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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7.0E+40 | ||||||
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タイトル | Mechanism of Phosphate Sensing and Signaling Revealed by Rice SPX1-PHR2 Complex Structure | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN BINDING / phosphate sensing and responding / InsP6-OsSPX1-OsPHR2 ternary complex / allosterically regulation / DNA binding inhibition / PLANT PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of cellular response to phosphate starvation / response to nitrate / regulation of phosphate transport / cellular response to phosphate starvation / cellular response to cold / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity ...positive regulation of cellular response to phosphate starvation / response to nitrate / regulation of phosphate transport / cellular response to phosphate starvation / cellular response to cold / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Oryza sativa subsp. japonica (イネ) Enterobacteria phage T4 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Zhou, J. / Hu, Q. / Yao, D. / Xing, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Mechanism of phosphate sensing and signaling revealed by rice SPX1-PHR2 complex structure. 著者: Zhou, J. / Hu, Q. / Xiao, X. / Yao, D. / Ge, S. / Ye, J. / Li, H. / Cai, R. / Liu, R. / Meng, F. / Wang, C. / Zhu, J.K. / Lei, M. / Xing, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7e40.cif.gz | 373.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7e40.ent.gz | 309.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7e40.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7e40_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7e40_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7e40_validation.xml.gz | 31.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7e40_validation.cif.gz | 43.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/7e40 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/7e40 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15554.029 Da / 分子数: 2 / 変異: V263M,L278M,L295M,L340M / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. japonica (イネ) 遺伝子: PHR2, Os07g0438800, LOC_Os07g25710, OSJNBa0026I22.19, P0443H10.4 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6Z156 #2: タンパク質 | 分子量: 40828.941 Da / 分子数: 2 / 変異: C54T,C97A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: T4 lysozyme tagged OsSPX1,T4 lysozyme tagged OsSPX1 由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. japonica (イネ), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 遺伝子: SPX1, Os06g0603600, LOC_Os06g40120, OsJ_21901, P0486H12.37, e, T4Tp126 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q69XJ0, UniProt: D9IEF7, lysozyme #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.67 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6 詳細: 0.1M Sodium phosphate dibasic/Citric acid pH 4.2, 10% PEG 3350, 0.2M NH4HCO3 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→45.76 Å / Num. obs: 38730 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.042 % / Biso Wilson estimate: 56.956 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rrim(I) all: 0.107 / Χ2: 1.339 / Net I/σ(I): 13.94 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.75 Å / 冗長度: 6.787 % / Rmerge(I) obs: 0.715 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 11788 / CC1/2: 0.838 / Rrim(I) all: 0.775 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→45.76 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.29 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 177.48 Å2 / Biso mean: 67.6555 Å2 / Biso min: 36.21 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.6→45.76 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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