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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7e3o | ||||||
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タイトル | Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody nCoV617 | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / S-RBD / RBS-C / native human monoclonal antibody / therapeutic antibody | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, S.D. / Yang, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Microbiol Spectr / 年: 2021 タイトル: Structural Basis of a Human Neutralizing Antibody Specific to the SARS-CoV-2 Spike Protein Receptor-Binding Domain. 著者: Yang, M. / Li, J. / Huang, Z. / Li, H. / Wang, Y. / Wang, X. / Kang, S. / Huang, X. / Wu, C. / Liu, T. / Jia, Z. / Liang, J. / Yuan, X. / He, S. / Chen, X. / Zhou, Z. / Chen, Q. / Liu, S. / ...著者: Yang, M. / Li, J. / Huang, Z. / Li, H. / Wang, Y. / Wang, X. / Kang, S. / Huang, X. / Wu, C. / Liu, T. / Jia, Z. / Liang, J. / Yuan, X. / He, S. / Chen, X. / Zhou, Z. / Chen, Q. / Liu, S. / Li, J. / Zheng, H. / Liu, X. / Li, K. / Yao, X. / Lang, B. / Liu, L. / Liao, H.X. / Chen, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7e3o.cif.gz | 292.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7e3o.ent.gz | 195.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7e3o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7e3o_validation.pdf.gz | 452.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7e3o_full_validation.pdf.gz | 458.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7e3o_validation.xml.gz | 23.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7e3o_validation.cif.gz | 32.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/7e3o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/7e3o | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 22551.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Mammalian expression vector HA-MCS-pcDNA3.1 (その他) |
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#2: 抗体 | 分子量: 24278.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Mammalian expression vector HA-MCS-pcDNA3.1 (その他) |
#3: タンパク質 | 分子量: 22547.164 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 337-527 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: S, 2 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P0DTC2 |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.69 % |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 152 mM NH4Cl, 22.8% PEG8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å |
検出器 | タイプ: SDMS / 検出器: CMOS / 日付: 2020年11月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97853 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.51→40.67 Å / Num. obs: 25491 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 54 Å2 / CC1/2: 0.897 / Net I/σ(I): -0.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.514→2.603 Å / Num. unique obs: 2495 / CC1/2: 0.868 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6M0J, 7K8Z 解像度: 2.51→40.67 Å / SU ML: 0.3431 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.0598 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 55.17 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.51→40.67 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -17.2087125013 Å / Origin y: 8.26329743651 Å / Origin z: -6.48148426029 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |