif / Myb domain, plants / SPX domain / SPX domain / SPX domain profile. / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain / Lysozyme - #40 / Homeodomain-like / SANT/Myb domain / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Homeobox-like domain superfamily / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / Endolysin / SPX domain-containing protein 1 / Protein PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 2
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Zhou, J. / Hu, Q. / Yao, D. / Xing, W.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Mechanism of phosphate sensing and signaling revealed by rice SPX1-PHR2 complex structure.
著者: Zhou, J. / Hu, Q. / Xiao, X. / Yao, D. / Ge, S. / Ye, J. / Li, H. / Cai, R. / Liu, R. / Meng, F. / Wang, C. / Zhu, J.K. / Lei, M. / Xing, W.
履歴
登録2021年2月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 2
B: SPX domain-containing protein 1,Endolysin
C: Protein PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 2
D: SPX domain-containing protein 1,Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,7467
ポリマ－112,7664
非ポリマー1,9803
水30617
1
A: Protein PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 2
B: SPX domain-containing protein 1,Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,7034
ポリマ－56,3832
非ポリマー1,3202
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4560 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area25550 Å2
手法PISA
2
C: Protein PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 2
D: SPX domain-containing protein 1,Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0433
ポリマ－56,3832
非ポリマー6601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3950 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area25840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.244, 107.492, 174.521
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Protein PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 2 / OsPHR2


分子量: 15554.029 Da / 分子数: 2 / 変異: V263M,L278M,L295M,L340M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
遺伝子: PHR2, Os07g0438800, LOC_Os07g25710, OSJNBa0026I22.19, P0443H10.4
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6Z156
#2: タンパク質 SPX domain-containing protein 1,Endolysin / Protein SPX DOMAIN GENE 1 / OsSPX1 / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 40828.941 Da / 分子数: 2 / 変異: C54T,C97A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: T4 lysozyme tagged OsSPX1,T4 lysozyme tagged OsSPX1
由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. japonica (イネ), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: SPX1, Os06g0603600, LOC_Os06g40120, OsJ_21901, P0486H12.37, e, T4Tp126
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q69XJ0, UniProt: D9IEF7, lysozyme
#3: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / myo-イノシト-ル六りん酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.67 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6
詳細: 0.1M Sodium phosphate dibasic/Citric acid pH 4.2, 10% PEG 3350, 0.2M NH4HCO3

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→45.76 Å / Num. obs: 38730 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.042 % / Biso Wilson estimate: 56.956 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rrim(I) all: 0.107 / Χ2: 1.339 / Net I/σ(I): 13.94
反射 シェル解像度: 2.6→2.75 Å / 冗長度: 6.787 % / Rmerge(I) obs: 0.715 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 11788 / CC1/2: 0.838 / Rrim(I) all: 0.775 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3861精密化
XDSデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→45.76 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2741 1936 5 %
Rwork0.2257 36782 -
obs0.2281 38718 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 177.48 Å2 / Biso mean: 67.6555 Å2 / Biso min: 36.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→45.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7193 0 108 17 7318
Biso mean--158.67 57.17 -
残基数----885
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6-2.660.32621360.28825692705100
2.66-2.730.30451360.273226012737100
2.73-2.810.33731350.265625692704100
2.81-2.90.32031360.273325842720100
2.9-3.010.31261370.270126092746100
3.01-3.130.36581370.256525932730100
3.13-3.270.31321370.257426122749100
3.27-3.440.32161370.24726072744100
3.44-3.660.30621380.237626192757100
3.66-3.940.25251380.217526252763100
3.94-4.340.27611400.205526532793100
4.34-4.960.25231390.193826432782100
4.96-6.250.2451420.227926952837100
6.25-45.760.20761480.19152803295199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.5625-0.9647-0.40292.5158-5.81992.2856-0.2693-0.26850.2995-0.0274-0.0911-1.224-0.14690.42650.1120.50830.05620.00470.3922-0.03180.475149.476236.8897123.2217
24.459-0.7026-0.21929.61470.60195.3442-0.06560.43590.2711-0.2986-0.2905-1.5593-0.44020.68410.17170.30090.05510.03240.55690.07670.634955.075532.2467121.0642
32.22160.64621.0172.8249-1.27837.2530.2603-0.3922-0.18880.243-0.00860.1576-0.3429-0.32850.04340.2575-0.026-0.00890.3583-0.03110.496847.80524.0604135.1703
43.21890.10942.01042.2214-0.57524.1421-0.06-0.16740.11230.0739-0.1192-0.1055-0.2263-0.08420.11180.3201-0.02290.01690.28750.01770.441656.885413.1802131.4569
54.2411-1.79240.03332.44190.15454.14040.1563-0.0808-0.44050.08070.0396-0.19530.36010.8948-0.24420.4813-0.0196-0.1310.61010.01910.451220.7852-4.899111.4487
68.69670.0241-1.12722.32013.44249.4510.2306-0.0992-0.62460.5486-0.08080.59340.5344-0.2619-0.07170.49830.0677-0.02480.30050.06490.577947.1549-34.0473121.6127
74.35662.6501-2.2792.2213-1.75674.61130.12840.5190.5189-0.6160.11691.1524-0.4694-0.1711-0.03070.61010.2418-0.06990.5869-0.03090.636844.0038-23.0012114.9086
83.20030.3275-3.3711.62791.41312.17110.0419-0.4316-0.05490.1344-0.2913-0.25950.00170.82520.15460.3212-0.0353-0.03120.36050.03610.514352.2794-3.1026136.2545
93.3770.2843-0.17083.4064-0.31957.7804-0.0429-0.25640.26510.5303-0.22330.4782-0.1407-0.97410.08110.4023-0.09770.05520.3741-0.09420.557527.5274-9.8271145.644
101.9788-0.8001-0.61112.85611.53462.60450.08180.207-0.559-0.4047-0.4882-0.1293-0.21340.05260.08680.50550.02170.01490.3290.05920.411543.7651-17.3496125.6912
113.35270.1261-4.4172.4698-0.15147.6074-0.1698-0.1633-0.1693-0.1226-0.1854-0.09380.47590.10050.27860.3194-0.0286-0.05320.35250.01430.397147.2381-9.6639130.3912
124.809-1.46812.55797.0991-3.29887.28720.36980.5329-1.423-0.97050.01890.1151.73250.6579-0.60390.81240.0241-0.11490.5921-0.10180.736674.8934-16.418687.9893
133.9487-1.88222.59536.5618-2.80227.3234-0.4118-0.03050.17210.1420.22070.0887-0.7066-0.01930.15290.3977-0.0412-0.02170.41010.02080.289771.68635.362788.7576
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 248 through 281 )A248 - 281
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 282 through 330 )A282 - 330
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 331 through 376 )A331 - 376
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 0 through 193 )B0 - 193
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 194 through 357 )B194 - 357
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 247 through 287 )C247 - 287
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 288 through 333 )C288 - 333
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 334 through 375 )C334 - 375
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 13 through 66 )D13 - 66
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 67 through 113 )D67 - 113
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 114 through 192 )D114 - 192
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 193 through 255 )D193 - 255
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 256 through 357 )D256 - 357

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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